| 摘要 | 第8-10页 |
| Abstract | 第10-12页 |
| 缩略词表 | 第13-14页 |
| 第1章 文献综述 | 第14-36页 |
| 1.1 木薯概况 | 第14-15页 |
| 1.2 干旱是世界性难题 | 第15-16页 |
| 1.3 作物抗旱高产材料筛选 | 第16-18页 |
| 1.4 抗旱性鉴定指标 | 第18-23页 |
| 1.4.1 抗旱相关形态学指标 | 第18-19页 |
| 1.4.2 生理指标 | 第19页 |
| 1.4.3 生化指标 | 第19-23页 |
| 1.4.3.1 脯氨酸 | 第20页 |
| 1.4.3.2 丙二醛 | 第20-21页 |
| 1.4.3.3 可溶性糖 | 第21页 |
| 1.4.3.4 SOD、POD和CAT | 第21-23页 |
| 1.5 不同基因型的抗旱性差异 | 第23页 |
| 1.6 木薯抗旱机理研究进展 | 第23-24页 |
| 1.7 分子标记 | 第24-26页 |
| 1.7.1 分子标记技术现状 | 第24-25页 |
| 1.7.2 分子标记技术在木薯中的应用进展 | 第25-26页 |
| 1.8 关联分析研究进展 | 第26-31页 |
| 1.8.1 连锁不平衡 | 第26-27页 |
| 1.8.2 关联分析的优缺点 | 第27-28页 |
| 1.8.3 关联分析的两种途径 | 第28-29页 |
| 1.8.4 关联分析的影响因素 | 第29-30页 |
| 1.8.5 GWAS关联基因互作分析方法 | 第30-31页 |
| 1.9 木薯数量性状定位研究进展 | 第31-32页 |
| 1.10 MYB转录因子家族概况 | 第32-34页 |
| 1.11 本研究的目的和意义 | 第34-36页 |
| 第2章 木薯耐旱材料筛选 | 第36-55页 |
| 2.1 引言 | 第36页 |
| 2.2 材料与方法 | 第36-39页 |
| 2.2.1 材料 | 第36页 |
| 2.2.2 干旱胁迫实验和性状调查 | 第36-37页 |
| 2.2.3 数据分析方法 | 第37-39页 |
| 2.3 结果与分析 | 第39-52页 |
| 2.3.1 干旱对木薯材料的影响 | 第39-41页 |
| 2.3.2 性状广义遗传力分析 | 第41-44页 |
| 2.3.3 综合评价与优良耐旱材料筛选 | 第44-45页 |
| 2.3.4 不同抗旱性木薯材料抗旱指标差异 | 第45-52页 |
| 2.4 讨论 | 第52-55页 |
| 2.4.1 短期干旱胁迫对木薯材料的影响 | 第52页 |
| 2.4.2 木薯抗旱鉴定的性状选择 | 第52-53页 |
| 2.4.3 木薯材料抗旱性分组的性状特征 | 第53-55页 |
| 第3章 抗旱性全基因组关联分析 | 第55-121页 |
| 3.1 引言 | 第55页 |
| 3.2 材料与方法 | 第55-62页 |
| 3.2.1 材料 | 第55页 |
| 3.2.2 干旱胁迫实验及性状耐旱系数 | 第55-56页 |
| 3.2.3 DNA抽提 | 第56页 |
| 3.2.4 EST-SSR分子标记检测 | 第56-57页 |
| 3.2.5 遗传多样性分析 | 第57页 |
| 3.2.6 群体结构分析 | 第57页 |
| 3.2.7 AFSM法简化基因组测序 | 第57-58页 |
| 3.2.8 连锁不平衡衰减分析 | 第58页 |
| 3.2.9 性状耐旱系数关联分析 | 第58-59页 |
| 3.2.10 定位区间和候选基因筛选 | 第59-60页 |
| 3.2.11 关联基因表达分析 | 第60页 |
| 3.2.12 关联基因功能注释 | 第60页 |
| 3.2.13 与性状关键基因功能互作预测 | 第60-61页 |
| 3.2.14 实时荧光定量PCR | 第61-62页 |
| 3.2.15 优良等位变异筛选 | 第62页 |
| 3.3 结果与分析 | 第62-113页 |
| 3.3.1 分子遗传多样性分析 | 第62-63页 |
| 3.3.2 群体结构分析 | 第63-64页 |
| 3.3.3 连锁不平衡衰减分析 | 第64-65页 |
| 3.3.4 基于EST-SSR的性状耐旱系数关联分析 | 第65-70页 |
| 3.3.5 基于EST-SSR的候选基因表达分析及其注释 | 第70-73页 |
| 3.3.6 基于SNP的性状耐旱系数关联分析 | 第73-92页 |
| 3.3.7 基于SNP的候选基因表达分析及其注释 | 第92-93页 |
| 3.3.8 关联基因与性状关键基因功能互作预测 | 第93-105页 |
| 3.3.9 实时荧光定量PCR验证 | 第105-109页 |
| 3.3.10 重要候选基因 | 第109-113页 |
| 3.4 讨论 | 第113-121页 |
| 3.4.1 木薯群体遗传多样性低且群体结构分化不极端 | 第113-114页 |
| 3.4.2 基于EST-SSR标记的关联效果 | 第114-115页 |
| 3.4.3 基于SNP标记的关联效果 | 第115-118页 |
| 3.4.4 两种通量的标记关联分析结果对比 | 第118页 |
| 3.4.5 重要候选基因的筛选与应用前景 | 第118-121页 |
| 第4章 两个MYB基因自然变异分析 | 第121-137页 |
| 4.1 引言 | 第121页 |
| 4.2 材料与方法 | 第121-123页 |
| 4.2.1 基因结构与保守结构域分析 | 第121页 |
| 4.2.2 基因区重测序 | 第121-122页 |
| 4.2.3 核苷酸多样性分析 | 第122-123页 |
| 4.2.4 单倍型分析 | 第123页 |
| 4.2.5 候选基因关联分析 | 第123页 |
| 4.3 结果与分析 | 第123-133页 |
| 4.3.1 基因结构和保守结构域 | 第123-124页 |
| 4.3.2 核苷酸多样性 | 第124-125页 |
| 4.3.3 连锁不平衡和单倍型分析 | 第125-129页 |
| 4.3.4 候选基因关联分析 | 第129-132页 |
| 4.3.5 与抗旱性状关键基因功能互作预测 | 第132-133页 |
| 4.4 讨论 | 第133-137页 |
| 4.4.1 干旱胁迫响应的MYB家族成员 | 第133-134页 |
| 4.4.2 两个MYB基因的核苷酸多样性与进化特征比较 | 第134-135页 |
| 4.4.3 两个MYB基因与抗旱性状的关系 | 第135-137页 |
| 参考文献 | 第137-159页 |
| 附录1 本论文所用木薯材料名称和来源地 | 第159-160页 |
| 附录2 6个生化指标检测方法 | 第160-163页 |
| 附录3 木薯抗旱性状测定值描述性统计分析和方差分析 | 第163-164页 |
| 附录4 改良CTAB法抽提木薯叶片DNA | 第164-166页 |
| 附录5 本研究所用AraNet功能互作分析目标性状关键基因 | 第166-168页 |
| 附录6 关联基因AraNet分析短语注释 | 第168页 |
| 附录7 木薯RNA提取方法 | 第168-170页 |
| 附录8 实时荧光定量PCR引物信息 | 第170-172页 |
| 附录9 干旱胁迫响应EST-SSR关联基因GO_BP富集分析(P<0.05) | 第172-173页 |
| 附录10 POD关联功能SNP所在候选基因(P<7.29E-05) | 第173-177页 |
| 附录11 干旱胁迫响应SNP关联基因GO_BP富集分析(P<0.05) | 第177-179页 |
| 附录12 攻读博士期间发表论文情况 | 第179-181页 |
| 致谢 | 第181-182页 |
