| 缩略语注释 | 第11-12页 |
| 摘要 | 第12-16页 |
| ABSTRACT | 第16-19页 |
| 第一章 文献综述 | 第20-40页 |
| 1 大豆Soja亚属种质资源研究进展 | 第20-24页 |
| 1.1 大豆Soja亚属分类地位 | 第20页 |
| 1.2 大豆Soja亚属种质资源类型 | 第20-22页 |
| 1.2.1 野生大豆 | 第20-21页 |
| 1.2.2 栽培大豆地方品种 | 第21-22页 |
| 1.2.3 栽培大豆育成品种 | 第22页 |
| 1.3 大豆Soja亚属种质资源生态区划分 | 第22-23页 |
| 1.4 大豆Soja亚属种质资源遗传多样性研究 | 第23-24页 |
| 2 大豆Soja亚属基因组变异研究进展 | 第24-25页 |
| 2.1 基于细胞生物学的大豆Soja亚属基因组变异研究 | 第24页 |
| 2.2 基于分子标记的大豆Soja亚属基因组变异研究 | 第24页 |
| 2.3 基于测序技术的大豆Soja亚属基因组变异研究 | 第24-25页 |
| 3 大豆Soja亚属人工进化特征研究进展 | 第25-29页 |
| 3.1 人工进化概念 | 第25-27页 |
| 3.2 大豆Soja亚属人工进化性状QTL定位研究 | 第27-28页 |
| 3.3 大豆Soja亚属人工进化性状相关基因研究 | 第28-29页 |
| 4 高通量基因型分型技术-基因组变异研究的新工具 | 第29-34页 |
| 4.1 基于基因芯片的SNP分型技术 | 第30页 |
| 4.2 基于全基因组高通量测序的SNP分型技术 | 第30-31页 |
| 4.3 基于简化基因组测序的SNP分型技术 | 第31-32页 |
| 4.4 SNP和SSR比较 | 第32-34页 |
| 5 全基因组关联分析-重要性状研究的潜在工具 | 第34-37页 |
| 5.1 全基因组关联分析在作物中的应用现状 | 第34-35页 |
| 5.2 大豆全基因组关联分析研究现状 | 第35-36页 |
| 5.3 大豆关联分析存在的主要问题 | 第36-37页 |
| 6 本研究目的与意义 | 第37-38页 |
| 7 本研究技术路线 | 第38-40页 |
| 第二章 大豆Soja亚属基因组变异特征 | 第40-76页 |
| 1 材料与方法 | 第40-47页 |
| 1.1 试验材料 | 第40-41页 |
| 1.2 培养条件 | 第41页 |
| 1.3 材料DNA样品制备 | 第41-42页 |
| 1.4 群体RAD-seq分析 | 第42-44页 |
| 1.5 基因组变异检测指标及其分析方法 | 第44-47页 |
| 1.5.1 核苷酸多态性 | 第45页 |
| 1.5.2 群体分化系数 | 第45页 |
| 1.5.3 连锁不平衡分析 | 第45-46页 |
| 1.5.4 SNPLDB划分 | 第46页 |
| 1.5.5 SNPLDB的遗传多样性测度 | 第46-47页 |
| 1.5.6 聚类分析和群体结构分析 | 第47页 |
| 2 结果与分析 | 第47-71页 |
| 2.1 大豆Soja亚属的RAD-seq结果 | 第47-50页 |
| 2.2 基于SNP的大豆Soja亚属基因组变异结果 | 第50-66页 |
| 2.2.1 大豆Soja亚属的遗传多样性变化 | 第50-54页 |
| 2.2.2 大豆Soja亚属的群体分化 | 第54-64页 |
| 2.2.3 大豆Soja亚属的连锁不平衡模式 | 第64-66页 |
| 2.3 基于SNPLDB的大豆Soja亚属基因组变异结果 | 第66-71页 |
| 2.3.1 大豆Soja亚属的SNPLDB划分结果 | 第66-69页 |
| 2.3.2 基于SNPLDB分析的大豆Soja亚属遗传多样性 | 第69-70页 |
| 2.3.3 基于SNPLDB单倍型分析的大豆Soja亚属基因流分析 | 第70-71页 |
| 3 讨论 | 第71-76页 |
| 3.1 大豆驯化过程表现有"遗传瓶颈"和"单倍型新生"两种现象 | 第71-72页 |
| 3.2 大豆Soja亚属不同LD特征刻录不同驯化历史 | 第72-73页 |
| 3.3 栽培大豆的起源于中国南方野生大豆居群 | 第73-76页 |
| 第三章 大豆Soja亚属籽粒性状的表型特征 | 第76-86页 |
| 1 材料与方法 | 第76-77页 |
| 1.1 试验材料 | 第76页 |
| 1.2 田间试验设计 | 第76页 |
| 1.3 田间表型调查 | 第76-77页 |
| 1.4 百粒重数据 | 第77页 |
| 1.5 油脂含量测定 | 第77页 |
| 1.6 脂肪酸组分含量测定 | 第77页 |
| 2 结果与分析 | 第77-85页 |
| 2.1 大豆Soja亚属籽粒百粒重变异特征 | 第77-78页 |
| 2.2 大豆Soja亚属籽粒油脂含量变异特征 | 第78-79页 |
| 2.3 大豆Soja亚属籽粒油酸含量变异特征 | 第79-80页 |
| 2.4 大豆Soja亚属籽粒亚油酸含量变异特征 | 第80-81页 |
| 2.5 大豆Soja亚属籽粒亚麻酸含量变异特征 | 第81-82页 |
| 2.6 大豆Soja亚属籽粒棕榈酸含量变异特征 | 第82-84页 |
| 2.7 大豆Soja亚属籽粒硬脂酸含量变异特征 | 第84-85页 |
| 3 讨论 | 第85-86页 |
| 第四章 大豆Soja亚属籽粒性状人工进化的基因组解析 | 第86-136页 |
| 1 材料与方法 | 第86页 |
| 1.1 试验材料 | 第86页 |
| 1.2 群体SNPLDB标记分析 | 第86页 |
| 1.3 群体结构分析 | 第86页 |
| 1.4 全基因组关联分析 | 第86页 |
| 2 结果与分析 | 第86-130页 |
| 2.1 大豆Soja亚属籽粒百粒重的基因组解析 | 第86-93页 |
| 2.1.1 大豆Soja亚属籽粒百粒重GWAS分析 | 第86-90页 |
| 2.1.2 大豆Soja亚属籽粒百粒重GWAS位点的基因功能分析 | 第90-91页 |
| 2.1.3 大豆Soja亚属籽粒百粒重GWAS位点的单倍型传递 | 第91页 |
| 2.1.4 大豆Soja亚属籽粒百粒重GWAS位点的单倍型矩阵分析 | 第91-93页 |
| 2.2 大豆Soja亚属籽粒油脂含量的基因组解析 | 第93-100页 |
| 2.2.1 大豆Soja亚属籽粒油脂含量GWAS分析 | 第93-96页 |
| 2.2.2 大豆Soja亚属籽粒油脂含量GWAS位点的基因功能分析 | 第96-97页 |
| 2.2.3 大豆Soja亚属籽粒油脂含量GWAS位点的单倍型传递 | 第97-98页 |
| 2.2.4 大豆Soja亚属籽粒油脂含量GWAS位点的单倍型矩阵分析 | 第98-100页 |
| 2.3 大豆Soja亚属籽粒油酸含量的基因组解析 | 第100-106页 |
| 2.3.1 大豆Soja亚属籽粒油酸含量GWAS分析 | 第100-103页 |
| 2.3.2 大豆Soja亚属籽粒油酸含量GWAS位点的基因功能分析 | 第103页 |
| 2.3.3 大豆Soja亚属籽粒油酸含量GWAS位点的单倍型传递 | 第103-104页 |
| 2.3.4 大豆Soja亚属籽粒油酸含量GWAS位点的单倍型矩阵分析 | 第104-106页 |
| 2.4 大豆Soja亚属籽粒亚油酸含量的基因组解析 | 第106-112页 |
| 2.4.1 大豆Soja亚属籽粒亚油酸含量GWAS分析 | 第106-109页 |
| 2.4.2 大豆Soja亚属籽粒亚油酸含量GWAS位点的基因功能分析 | 第109页 |
| 2.4.3 大豆Soja亚属籽粒亚油酸含量GWAS位点的单倍型传递 | 第109-110页 |
| 2.4.4 大豆Soja亚属籽粒亚油酸含量GWAS位点的单倍型矩阵分析 | 第110-112页 |
| 2.5 大豆Soja亚属籽粒亚麻酸含量的基因组解析 | 第112-118页 |
| 2.5.1 大豆Soja亚属籽粒亚麻酸含量GWAS分析 | 第112-115页 |
| 2.5.2 大豆Soja亚属籽粒亚麻酸含量GWAS位点的基因功能分析 | 第115-116页 |
| 2.5.3 大豆Soja亚属籽粒亚麻酸含量GWAS位点的单倍型传递 | 第116页 |
| 2.5.4 大豆Soja亚属籽粒亚麻酸含量GWAS位点的单倍型矩阵分析 | 第116-118页 |
| 2.6 大豆Soja亚属籽粒棕榈酸含量的基因组解析 | 第118-124页 |
| 2.6.1 大豆Soja亚属籽粒棕榈酸含量GWAS分析 | 第118-121页 |
| 2.6.2 大豆Soja亚属籽粒棕榈酸含量GWAS位点的基因功能分析 | 第121-122页 |
| 2.6.3 大豆Soja亚属籽粒棕榈酸含量GWAS位点的单倍型传递 | 第122页 |
| 2.6.4 大豆Soja亚属籽粒棕榈酸含量GWAS位点的单倍型矩阵分析 | 第122-124页 |
| 2.7 大豆Soja亚属籽粒硬脂酸含量的基因组解析 | 第124-129页 |
| 2.7.1 大豆Soja亚属籽粒硬脂酸含量GWAS分析 | 第124-126页 |
| 2.7.2 大豆Soja亚属籽粒硬脂酸含量GWAS位点的基因功能分析 | 第126-127页 |
| 2.7.3 大豆Soja亚属籽粒硬脂酸含量GWAS位点的单倍型传递 | 第127-128页 |
| 2.7.4 大豆Soja亚属籽粒硬脂酸含量GWAS位点的单倍型矩阵分析 | 第128-129页 |
| 2.8 大豆Soja亚属人工进化性状的基因组特征 | 第129-130页 |
| 2.8.1 大豆Soja亚属人工进化性状两阶段都有"遗传瓶颈"效应 | 第129页 |
| 2.8.2 大豆Soja亚属部分人工进化性状两阶段都有"单倍型新生"现象 | 第129-130页 |
| 2.8.3 大豆Soja亚属人工进化性状相关位点的单倍型构成特点 | 第130页 |
| 3 讨论 | 第130-136页 |
| 3.1 重组和突变是大豆籽粒性状进化的动力 | 第130-131页 |
| 3.2 籽粒性状相关QTL新生单倍型具有生态特异性 | 第131-133页 |
| 3.3 一因多效QTL位点的分析 | 第133-136页 |
| 第五章 全文讨论、结论和主要创新点 | 第136-144页 |
| 1 全文讨论 | 第136-140页 |
| 2 全文结论 | 第140-142页 |
| 3 主要创新点 | 第142-144页 |
| 参考文献 | 第144-154页 |
| 附录 | 第154-164页 |
| 攻读博士学位期间发表的学术论文 | 第164-166页 |
| 致谢 | 第166页 |
