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利用基因芯片分析小麦春化过程中茎尖基因表达谱的研究

摘要第1-12页
ABSTRACT第12-14页
1 前言第14-39页
   ·春化作用的生理学基础第14-16页
     ·植物对低温反应的类型及春化作用的感受部位第14-15页
     ·植物春化作用对温度的需求第15页
     ·春化作用与代谢活动的关系第15-16页
     ·去春化作用及春化状态的传递第16页
   ·春化作用的遗传学机制第16-26页
     ·植物春化作用的表观遗传调控第17-18页
     ·植物春化作用与GA(Gibberellin)途径的关系第18页
     ·FLC 是拟南芥春化的关键基因第18-19页
     ·春化作用与FLC 的组蛋白修饰第19-21页
     ·FLC 的沉默与DNA 甲基化的关系第21-22页
     ·FLC 的重新激活第22页
     ·拟南芥中独立于FLC 的春化控制机制第22-26页
       ·MAF 类基因参与了拟南芥的春化作用过程第22-24页
       ·AGL24 独立于FLC 调控了拟南芥的开花时间第24-25页
       ·AGL19 独立于FLC 促进拟南芥开花第25-26页
   ·麦类植物春化作用的研究进展第26-32页
     ·VRN1、VRN2 和VRN3 共同控制了小麦和大麦春化作用的需求第26-28页
     ·VRN1 在叶片中被春化处理所诱导表达促进小麦生长状态的转变第28-29页
     ·VRN2 受春化作用和光周期的调节第29-30页
     ·VRN3(FT)能够促进VRN1 在叶片中的表达第30页
     ·其他春化相关基因VRT2 和VER2 在春化过程中的作用第30-31页
     ·麦类植物春化作用的表观遗传调控第31-32页
     ·春化作用对小麦穗发育的影响第32页
   ·植物春化作用与冷驯化(Cold Acclimation)的关系第32-34页
     ·植物冷驯化的机制第32-33页
     ·春化作用和冷驯化的差异第33-34页
   ·基因芯片(DNA microarray)技术第34-37页
     ·基因芯片数据的获得第34-35页
     ·基因芯片数据分析方法第35-37页
       ·差异基因筛选第35-36页
       ·聚类分析方法第36-37页
     ·基因芯片技术在基因表达谱分析方面的应用第37页
   ·本研究的目的和意义第37-39页
2 材料和方法第39-52页
   ·实验材料第39-40页
     ·植物材料和种植第39页
     ·菌株和质粒第39页
     ·酶及生化试剂第39-40页
     ·PCR 引物第40页
     ·培养基第40页
   ·实验方法第40-52页
     ·取材及茎尖形态学观察第40页
     ·小麦基因组芯片第40页
     ·芯片杂交第40-41页
     ·芯片数据分析第41-42页
       ·聚类分析第41页
       ·差异基因筛选第41页
       ·分子功能注释及分类第41-42页
       ·Blastall 分析第42页
     ·qRT-PCR第42-44页
       ·引物设计合成第42页
       ·植物组织总RNA 的提取第42-43页
       ·反转录第43-44页
       ·qRT-PCR 反应条件第44页
     ·基因克隆和载体构建第44-49页
       ·PCR 扩增第44-45页
       ·连接反应第45-46页
       ·大肠杆菌感受态细胞的制备第46-47页
       ·酶切和回收第47页
       ·DNA 测序第47页
       ·基因序列比对及进化树分析第47页
       ·TaAP2 基因克隆和载体构建第47-49页
     ·农杆菌侵染法转化拟南芥第49-52页
       ·拟南芥的栽培第49-50页
       ·拟南芥植株的转化第50页
       ·转基因植株的筛选及分析第50-51页
       ·转基因拟南芥的PCR 鉴定第51-52页
         ·植物基因组DNA 的提取第51-52页
3 结果与分析第52-77页
   ·春化作用对小麦开花时间和茎尖形态的影响第52-54页
     ·春化处理促进小偃6 号开花第52页
     ·春化作用对小偃6 号茎尖发育形态的影响第52-54页
   ·春化处理过程中小麦茎尖基因表达谱分析第54-61页
     ·获得基因芯片数据第54页
     ·数据分析第54-59页
       ·基因芯片数据的聚类分析第54-56页
       ·差异基因的筛选第56-57页
       ·差异显著基因的筛选及初步功能分类第57-59页
     ·基因芯片结果的验证第59-61页
   ·小麦春化相关基因在春化处理茎尖中的表达模式第61-64页
     ·qRT-PCR 验证已知春化相关基因在芯片中的表达模式第61-62页
     ·小麦春化相关基因在茎尖和叶片中的表达模式分析第62-64页
   ·小麦中 MADS-box 类基因能够响应春化处理的信号第64-70页
     ·芯片中 MADS-box 类基因的表达分析第65-66页
     ·MADS-box 基因在春化过程中的表达模式第66-70页
   ·春化处理能够降低组蛋白修饰和DNA 甲基化相关基因在茎尖中的表达第70-71页
   ·差异基因的克隆及功能鉴定第71-77页
     ·选定基因在春化和未春化材料中的表达模式第72-74页
     ·目的基因的克隆及序列分析第74-75页
     ·过表达 TaAP2 造成拟南芥开花时间的推迟第75-77页
4 讨论第77-85页
   ·小麦基因芯片分析第77-78页
     ·芯片结果的准确性第77页
     ·小麦基因芯片分析中存在的问题第77页
     ·春化处理影响了多类基因的表达第77-78页
   ·已知春化相关基因在茎尖和叶片中的表达模式第78-82页
     ·VRN1、VRN2 和VRN3 的关系第78-80页
     ·VRT2 的表达变化及其功能第80-81页
     ·在茎尖中VER2 具有与VRT2 相同的表达模式第81页
     ·春化处理的茎尖中WFL 具有与VRN1 相似的表达模式第81-82页
   ·MADS-box 基因可能在小麦春化作用过程中起到了重要作用第82-83页
   ·春化处理对组蛋白修饰和DNA 甲基化基因表达的影响第83-84页
     ·组蛋白修饰参与了小麦春化作用过程中的基因表达调控第83-84页
     ·春化处理能够降低了小麦基因组DNA 的甲基化水平第84页
   ·过表达 TaAP2 影响了拟南芥的开花时间第84-85页
5 结论第85-86页
参考文献第86-103页
附录第103-114页
致谢第114-115页
攻读学位期间发表的论文第115页

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