家蚕受驯化后内含子丢失事件的研究
| 中文摘要 | 第3-5页 |
| 英文摘要 | 第5-6页 |
| 缩略词表 | 第9-10页 |
| 1 绪论 | 第10-26页 |
| 1.1 引言 | 第10-11页 |
| 1.2 研究背景 | 第11-22页 |
| 1.2.1 驯化对动物的影响 | 第11-14页 |
| 1.2.2 内含子起源、进化和功能 | 第14-16页 |
| 1.2.3 内含子获得和丢失的研究现状 | 第16-19页 |
| 1.2.4 内含子丢失机制研究 | 第19-21页 |
| 1.2.5 群体遗传学基础 | 第21-22页 |
| 1.3 研究目的与意义 | 第22-23页 |
| 1.4 研究内容和技术路线 | 第23-26页 |
| 1.4.1 研究内容 | 第23-24页 |
| 1.4.2 技术路线 | 第24-26页 |
| 2 内含子插入丢失事件的筛选与实验验证 | 第26-44页 |
| 2.1 材料与方法 | 第26-30页 |
| 2.1.1 实验材料 | 第26页 |
| 2.1.2 分析工具以及软件 | 第26-27页 |
| 2.1.3 DNA和RNA的提取及质量检测 | 第27-28页 |
| 2.1.4 测序文库构建及测序 | 第28-29页 |
| 2.1.5 寻找插入缺失 | 第29-30页 |
| 2.1.6 PCR和反转录 | 第30页 |
| 2.2 结果分析 | 第30-42页 |
| 2.2.1 全基因组测序与差异基因寻找 | 第30-33页 |
| 2.2.2 基因组水平实验验证插入缺失事件 | 第33-37页 |
| 2.2.3 插入与缺失的判定 | 第37-40页 |
| 2.2.4 内含子身份确认 | 第40-42页 |
| 2.3 结论与讨论 | 第42-44页 |
| 3 内含子丢失基因的多态性和瓶颈效应分析 | 第44-54页 |
| 3.1 实验方法 | 第44-45页 |
| 3.1.1 生物信息学分析所用的软件和程序 | 第44页 |
| 3.1.2 基因组mapping和组装 | 第44页 |
| 3.1.3 群体遗传参数多态性分析和瓶颈效应分析 | 第44-45页 |
| 3.2 结果分析 | 第45-53页 |
| 3.2.1 多态性和瓶颈效应分析 | 第45-48页 |
| 3.2.2 内含子选择压和搭载效应分析 | 第48-53页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第53-54页 |
| 4 家蚕和野桑蚕表达分析和功能探究 | 第54-70页 |
| 4.1 材料和方法 | 第54-55页 |
| 4.1.1 实验材料 | 第54页 |
| 4.1.2 生物信息分析工具及其软件 | 第54页 |
| 4.1.3 荧光定量PCR检测 | 第54-55页 |
| 4.1.4 功能注释 | 第55页 |
| 4.2 实验结果 | 第55-68页 |
| 4.2.1 基因表达分布情况与转录本偏好性研究 | 第55-59页 |
| 4.2.2 家蚕和野桑蚕的翻译水平差异 | 第59-63页 |
| 4.2.3 二级结构预测 | 第63-65页 |
| 4.2.4 芯片分析与功能探究 | 第65-67页 |
| 4.2.5 内含子与转座子的关系 | 第67-68页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第68-70页 |
| 5 结论与展望 | 第70-72页 |
| 致谢 | 第72-74页 |
| 参考文献 | 第74-84页 |
| 附录 | 第84页 |
| A 作者在攻读硕士学位期间所发表的文章目录 | 第84页 |
| B 作者在攻读硕士学位期间参与的项目 | 第84页 |
