生物信息学中的并行处理
| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-11页 |
| 第一章 引言 | 第11-33页 |
| ·生物信息学 | 第11-24页 |
| ·DNA | 第12-14页 |
| ·蛋白质 | 第14-16页 |
| ·RNA | 第16页 |
| ·蛋白质合成 | 第16-17页 |
| ·生物序列比对 | 第17-20页 |
| ·序列拼接 | 第20-22页 |
| ·基因表达数据的双向聚类 | 第22-24页 |
| ·并行处理和并行算法 | 第24-29页 |
| ·并行计算机 | 第24-26页 |
| ·并行算法 | 第26页 |
| ·并行计算模型 | 第26-27页 |
| ·并行算法的设计 | 第27-28页 |
| ·并行算法的编程实现 | 第28-29页 |
| ·生物信息处理的并行算法的研究 | 第29-30页 |
| ·论文的主要贡献 | 第30-31页 |
| ·论文的组织 | 第31-33页 |
| 第二章 序列比对问题的并行计算 | 第33-63页 |
| ·生物序列比对问题的研究回顾 | 第33-43页 |
| ·双序列比对 | 第33-40页 |
| ·问题描述 | 第35-36页 |
| ·研究回顾 | 第36-37页 |
| ·Needleman and Wunsch 算法 | 第37-39页 |
| ·Smith-Waterman 算法 | 第39-40页 |
| ·多序列比对 | 第40-43页 |
| ·问题描述 | 第40-41页 |
| ·研究回顾 | 第41-43页 |
| ·同字符后续表及其同字符对 | 第43-44页 |
| ·产生后继及剪枝的操作 | 第44-47页 |
| ·产生后继的跳跃操作 | 第47-51页 |
| ·算法框架及复杂性分析 | 第51-52页 |
| ·扩展至多序列的最长公共子序列问题 | 第52-55页 |
| ·实验结果及分析 | 第55-63页 |
| ·双序列串行计算结果 | 第55-58页 |
| ·多序列串行计算结果 | 第58-61页 |
| ·双序列并行计算结果 | 第61-62页 |
| ·多序列并行计算结果 | 第62-63页 |
| 第三章 生物序列的拼接的并行计算 | 第63-93页 |
| ·生物序列拼接问题的研究回顾 | 第63-72页 |
| ·序列拼接问题的描述 | 第63-66页 |
| ·序列拼接的目标序列的模型 | 第66-68页 |
| ·生物序列拼接问题的算法研究 | 第68-72页 |
| ·基于Hamilton 路径方法的拼接算法 | 第68-70页 |
| ·基于Euler 路径方法的拼接算法 | 第70-72页 |
| ·算法的思路及框架 | 第72-73页 |
| ·生成后缀索引的并行算法 | 第73-81页 |
| ·后缀树概念 | 第74-75页 |
| ·后缀树算法及其并行性问题 | 第75页 |
| ·后缀索引及其操作 | 第75-77页 |
| ·双序列比对的近似估计算法 | 第77-79页 |
| ·建立片段集合的覆盖图 | 第79-81页 |
| ·用并行蚁群算法求最长哈密尔顿路径 | 第81-90页 |
| ·蚁群算法的基本原理 | 第81-83页 |
| ·蚁群算法的基本框架 | 第83-86页 |
| ·应用蚁群算法求解最长哈密尔顿路径问题 | 第86-87页 |
| ·蚁群算法的并行实现 | 第87-90页 |
| ·选择处理机进行信息交流的策略 | 第87-88页 |
| ·进行信息交流周期的调节 | 第88-89页 |
| ·并行蚁群算法框架的描述 | 第89-90页 |
| ·实验结果及分析 | 第90-93页 |
| 第四章 基因表达数据的并行双向聚类算法 | 第93-107页 |
| ·基因表达数据的双向聚类问题的研究回顾 | 第93-96页 |
| ·双向聚类的并行算法 | 第96-102页 |
| ·双向聚类基本概念 | 第96-97页 |
| ·子矩阵的差值及其性质 | 第97-99页 |
| ·互斥集合及其性质 | 第99-100页 |
| ·算法的基本思想 | 第100-102页 |
| ·算法的描述 | 第102-104页 |
| ·实验结果及分析 | 第104-107页 |
| 第五章 结论与展望 | 第107-109页 |
| ·总结 | 第107-108页 |
| ·研究展望 | 第108-109页 |
| 参考文献 | 第109-119页 |
| 致谢 | 第119-120页 |
| 在学期间科研情况 | 第120-121页 |
