| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 1 前言 | 第11-22页 |
| 1.1 葡萄糖氧化酶简介 | 第11-12页 |
| 1.2 酶的结构 | 第12-14页 |
| 1.3 催化机理 | 第14-15页 |
| 1.4 酶学性质 | 第15-17页 |
| 1.5 葡萄糖氧化酶的应用领域 | 第17-19页 |
| 1.6 本课题的研究内容 | 第19-22页 |
| 1.6.1 葡萄糖氧化酶作用机制的研究进展 | 第19-20页 |
| 1.6.2 研究主要内容 | 第20页 |
| 1.6.3 研究内容的特色与创新之处 | 第20-22页 |
| 2 分子动力学模拟 | 第22-27页 |
| 2.1 分子动力学模拟的基本原理 | 第22-23页 |
| 2.2 分子动力学模拟的系综 | 第23-24页 |
| 2.3 分子动力学模拟的软件 | 第24-27页 |
| 3 葡萄糖氧化酶的分子动力学模拟 | 第27-41页 |
| 3.1 晶体结构的获取 | 第27页 |
| 3.2 晶体结构文件的预处理 | 第27-28页 |
| 3.3 葡萄糖氧化酶残基质子化状态的计算 | 第28-29页 |
| 3.4 葡萄糖氧化酶与葡萄糖复合物的构建 | 第29-30页 |
| 3.5 分子动力学模拟 | 第30-41页 |
| 3.5.1 小分子模板和缺失参数的生成 | 第30-31页 |
| 3.5.2 拓扑文件和坐标文件的生成 | 第31-32页 |
| 3.5.3 体系能量最小化 | 第32-33页 |
| 3.5.4 体系升温过程 | 第33-35页 |
| 3.5.5 体系平衡过程 | 第35-36页 |
| 3.5.6 模拟体系平衡的判断 | 第36-37页 |
| 3.5.7 体系分子动力学模拟 | 第37-38页 |
| 3.5.8 模拟结果分析 | 第38-41页 |
| 4 结果与讨论 | 第41-71页 |
| 4.1 相互作用能分析 | 第41-42页 |
| 4.1.1 GOx肽链与FAD辅因子间相互作用分析 | 第41页 |
| 4.1.2 GOx与底物 β-D-glucose间相互作用分析 | 第41-42页 |
| 4.2 RMSD分析 | 第42-47页 |
| 4.2.1 GOx的RMSD分析 | 第42-43页 |
| 4.2.2 GOx活性口袋残基的RMSD分析 | 第43-44页 |
| 4.2.3 GOx肽链反应中心残基的RMSD分析 | 第44-45页 |
| 4.2.4 FAD辅因子的RMSD分析 | 第45-46页 |
| 4.2.5 β-D-glucose的RMSD分析 | 第46-47页 |
| 4.3 RMSF分析 | 第47-49页 |
| 4.3.1 GOx的RMSF分析 | 第47-48页 |
| 4.3.2 GOx中FAD辅因子的RMSF分析 | 第48页 |
| 4.3.3 β-D-glucose的RMSF分析 | 第48-49页 |
| 4.4 回转半径分析 | 第49-52页 |
| 4.4.1 GOx的回转半径分析 | 第49-50页 |
| 4.4.2 GOx活性口袋残基的回转半径分析 | 第50-51页 |
| 4.4.3 GOx肽链反应中心残基的回转半径分析 | 第51-52页 |
| 4.5 二级结构分析 | 第52-56页 |
| 4.6 距离分析 | 第56-67页 |
| 4.6.1 无底物的GOx距离分析 | 第56-57页 |
| 4.6.2 含有底物的GOx距离分析 | 第57-62页 |
| 4.6.3 距离对比分析 | 第62-67页 |
| 4.7 氢键分析 | 第67-71页 |
| 5 结论 | 第71-74页 |
| 参考文献 | 第74-78页 |
| 个人简历与研究成果 | 第78-79页 |
| 致谢 | 第79页 |