| 摘要 | 第10-14页 |
| ABSTRACT | 第14-18页 |
| 本文所用主要缩略词 | 第19-21页 |
| 第一部分 文献综述 | 第21-35页 |
| 第一章 植物叶发育过程及研究进展 | 第21-31页 |
| 1 植物叶形态建成 | 第21-22页 |
| 2 植物叶发育分子调控机理 | 第22-25页 |
| 2.1 顶端分生组织 | 第22页 |
| 2.2 叶原基起始发育 | 第22-23页 |
| 2.3 叶极性发育 | 第23页 |
| 2.4 叶片大小的调控 | 第23-25页 |
| 3 植物microRNA (miRNA)在叶发育中的作用 | 第25-27页 |
| 3.1 miRNA的形成与调控机制 | 第25-26页 |
| 3.2 miRNA参与叶原基形成和极性生长 | 第26页 |
| 3.3 miRNA参与叶形态建成 | 第26-27页 |
| 3.4 miRNA参与叶的衰老 | 第27页 |
| 4 茶树叶发育与内含物质代谢 | 第27-31页 |
| 4.1 茶树叶形态发育特点 | 第27-28页 |
| 4.1.1 茶叶叶发育 | 第27-28页 |
| 4.1.2 茶树叶形态特征 | 第28页 |
| 4.2 茶树叶发育与内含物质形成相关性 | 第28-31页 |
| 4.2.1 茶多酚的合成 | 第28-29页 |
| 4.2.2 茶氨酸的合成 | 第29页 |
| 4.2.3 咖啡碱的合成 | 第29-31页 |
| 第二章 植物叶采后学研究进展 | 第31-35页 |
| 1 植物叶采后学研究现状 | 第31页 |
| 2 茶树叶萎凋技术及采后生理变化 | 第31-35页 |
| 2.1 自然萎凋和日光萎凋 | 第32-33页 |
| 2.2 不同温湿度对萎凋的影响 | 第33页 |
| 2.3 不同时间对萎凋的影响 | 第33-35页 |
| 本研究的目的与意义 | 第35-37页 |
| 第二部分 研究报告 | 第37-163页 |
| 第三章 茶树叶的转录组测序分析 | 第37-55页 |
| 1 材料和方法 | 第38-40页 |
| 1.1 植物材料和RNA提取 | 第38页 |
| 1.2 cDNA库的构建和illumina测序 | 第38页 |
| 1.3 数据过滤和从头组装 | 第38-39页 |
| 1.4 Unigenes的功能注释 | 第39页 |
| 1.5 DEGs的功能富集分析 | 第39页 |
| 1.6 RP-HPLC色谱条件 | 第39页 |
| 1.7 实时定量PCR验证 | 第39-40页 |
| 2 结果与分析 | 第40-52页 |
| 2.1 茶树转录组测序和组装分析 | 第40-42页 |
| 2.2 功能注释和分类 | 第42-43页 |
| 2.3 GO分类 | 第43-44页 |
| 2.4 COG分类 | 第44-45页 |
| 2.5 KEGG分类 | 第45-46页 |
| 2.6 茶树转录组中的差异表达基因 | 第46-48页 |
| 2.7 基于茶树转录组数据揭示其中参与类黄酮合成途径的基因 | 第48-49页 |
| 2.8 RP-HPLC检测四个茶树品种中儿茶素的含量 | 第49-51页 |
| 2.9 茶树中儿茶素合成相关基因的表达分析 | 第51-52页 |
| 3 讨论 | 第52-55页 |
| 第四章 茶树叶发育及响应激素刺激的内参基因选择 | 第55-73页 |
| 1 材料与方法 | 第56-58页 |
| 1.1 植物材料与处理 | 第56页 |
| 1.2 RNA提取与cDNA反转录 | 第56-57页 |
| 1.3 候选基因的选择、引物设计和基因克隆 | 第57页 |
| 1.4 qRT-PCR实验 | 第57页 |
| 1.5 数据分析 | 第57-58页 |
| 2 结果与分析 | 第58-70页 |
| 2.1 茶树候选内参基因的克隆 | 第58-63页 |
| 2.2 茶树候选内参基因表达谱分析 | 第63-65页 |
| 2.3 茶树候选内参基因表达稳定性分析 | 第65-68页 |
| 2.3.1 GeNorm分析 | 第65-67页 |
| 2.3.2 NormFinder分析 | 第67-68页 |
| 2.3.3 BestKeeper分析 | 第68页 |
| 2.4 茶树内参基因验证 | 第68-70页 |
| 3 讨论 | 第70-73页 |
| 第五章 茶树叶结构发育特征及microRNA鉴定与分析 | 第73-93页 |
| 1 材料和方法 | 第74-76页 |
| 1.1 植物材料 | 第74页 |
| 1.2 茶树叶树脂切片和光合指标测定 | 第74-75页 |
| 1.3 小RNA文库的构建和测序 | 第75页 |
| 1.4 小RNA序列的质量控制和生物信息学分析 | 第75-76页 |
| 2 结果与分析 | 第76-90页 |
| 2.1 茶树叶在不同发育阶段的解剖特征 | 第76-77页 |
| 2.2 光合强度和呼吸强度 | 第77-78页 |
| 2.3 茶树叶中小RNA的高通量测序分析 | 第78-82页 |
| 2.4 鉴定茶树叶中保守的和新的miRNA | 第82-83页 |
| 2.5 茶树叶miRNA靶基因的预测和注释 | 第83-89页 |
| 2.6 茶树叶发育过程中miRNA表达的丰度和差异分析 | 第89-90页 |
| 3 讨论 | 第90-93页 |
| 第六章 茶树叶发育相关GRF和GIF家族基因的鉴定与分析 | 第93-105页 |
| 1 材料和方法 | 第94-95页 |
| 1.1 植物材料与处理 | 第94页 |
| 1.2 数据的来源与控制 | 第94页 |
| 1.3 序列分析、系统发育树构建和小RNA靶位点预测 | 第94-95页 |
| 1.4 茶树材料RNA分离、cDNA逆转录和qRT-PCR检测 | 第95页 |
| 2 结果与分析 | 第95-102页 |
| 2.1 茶树的GRF和GIF基因家族的鉴定和序列分析 | 第95-97页 |
| 2.2 茶树CsGRF和CsGIF蛋白系统进化树和保守基序分析 | 第97-99页 |
| 2.3 茶树CsGRF转录本的miRNA靶位点预测 | 第99页 |
| 2.4 CsGRF和CsGIF基因在茶树叶发育期间的表达分析 | 第99-101页 |
| 2.5 茶树CsGRF和CsGIF基因在激素处理下的表达谱 | 第101-102页 |
| 3 讨论 | 第102-105页 |
| 第七章 茶树叶发育相关TCP家族基因鉴定与分析 | 第105-119页 |
| 1 材料和方法 | 第106-107页 |
| 1.1 植物材料、生长条件和激素处理 | 第106页 |
| 1.2 茶树TCP序列的检索 | 第106页 |
| 1.3 系统进化树、序列特征和互作网络分析 | 第106-107页 |
| 1.4 亚细胞定位和microRNA靶位点预测 | 第107页 |
| 1.5 茶树材料RNA分离、cDNA逆转录和qRT-PCR分析 | 第107页 |
| 2 结果与分析 | 第107-116页 |
| 2.1 茶树TCP家族蛋白的鉴定和系统进化树构建 | 第107-109页 |
| 2.2 茶树CsTCP蛋白的序列特征 | 第109-110页 |
| 2.3 茶树CsTCP蛋白的亚细胞定位 | 第110页 |
| 2.4 茶树CsTCP蛋白的功能注释和互作网络分析 | 第110-112页 |
| 2.5 茶树CsTCP转录本microRNA靶位点的预测 | 第112页 |
| 2.6 茶树叶发育过程中CsTCP基因的表达谱 | 第112-114页 |
| 2.7 CsTCP基因在激素处理后茶树叶中的表达谱 | 第114-115页 |
| 2.8 TCP功能冗余对分析 | 第115-116页 |
| 3 讨论 | 第116-119页 |
| 第八章 茶树叶采后不同时间萎凋处理对蛋白质组的影响 | 第119-137页 |
| 1 材料和方法 | 第120-122页 |
| 1.1 植物材料和萎凋处理 | 第120页 |
| 1.2 茶树材料蛋白质提取、消化和iTRAQ标记 | 第120页 |
| 1.3 LC-MS/MS分析 | 第120-121页 |
| 1.4 蛋白质鉴定和定量 | 第121页 |
| 1.5 生物信息学和注释 | 第121页 |
| 1.6 基因表达检测 | 第121-122页 |
| 2 结果与分析 | 第122-134页 |
| 2.1 采摘后茶树叶表型变化和蛋白质组学鉴定 | 第122-126页 |
| 2.2 茶叶DEPs的GO注释 | 第126-128页 |
| 2.3 茶叶DEPs的KEGG注释 | 第128页 |
| 2.4 茶叶中蛋白-蛋白相互作用(PPI) | 第128-130页 |
| 2.5 茶叶DEPs转录和蛋白水平的比较分析 | 第130-134页 |
| 3 讨论 | 第134-137页 |
| 3.1 采摘后的茶树叶具有衰老生物学特征 | 第134页 |
| 3.2 茶叶DEPs在初级代谢中起抑制作用 | 第134-135页 |
| 3.3 DEPs参与了茶叶特异化合物的次生代谢途径 | 第135-137页 |
| 第九章 茶树叶采后不同温度萎凋处理对蛋白质组的影响 | 第137-153页 |
| 1 材料和方法 | 第138-140页 |
| 1.1 植物材料和萎凋处理 | 第138页 |
| 1.2 蛋白质提取、消化和iTRAQ标记 | 第138页 |
| 1.3 LC-MS/MS分析 | 第138-139页 |
| 1.4 蛋白质鉴定和定量 | 第139页 |
| 1.5 生物信息学和注释 | 第139页 |
| 1.6 基因表达检测 | 第139-140页 |
| 2 结果与分析 | 第140-150页 |
| 2.1 采后茶叶在高温和低温萎凋处理中DEPs的鉴定与分析 | 第140-144页 |
| 2.2 茶树不同温度萎凋DEPs的GO注释 | 第144-145页 |
| 2.3 茶树不同温度萎凋DEPs的KEGG注释 | 第145-146页 |
| 2.4 茶树不同温度萎凋蛋白-蛋白相互作用(PPI) | 第146-147页 |
| 2.5 茶树不同温度萎凋处理qRT-PCR检测分析 | 第147-150页 |
| 3 讨论 | 第150-153页 |
| 3.1 DEPs在采后茶叶中参与了对极限温度的响应 | 第150页 |
| 3.2 茶树叶不同温度萎凋DEPs涉及到了茶叶特有化合物的代谢途径 | 第150页 |
| 3.3 茶树叶不同温度萎凋DEPs参与叶能量代谢 | 第150-151页 |
| 3.4 内源性激素相关的DEPs被激活或抑制 | 第151页 |
| 3.5 茶树叶不同温度萎凋DEPs涉及到了细胞发育的抑制作用 | 第151-153页 |
| 第十章 茶树叶采后遮荫/光照萎凋对蛋白质组的影响 | 第153-163页 |
| 1 材料和方法 | 第153-155页 |
| 1.1 植物材料和萎凋处理 | 第153-154页 |
| 1.2 蛋白质提取、消化和iTRAQ标记 | 第154页 |
| 1.3 LC-MS/MS分析 | 第154页 |
| 1.4 蛋白质鉴定和定量 | 第154-155页 |
| 1.5 生物信息学和注释 | 第155页 |
| 2 结果与分析 | 第155-162页 |
| 2.1 采后茶叶光照和遮荫萎凋处理中DEPs的鉴定与分析 | 第155-158页 |
| 2.2 茶树叶光照和遮荫萎凋处理DEPs的GO注释 | 第158-160页 |
| 2.3 茶树叶光照和遮荫萎凋处理DEPs的KEGG注释 | 第160-161页 |
| 2.4 茶树叶光照和遮荫萎凋处理蛋白-蛋白相互作用(PPI) | 第161-162页 |
| 3 讨论 | 第162-163页 |
| 3.1 茶树叶光照和遮荫萎凋处理DEPs参与了光合作用和光合固碳 | 第162页 |
| 3.2 茶树叶光照和遮荫萎凋处理DEPs涉及到了茶叶儿茶素的合成 | 第162-163页 |
| 全文结论 | 第163-165页 |
| 本研究的创新点 | 第165-167页 |
| 参考文献 | 第167-191页 |
| 附录 | 第191-211页 |
| 攻读博士学位期间发表及待发表论文 | 第211-213页 |
| 致谢 | 第213页 |
