| 摘要 | 第7-10页 |
| Abstract | 第10-11页 |
| 缩略词表 | 第12-13页 |
| 第一章 前言 | 第13-27页 |
| 1 测序技术简述 | 第13-15页 |
| 1.1 新一代高通量测序平台简介 | 第13-14页 |
| 1.2 新一代测序数据中的错误 | 第14-15页 |
| 1.2.1 454 焦磷酸测序、Ion Torrent | 第14页 |
| 1.2.2 Illumina测序 | 第14-15页 |
| 1.2.3 单分子测序 | 第15页 |
| 2 禾本科植物基因组测序进展 | 第15-17页 |
| 3 基因组组装方法 | 第17-20页 |
| 4 非编码RNA | 第20-25页 |
| 4.1 非编码RNA研究历程 | 第20-22页 |
| 4.2 LncRNA研究常用软件及数据库 | 第22-24页 |
| 4.2.1 LncRNA识别软件 | 第22-23页 |
| 4.2.2 LncRNA平台和数据库 | 第23-24页 |
| 4.3 LncRNA功能注释方法 | 第24-25页 |
| 4.3.1 实验方法 | 第24-25页 |
| 4.3.2 生物信息学方法 | 第25页 |
| 5 本论文研究目的和主要内容 | 第25-27页 |
| 第二章 玉米基因组组装注释及正向选择基因 | 第27-58页 |
| 1 前言 | 第27页 |
| 2 材料与方法 | 第27-41页 |
| 2.1 材料及数据 | 第27-29页 |
| 2.2 数据预处理 | 第29-30页 |
| 2.3 单核苷酸变异检测和Bin Map图优化 | 第30-31页 |
| 2.4 基因组组装 | 第31-36页 |
| 2.5 基因注释 | 第36-38页 |
| 2.6 PAV片段识别 | 第38-39页 |
| 2.7 正向选择基因 | 第39-41页 |
| 2.8 基因渗入 | 第41页 |
| 3 结果与分析 | 第41-55页 |
| 3.1 全基因组SNV检测及Bin Map图优化 | 第41-43页 |
| 3.2 基于遗传设计的混合基因组组装 | 第43-47页 |
| 3.3 基因注释 | 第47-49页 |
| 3.4 共线性及特有序列分析 | 第49-51页 |
| 3.5 正向选择基因 | 第51-54页 |
| 3.6 基因渗入 | 第54-55页 |
| 4 讨论 | 第55-58页 |
| 第三章 基于竞争性内源RNA网络水稻基因间区长非编码RNA的功能研究 | 第58-78页 |
| 1 前言 | 第58-59页 |
| 2 材料与方法 | 第59-63页 |
| 2.1 数据集 | 第59-60页 |
| 2.2 LincRNA识别 | 第60-61页 |
| 2.3 差异表达lincRNA分析 | 第61页 |
| 2.4 CeRNA网络构建 | 第61-62页 |
| 2.5 网络拓扑结构分析 | 第62-63页 |
| 2.6 社区挖掘 | 第63页 |
| 2.7 磷胁迫条件下水稻中的lincRNA功能注释与富集分析 | 第63页 |
| 3 结果 | 第63-76页 |
| 3.1 水稻中lincRNA识别 | 第63-65页 |
| 3.2 CeRNA网络的拓扑结构分析 | 第65-67页 |
| 3.3 根和茎中ceRNA网络中社区的功能注释 | 第67-69页 |
| 3.4 LincRNA的功能注释 | 第69-70页 |
| 3.5 磷胁迫过程中差异表达的lincRNA | 第70-71页 |
| 3.6 关键lincRNA分析 | 第71-76页 |
| 4 讨论 | 第76-78页 |
| 第四章 ZS97和MH63中长非编码RNA的识别与分析 | 第78-87页 |
| 1 前言 | 第78页 |
| 2 材料与方法 | 第78-81页 |
| 2.1 材料 | 第78页 |
| 2.2 LncRNA和反义RNA识别 | 第78-80页 |
| 2.3 LncRNA和反义RNA在ZS97和MH63间的保守性分析 | 第80-81页 |
| 3 结果与分析 | 第81-86页 |
| 3.1 ZS97中长非编码RNA识别及基本特征分析 | 第81-83页 |
| 3.2 MH63中长非编码RNA识别及基本特征分析 | 第83-85页 |
| 3.3 长非编码RNA保守性分析 | 第85-86页 |
| 4 讨论 | 第86-87页 |
| 第五章 总结与展望 | 第87-89页 |
| 参考文献 | 第89-103页 |
| 附录 | 第103-104页 |
| 致谢 | 第104-106页 |
