| 摘要 | 第3-6页 |
| ABSTRACT | 第6-8页 |
| 主要缩略语中英文对照 | 第9-12页 |
| 第一章 绪论 | 第12-29页 |
| 1.1 研究背景和意义 | 第12-15页 |
| 1.2 转录因子调控基因表达 | 第15-20页 |
| 1.3 组蛋白修饰调控基因表达 | 第20-23页 |
| 1.4 国内外研究现状 | 第23-28页 |
| 1.5 本文的研究内容与结构 | 第28-29页 |
| 第二章 研究方法 | 第29-39页 |
| 2.1 基因表达水平、转录因子及组蛋白修饰结合信号的计算 | 第29-30页 |
| 2.1.1 基因表达水平的计算 | 第29页 |
| 2.1.2 转录因子结合信号的计算 | 第29-30页 |
| 2.1.3 组蛋白修饰结合信号的计算 | 第30页 |
| 2.2 信息参量的筛选 | 第30-32页 |
| 2.2.1 前向引入法 | 第30-31页 |
| 2.2.2 后向剔除法 | 第31页 |
| 2.2.3 混合筛选法 | 第31-32页 |
| 2.3 预测算法 | 第32-35页 |
| 2.3.1 多元线性回归模型 | 第32-33页 |
| 2.3.2 支持向量机回归模型 | 第33-34页 |
| 2.3.3 随机森林回归模型 | 第34-35页 |
| 2.4 交叉验证和相关性分析 | 第35-39页 |
| 2.4.1 十折交叉验证 | 第35-36页 |
| 2.4.2 Pearson相关系数 | 第36页 |
| 2.4.3 Spearman相关系数 | 第36-37页 |
| 2.4.4 拟合优度 | 第37-38页 |
| 2.4.5 偏相关系数 | 第38-39页 |
| 第三章 人类胚胎干细胞中基于转录因子结合信号的基因表达水平预测 | 第39-51页 |
| 3.1 数据集 | 第39-40页 |
| 3.2 特征量化和回归模型 | 第40-43页 |
| 3.2.1 转录因子的结合信号 | 第40页 |
| 3.2.2 转录因子与基因关联强度的定义 | 第40-41页 |
| 3.2.3 转录因子综合指标的定义 | 第41-42页 |
| 3.2.4 HCP基因和LCP基因的划分 | 第42-43页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第43-50页 |
| 3.3.1 转录因子与基因表达水平的相关性分析 | 第43-45页 |
| 3.3.2 基于转录因子综合指标预测基因表达水平 | 第45-47页 |
| 3.3.3 基于“最优”模型预测HCP和LCP基因的表达水平 | 第47-49页 |
| 3.3.4 转录因子上调基因和下调基因的预测 | 第49-50页 |
| 3.4 小结 | 第50-51页 |
| 第四章 三种人类细胞中转录因子及组蛋白修饰对基因表达影响的研究 | 第51-67页 |
| 4.1 数据集 | 第51页 |
| 4.2 特征量化和回归模型 | 第51-54页 |
| 4.2.1 转录因子的结合信号 | 第51-52页 |
| 4.2.2 组蛋白修饰的结合信号 | 第52页 |
| 4.2.3 转录因子与基因的关联强度 | 第52页 |
| 4.2.4 组蛋白修饰与基因的关联强度 | 第52-53页 |
| 4.2.5 多元线性回归模型 | 第53页 |
| 4.2.6 支持向量机回归模型 | 第53页 |
| 4.2.7 随机森林回归模型 | 第53-54页 |
| 4.3 结果与分析 | 第54-66页 |
| 4.3.1 组蛋白修饰与基因表达水平的相关性分析 | 第54-56页 |
| 4.3.2 转录因子的细胞系特异性分析 | 第56页 |
| 4.3.3 转录因子及组蛋白修饰对全基因组基因表达水平的预测 | 第56-57页 |
| 4.3.4 转录因子和组蛋白修饰功能相似性研究 | 第57-58页 |
| 4.3.5 组蛋白修饰及转录因子对基因表达的作用分析 | 第58-62页 |
| 4.3.6 H3K36me3和POLR2A预测基因表达水平 | 第62-63页 |
| 4.3.7 H3K36me3对基因表达的调控 | 第63-64页 |
| 4.3.8 与前人工作的对比 | 第64-66页 |
| 4.4 小结 | 第66-67页 |
| 第五章 人类慢性粒细胞白血病中H3K36me3与基因表达差异程度的关联性分析 | 第67-80页 |
| 5.1 数据集 | 第67-68页 |
| 5.2 H3K36me3结合信号的量化和差异基因、宽H3K36me3峰基因的识别 | 第68-70页 |
| 5.2.1 H3K36me3结合信号的计算 | 第68页 |
| 5.2.2 差异H3K36me3水平基因的识别 | 第68-69页 |
| 5.2.3 差异表达基因的识别 | 第69页 |
| 5.2.4 宽H3K36me3峰基因的识别 | 第69-70页 |
| 5.3 结果与讨论 | 第70-79页 |
| 5.3.1 人类慢性粒细胞白血病细胞中H3K36me3的分布 | 第70-72页 |
| 5.3.2 H3K36me3水平对基因表达差异程度的作用分析 | 第72-74页 |
| 5.3.3 转录因子与基因差异表达的相关性分析 | 第74-75页 |
| 5.3.4 H3K36me3对基因差异表达的作用与基因表达水平和基因长度的关联性分析 | 第75-76页 |
| 5.3.5 其它疾病中H3K36me3对基因差异表达的作用 | 第76-77页 |
| 5.3.6 人类慢性粒细胞白血病中驱动基因的识别 | 第77-78页 |
| 5.3.7 H3K36me3结合宽度与基因表达水平的相关性分析 | 第78-79页 |
| 5.4 小结 | 第79-80页 |
| 第六章 总结和展望 | 第80-83页 |
| 6.1 本文的工作总结 | 第80-81页 |
| 6.2 工作展望 | 第81-83页 |
| 参考文献 | 第83-96页 |
| 附录 | 第96-116页 |
| 致谢 | 第116-117页 |
| 攻读博士学位期间发表和完成的学术论文 | 第117页 |
