| 摘要 | 第1-9页 |
| Abstract | 第9-11页 |
| 1 引言 | 第11-24页 |
| ·miRNA 的形成过程 | 第13-18页 |
| ·miRNA 在基因组中的分布 | 第14-16页 |
| ·miRNA 转录及编辑 | 第16-17页 |
| ·miRNA 在细胞核中的处理过程 | 第17页 |
| ·miRNA 核质转运过程 | 第17页 |
| ·在细胞质中生成miRNA 成熟体 | 第17-18页 |
| ·miRNA 与RNA 诱导沉默复合物（RISC）结合 | 第18页 |
| ·miRNA 的调控模式 | 第18-21页 |
| ·miRNA 介导的 mRNA 降解 | 第19页 |
| ·miRNA 抑制靶 mRNA 翻译 | 第19-20页 |
| ·miRNA 转录水平的调控 | 第20页 |
| ·miRNA 其他调控模式 | 第20页 |
| ·miRNA 与siRNA 的异同 | 第20-21页 |
| ·miRNA 家族和进化 | 第21-22页 |
| ·miRNA 的生物学功能 | 第22-24页 |
| ·植物miRNA 的生物学功能 | 第22-23页 |
| ·动物miRNA 的生物学功能 | 第23-24页 |
| 2 miRNA 预测方法和流程 | 第24-30页 |
| ·小RNA 转录组研究路线简述 | 第24-27页 |
| ·小RNA 转录组的miRNA 预测工作流 | 第27-30页 |
| ·sRNA 与参照基因组比对 | 第27-28页 |
| ·从基因组中截取sRNA 及其侧翼序列 | 第28-29页 |
| ·miRNA 前体的结构预测 | 第29-30页 |
| 3 DmiR 设计和编程 | 第30-36页 |
| ·DmiR 集成的第三方软件 | 第30页 |
| ·比对工具Bowtie | 第30页 |
| ·RNAfold 和 RNALfold | 第30页 |
| ·DmiR 功能设计 | 第30-35页 |
| ·DmiR 使用说明 | 第35-36页 |
| 4 DmiR 的测试与分析 | 第36-73页 |
| ·测试数据的收集、分析和处理 | 第36-64页 |
| ·数据库miRBase 简介 | 第36-37页 |
| ·其他microRNA 数据库 | 第37-39页 |
| ·分析miRNA 及其前体的序列特征和结构特征 | 第39-54页 |
| ·已知的miRNA 成熟体及其前体的数量及序列长度 | 第39-45页 |
| ·miRNA 成熟体在前体中的位置 | 第45-47页 |
| ·miRNA 和miRNA*反向互补的折叠匹配度 | 第47-51页 |
| ·miRNA 前体的二级结构特征 | 第51-53页 |
| ·miRNA 家族 | 第53-54页 |
| ·测试数据处理 | 第54-57页 |
| ·测试数据：非重复的miRNA | 第54-55页 |
| ·对照数据：对已知pre-miRNA 序列进行修剪 | 第55-57页 |
| ·参照基因组序列 | 第57-64页 |
| ·下载各个物种的基因组序列并建立ebwt 索引 | 第57-58页 |
| ·miRNA 前体在基因组中的位置 | 第58-60页 |
| ·miRNA 成熟体在基因组中的位置 | 第60-64页 |
| ·测试过程 | 第64-69页 |
| ·文件输入输出和参数设定 | 第64-65页 |
| ·DmiR 的运行过程 | 第65-69页 |
| ·测试结果分析与讨论 | 第69-72页 |
| ·本文创新之处 | 第72-73页 |
| 5 结论 | 第73-75页 |
| 参考文献 | 第75-83页 |
| 致谢 | 第83-84页 |
| 附录：DmiR Beta V0.1 源代码 | 第84-97页 |
