| 中文摘要 | 第6-8页 |
| Summary | 第8-10页 |
| 第一章 前言 | 第11-21页 |
| 1.1 立项依据 | 第11-12页 |
| 1.2 我国地方猪品种简介 | 第12-14页 |
| 1.2.1 香猪 | 第12-13页 |
| 1.2.2 柯乐猪 | 第13页 |
| 1.2.3 糯谷猪 | 第13-14页 |
| 1.2.4 荣昌猪 | 第14页 |
| 1.3 拷贝数变异的概述 | 第14-20页 |
| 1.3.1 CNV的发现 | 第14-15页 |
| 1.3.2 CNV的形成机理 | 第15-17页 |
| 1.3.3 CNV的作用机制 | 第17-18页 |
| 1.3.4 CNV的研究方法 | 第18-19页 |
| 1.3.5 CNV在畜禽中的研究进展 | 第19-20页 |
| 1.4 研究的目的与意义 | 第20-21页 |
| 第二章7个拷贝数变异的多态性和相关性分析 | 第21-62页 |
| 2.1 材料 | 第21-24页 |
| 2.1.1 实验材料 | 第21页 |
| 2.1.2 主要实验仪器 | 第21-22页 |
| 2.1.3 主要试剂及配制 | 第22-23页 |
| 2.1.4 qPCR引物设计 | 第23-24页 |
| 2.2 实验方法 | 第24-32页 |
| 2.2.1 血液/组织基因组DNA的提取 | 第24-26页 |
| 2.2.2 DNA浓度和纯度的检测 | 第26页 |
| 2.2.3 PCR扩增 | 第26-27页 |
| 2.2.4 琼脂糖凝胶电泳 | 第27-28页 |
| 2.2.5 目的DNA片段的回收 | 第28页 |
| 2.2.6 大肠杆菌感受态细胞的制备 | 第28-29页 |
| 2.2.7 DNA的连接 | 第29页 |
| 2.2.8 重组质粒的转化 | 第29-30页 |
| 2.2.9 菌落PCR鉴定 | 第30页 |
| 2.2.10 质粒DNA的提取 | 第30-31页 |
| 2.2.11 目的DNA测序 | 第31页 |
| 2.2.12 qPCR检测 | 第31-32页 |
| 2.3 香猪、柯乐猪全基因组CNVR的预测 | 第32-38页 |
| 2.3.1 技术路线 | 第32-33页 |
| 2.3.2 SNP基因型的判定 | 第33-34页 |
| 2.3.3 利用pennCNV推测拷贝数变异 | 第34-36页 |
| 2.3.4 CNVR的合并与验证 | 第36-37页 |
| 2.3.5 CNVR包含的基因及基因功能分析 | 第37-38页 |
| 2.4 数据分析 | 第38-39页 |
| 2.4.1 qPCR结果处理 | 第38页 |
| 2.4.2 相关性分析 | 第38-39页 |
| 2.5 结果 | 第39-56页 |
| 2.5.1 样品基因组DNA的检测 | 第39页 |
| 2.5.2 目的片段克隆与测序 | 第39-40页 |
| 2.5.3 标准曲线与扩增效率 | 第40-43页 |
| 2.5.4 实时荧光定量PCR | 第43页 |
| 2.5.5 5个猪品种中7个CNVRs的差异分析 | 第43-49页 |
| 2.5.6 香猪样本拷贝数与体尺指标的相关性分析 | 第49-50页 |
| 2.5.7 香猪样本拷贝数与产仔数的相关性分析 | 第50-52页 |
| 2.5.8 香猪高、低产群体中7个CNVRs的拷贝数变异分析 | 第52-53页 |
| 2.5.9 CNVR中包括的基因和QTL分析 | 第53-56页 |
| 2.6 讨论 | 第56-61页 |
| 2.6.1 CNVR37多态性与功能分析 | 第56-57页 |
| 2.6.2 CNVR60多态性与功能分析 | 第57-58页 |
| 2.6.3 CNVR79多态性与功能分析 | 第58-59页 |
| 2.6.4 CNVR91多态性与功能分析 | 第59-60页 |
| 2.6.5 CNVR92多态性与功能分析 | 第60-61页 |
| 2.6.6 CNVR143、187多态性与功能分析 | 第61页 |
| 2.7 小结 | 第61-62页 |
| 第三章 香猪不同拷贝数类型MTF-1、INPP5B基因的表达差异研究 | 第62-71页 |
| 3.1 材料 | 第62-63页 |
| 3.1.1 实验材料 | 第62页 |
| 3.1.2 主要实验仪器 | 第62页 |
| 3.1.3 主要试剂 | 第62-63页 |
| 3.1.4 主要溶液的配制 | 第63页 |
| 3.1.5 qPCR引物设计 | 第63页 |
| 3.2 实验方法 | 第63-65页 |
| 3.2.1 香猪睾丸基因组DNA的提取与检测 | 第63页 |
| 3.2.2 总RNA提取与质量检测 | 第63-64页 |
| 3.2.3 cDNA合成 | 第64-65页 |
| 3.2.4 三个基因目的片段的克隆、测序和标准曲线的制备 | 第65页 |
| 3.2.5 qPCR检测与数据分析 | 第65页 |
| 3.3 结果 | 第65-70页 |
| 3.3.1 三个基因目的片段的克隆、测序 | 第65-66页 |
| 3.3.2 标准曲线和扩增效率 | 第66-68页 |
| 3.3.3 雄性香猪基因组DNA拷贝数检测 | 第68页 |
| 3.3.4 香猪睾丸组织RNA提取 | 第68-69页 |
| 3.3.5 不同拷贝数类型基因表达量测定 | 第69-70页 |
| 3.4 讨论 | 第70页 |
| 3.5 小结 | 第70-71页 |
| 缩略语 | 第71-72页 |
| 参考文献 | 第72-79页 |
| 致谢 | 第79-80页 |
| 附录一 | 第80-81页 |
| 附录二 | 第81-82页 |
| 图版一 | 第82-87页 |
| 图版二 | 第87-89页 |
