| 摘要 | 第7-9页 |
| Abstract | 第9-11页 |
| 缩略语表 | 第12-13页 |
| 第一部分 玉米泛转录组的构建 | 第13-40页 |
| 1. 前言 | 第13-22页 |
| 1.1. 泛基因组 | 第13-19页 |
| 1.1.1. 泛基因组的由来及发展 | 第13-15页 |
| 1.1.2. 动植物泛基因组的研究现状 | 第15-16页 |
| 1.1.3. 玉米泛基因组的构建 | 第16-19页 |
| 1.1.3.1. 构建玉米泛基因组的必要性 | 第16页 |
| 1.1.3.2. 构建玉米泛基因组的方法 | 第16-18页 |
| 1.1.3.3. 玉米泛基因组和泛转录组的研究进展 | 第18-19页 |
| 1.2. 关联分析 | 第19-22页 |
| 1.2.1. 关联分析的概念 | 第19页 |
| 1.2.2. 全基因组关联分析的应用与发展 | 第19-21页 |
| 1.2.3. 全基因组关联分析在玉米数量性状遗传解析中的应用 | 第21-22页 |
| 1.3. 研究目的与意义 | 第22页 |
| 2. 材料与方法 | 第22-27页 |
| 2.1. 实验材料与数据 | 第22-23页 |
| 2.1.1. 关联群体的转录组数据 | 第22-23页 |
| 2.1.2. 关联群体的代谢性状和农艺性状 | 第23页 |
| 2.1.3. F_1群体的产量性状 | 第23页 |
| 2.2. ePAV和PAV的鉴定 | 第23-24页 |
| 2.3. De novo组装和新转录本的鉴定 | 第24-26页 |
| 2.4. 新转录本的注释和基因组位置确定 | 第26页 |
| 2.5. ePAV和新转录本的基因组PAV情况验证 | 第26-27页 |
| 2.6. 玉米泛转录组大小的估计 | 第27页 |
| 3. 结果与分析 | 第27-35页 |
| 3.1. ePAV在反式调控中扮演重要角色 | 第27-29页 |
| 3.2. 1%的ePAV是基因组上的PAV | 第29页 |
| 3.3. De novo组装得到高置信度的新转录本 | 第29-31页 |
| 3.4. ePAV和新转录本显著影响农艺性状和代谢性状 | 第31-35页 |
| 3.5. ePAV和PAV对杂种优势有贡献 | 第35页 |
| 4. 讨论 | 第35-40页 |
| 4.1. ePAV作为一种新标记的优势 | 第35-38页 |
| 4.2.“非必须”基因的重要性 | 第38页 |
| 4.3. 玉米泛转录组大小 | 第38-40页 |
| 第二部分 玉米开花抑制因子ZmCOL3的功能解析 | 第40-75页 |
| 1. 前言 | 第40-50页 |
| 1.1. 植物的开花 | 第40-47页 |
| 1.1.1. 拟南芥开花调控机理 | 第40-43页 |
| 1.1.1.1. 光周期途径 | 第41-42页 |
| 1.1.1.2. 春化途径 | 第42-43页 |
| 1.1.1.3. 自主途径 | 第43页 |
| 1.1.1.4. 赤霉素途径 | 第43页 |
| 1.1.2. 水稻开花调控途径的保守性和特异性 | 第43-44页 |
| 1.1.3. 玉米开花期的遗传解析 | 第44-47页 |
| 1.2. CCT基因家族影响植物开花 | 第47-48页 |
| 1.3. 候选基因关联分析 | 第48-50页 |
| 1.3.1. 候选基因关联分析在植物遗传学研究中的应用 | 第48-49页 |
| 1.3.2. 基因家族的候选基因关联分析 | 第49-50页 |
| 1.4. 研究目的与意义 | 第50页 |
| 2. 材料与方法 | 第50-56页 |
| 2.1. 实验材料与性状调查 | 第50-52页 |
| 2.1.1. 关联群体——用于候选基因关联分析 | 第50页 |
| 2.1.2. F2群体——用于共分离验证 | 第50-51页 |
| 2.1.3. 转基因玉米——用于功能验证 | 第51-52页 |
| 2.2. 玉米CCT基因家族的鉴定 | 第52-53页 |
| 2.3. 玉米CCT基因家族的候选基因关联分析 | 第53页 |
| 2.4. ZmCOL3的重测序分析 | 第53页 |
| 2.5. F_2群体的基因型鉴定 | 第53-54页 |
| 2.6. 亚细胞定位 | 第54页 |
| 2.7. 转基因玉米的基因型鉴定和表达量检测 | 第54页 |
| 2.8. 转基因玉米的RNA-seq和差异表达分析 | 第54-55页 |
| 2.9. 基于荧光素酶的转录激活活性检测 | 第55-56页 |
| 3. 结果与分析 | 第56-71页 |
| 3.1. 玉米CCT基因家族的特性 | 第56-59页 |
| 3.2. 多种证据表明玉米CCT基因影响开花期 | 第59-61页 |
| 3.3. 转基因证实ZmCOL3是玉米开花抑制因子 | 第61-66页 |
| 3.4. ZmCOL3可能存在多个功能位点 | 第66-69页 |
| 3.5. ZmCOL3参与玉米光周期开花调控途径 | 第69-71页 |
| 4. 讨论 | 第71-75页 |
| 4.1. CCT基因在禾本科物种中广泛存在 | 第71页 |
| 4.2. 不同物种的CCT基因影响开花期的方式不同 | 第71-73页 |
| 4.3. 综合多种方法有助于玉米开花基因挖掘 | 第73页 |
| 4.4. ZmCOL3可能有多种调控方式 | 第73-75页 |
| 参考文献 | 第75-99页 |
| 附录 | 第99-123页 |
| 附录Ⅰ 论文补充图表 | 第99-117页 |
| 附录Ⅱ 论文补充实验 | 第117-120页 |
| 附录Ⅲ 作者简介及在读期间研究成果 | 第120-123页 |
| 致谢 | 第123-126页 |
