| 摘要 | 第1-8页 |
| Abstract | 第8-10页 |
| 缩写名词表 | 第10-11页 |
| 前言 | 第11-27页 |
| ·研究问题的由来 | 第11-12页 |
| ·文献综述 | 第12-27页 |
| ·拟南芥中光周期开花途径 | 第12-13页 |
| ·水稻中光周期开花途径 | 第13-16页 |
| ·水稻保守的开花调控途 | 第13-14页 |
| ·水稻特异的开花调控途径 | 第14-16页 |
| ·抽穗期相关因子HAF1对水稻成花的调控 | 第16-17页 |
| ·拟南芥HD-ZIP IV基因家族的研究 | 第17-18页 |
| ·Illumina测序技术 | 第18页 |
| ·NGS数据分析的生物信息学流程 | 第18-21页 |
| ·测序原始数据的质量控制及处理 | 第19页 |
| ·序列比对 | 第19-20页 |
| ·Variant Calling | 第20页 |
| ·过滤和注释 | 第20-21页 |
| ·Mut Map及改良方法定位性状的突变位点 | 第21-25页 |
| ·MutMap | 第21-23页 |
| ·MutMap+ | 第23-24页 |
| ·MutMap-Gap | 第24-25页 |
| ·拟南芥转录因子文库 | 第25-27页 |
| 2 材料与方法 | 第27-35页 |
| ·实验材料 | 第27-28页 |
| ·植物材料 | 第27页 |
| ·菌株和载体 | 第27页 |
| ·实验试剂 | 第27-28页 |
| ·实验方法 | 第28-35页 |
| ·水稻材料的种植 | 第28页 |
| ·碱裂解法抽提E.coli质粒DNA | 第28页 |
| ·CTAB法抽提植株DNA | 第28页 |
| ·水稻总RNA的抽提及反转录 | 第28-29页 |
| ·拟南芥转录因子文库的筛选 | 第29-31页 |
| ·Gateway技术构建HAF1(288a.a-667a.a)的Bait载体 | 第29-30页 |
| ·小规模酵母转化实验 | 第30页 |
| ·拟南芥转录因子文库的快速筛选 | 第30页 |
| ·酵母双杂交载体的构建 | 第30-31页 |
| ·水稻原生质体双分子荧光互补实验(BiFC) | 第31页 |
| ·双分子荧光素酶互补实验(BiLC) | 第31页 |
| ·蛋白体外降解实验 | 第31-32页 |
| ·MutMap方法定位EMS晚抽穗材料 | 第32-35页 |
| ·定位群体的构建 | 第32页 |
| ·SDS法抽提水稻DNA样品 | 第32-33页 |
| ·等量混突变体DNA-pool和野生型DNA-pool | 第33页 |
| ·Illumina Truseq DNA文库构建 | 第33页 |
| ·测序数据的分析及候选基因鉴定 | 第33-34页 |
| ·CELⅠ酶切法进行共分离验证 | 第34-35页 |
| 3 结果与分析 | 第35-59页 |
| ·抽穗期基因的定位 | 第35-49页 |
| ·空育131晚抽穗突变体的筛选 | 第35页 |
| ·武汉长日照条件下突变体表型观察 | 第35-38页 |
| ·F2定位群体的构建及全基因组重测序 | 第38页 |
| ·ehd1等位突变体的鉴定及验证 | 第38-44页 |
| ·B741、B12、A114和D599测序数据分析及候选基因鉴定 | 第38-43页 |
| ·ehd1等位突变体的共分离验证 | 第43页 |
| ·ehd1等位突变体农艺性状考察 | 第43-44页 |
| ·F345测序数据分析及基因定位 | 第44-46页 |
| ·F345测序数据分析及候选基因鉴定 | 第44-45页 |
| ·F345候选基因共分离验证 | 第45-46页 |
| ·E597测序数据分析及候选基因鉴定 | 第46-48页 |
| ·I459测序数据分析及候选基因鉴定 | 第48-49页 |
| ·拟南芥转录因子文库的筛选 | 第49-59页 |
| ·HAF1(288a.a~667a.a)诱饵载体的构建 | 第49页 |
| ·HAF1(288a.a-667a.a)截短蛋白自激活性检测 | 第49-50页 |
| ·以HAF1(288a.a-667a.a)为bait筛选拟南芥转录因子文库 | 第50-51页 |
| ·水稻候选基因的验证 | 第51-59页 |
| ·酵母双杂交实验验证候选基因CIF1、CIF2与HAF1互作 | 第51-52页 |
| ·体外pull-down实验证明CIF1、CIF2与HAF1的互作 | 第52-54页 |
| ·植物细胞内HAF1能够与CIF1、CIF2互作 | 第54-55页 |
| ·CIF2与HAF1互作区段的确定 | 第55-56页 |
| ·HAF1蛋白体外特异性降解CIF1、CIF2蛋白 | 第56-57页 |
| ·其它CIFs与HAF1的互作验证 | 第57-59页 |
| 4 讨论 | 第59-64页 |
| ·全基因组重测序及数据分析 | 第59-60页 |
| ·下一代测序技术的发展加速水稻功能基因组研究 | 第60-62页 |
| ·HAF1可能参与多种生物进程 | 第62-64页 |
| 参考文献 | 第64-73页 |
| 附录Ⅰ 引物列表 | 第73-74页 |
| 附录Ⅱ 个人简介 | 第74-75页 |
| 致谢 | 第75页 |
