| 中文摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 主要符号 | 第14-16页 |
| 第一章 绪论 | 第16-30页 |
| 1.1 希瓦氏菌（Shewanella spp.） | 第17-21页 |
| 1.1.1 希瓦氏菌的信号传导系统 | 第17-18页 |
| 1.1.2 希瓦氏菌的能量和碳代谢 | 第18-19页 |
| 1.1.3 希瓦氏菌的呼吸特性 | 第19-21页 |
| 1.2 微生物电化学系统（Microbial electrochemical system，MESs） | 第21-24页 |
| 1.2.1 微生物电化学系统的应用研究 | 第21-22页 |
| 1.2.2 微生物电化学系统在微生物基础理论研究中的应用 | 第22-24页 |
| 1.3 RNA定性定量的研究现状及应用 | 第24-28页 |
| 1.3.1 qPCR的原理和特点 | 第24-25页 |
| 1.3.2 基因芯片的原理和特点 | 第25页 |
| 1.3.3 RNA测序技术的特点 | 第25-28页 |
| 1.4 拟解决的科学问题、研究主要内容、目的及意义 | 第28-30页 |
| 1.4.1 拟解决的科学问题 | 第28页 |
| 1.4.2 研究主要内容 | 第28-29页 |
| 1.4.3 研究的目的及意义 | 第29-30页 |
| 第二章 材料与方法 | 第30-42页 |
| 2.1 前言 | 第30页 |
| 2.2 材料与仪器 | 第30-31页 |
| 2.2.1 菌株 | 第30页 |
| 2.2.2 培养基及试剂 | 第30页 |
| 2.2.3 试剂盒 | 第30-31页 |
| 2.2.4 实验仪器 | 第31页 |
| 2.3 实验流程及方法 | 第31-39页 |
| 2.3.1 实验设计及流程 | 第31-32页 |
| 2.3.2 实验方法 | 第32-39页 |
| 2.3.2.1 预实验 | 第32页 |
| 2.3.2.2 不同电子受体及电子受体氧化还原电势对S. decolorationis S12代谢调控的研究方法 | 第32-33页 |
| 2.3.2.3 电子受体共存条件对S. decolorationis S12代谢调控的研究方法 | 第33页 |
| 2.3.2.4 HPLC测定乳酸的实验方法 | 第33页 |
| 2.3.2.5 生物膜观测方法 | 第33页 |
| 2.3.2.6 蛋白量测定方法 | 第33-34页 |
| 2.3.2.7 装置组装 | 第34页 |
| 2.3.2.8 循环伏安法分析 | 第34页 |
| 2.3.2.9 苋菜红的测定方法 | 第34页 |
| 2.3.2.10 RNA提取方法 | 第34-35页 |
| 2.3.2.11 RNA测序及数据分析流程 | 第35-36页 |
| 2.3.2.12 突变株的构建 | 第36-39页 |
| 2.4 预实验结论 | 第39-41页 |
| 2.5 本章小结 | 第41-42页 |
| 第三章 电极氧化还原电势对S. decolorationis S12代谢的全局性影响 | 第42-61页 |
| 3.1 前言 | 第42-43页 |
| 3.2 实验材料与方法 | 第43页 |
| 3.3 结果 | 第43-57页 |
| 3.3.1 电极势对S. decolorationis S12电化学特性的影响 | 第43-44页 |
| 3.3.2 不同电极势条件下的计划电流及过电位分析 | 第44-46页 |
| 3.3.3 生物阳极循环伏安特征 | 第46-47页 |
| 3.3.4 不同阳极电极势预启MFC的比较 | 第47页 |
| 3.3.5 S. decolorationis S12在不同EARPs条件下的生理特性 | 第47-50页 |
| 3.3.6 不同电极势对S. decolorationis S12转录特性的影响 | 第50-57页 |
| 3.3.6.1 碳代谢相关基因及代谢途径 | 第51-52页 |
| 3.3.6.2 呼吸及能量代谢相关的基因和代谢途径 | 第52-54页 |
| 3.3.6.3 细胞移动相关基因及代谢途径 | 第54-56页 |
| 3.3.6.4 硫代谢途径 | 第56-57页 |
| 3.4 讨论 | 第57-60页 |
| 3.5 小结 | 第60-61页 |
| 第四章 S. decolorationis S12利用氧气及相同电位电极呼吸的转录组分析 | 第61-75页 |
| 4.1 前言 | 第61页 |
| 4.2 实验材料及方法 | 第61-62页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第62-74页 |
| 4.3.1 好氧和MESs条件下S. decolorationis S12的理化特性 | 第62-63页 |
| 4.3.2 好氧和厌氧条件下 S12 的转录特性 | 第63-74页 |
| 4.3.2.1 显著性富集的代谢途径分析 | 第66-68页 |
| 4.3.2.2 碳代谢相关 | 第68-70页 |
| 4.3.2.3 能量及电子传递相关 | 第70-71页 |
| 4.3.2.4 氨基酸代谢相关 | 第71-72页 |
| 4.3.2.5 硫代谢途径 | 第72-73页 |
| 4.3.2.6 其他代谢途径 | 第73-74页 |
| 4.4 小结 | 第74-75页 |
| 第五章 共存电子受体条件下S. decolorationis S12的代谢特性 | 第75-93页 |
| 5.1 前言 | 第75-76页 |
| 5.2 实验材料与方法 | 第76页 |
| 5.3 结果与讨论 | 第76-91页 |
| 5.3.1 不同电子受体条件下S. decolorationis S12产电及苋菜红还原 | 第76-77页 |
| 5.3.2 不同电子受体条件下S. decolorationis S12的转录特性 | 第77-85页 |
| 5.3.2.1 碳代谢途径分析 | 第79-80页 |
| 5.3.2.2 信号传导系统分析 | 第80-81页 |
| 5.3.2.3 电子传递相关基因分析 | 第81-83页 |
| 5.3.2.4 其他代谢途径 | 第83-85页 |
| 5.3.3 基因敲除及功能验证 | 第85-91页 |
| 5.3.3.1 基因分析 | 第86-89页 |
| 5.3.3.2 突变株构建及功能验证 | 第89-91页 |
| 5.3.3.3 S. decolorationis S12代谢模型预测 | 第91页 |
| 5.4 小结 | 第91-93页 |
| 结论、创新点与展望 | 第93-97页 |
| 一、结论 | 第93-94页 |
| 二、创新点 | 第94-95页 |
| 三、对未来工作的展望 | 第95-97页 |
| 参考文献 | 第97-105页 |
| 攻读博士学位期间取得的研究成果 | 第105-106页 |
| 致谢 | 第106-107页 |
| 附件 | 第107页 |
