| 符号说明 | 第4-9页 |
| 中文摘要 | 第9-10页 |
| Abstract | 第10-11页 |
| 1 前言 | 第12-25页 |
| 1.1 春化作用途径 | 第12-14页 |
| 1.1.1 植物对低温的需求量及春化作用的感受部位 | 第12页 |
| 1.1.2 植物春化作用对温度的需求 | 第12页 |
| 1.1.3 植物春化作用的分子调控机理 | 第12-14页 |
| 1.1.3.1 拟南芥主要春化相关基因 | 第13页 |
| 1.1.3.2 麦类植物主要春化相关基因功能及其调控关系 | 第13-14页 |
| 1.2 光周期途径 | 第14-16页 |
| 1.2.1 光周期现象 | 第14页 |
| 1.2.2 光信号的感受、吸收与转导 | 第14-15页 |
| 1.2.3 光周期信号与节律钟 | 第15页 |
| 1.2.4 光周期信号对下游开花基因的影响 | 第15-16页 |
| 1.3 基于Solexa技术的表达谱分析技术 | 第16-17页 |
| 1.4 基因芯片概述 | 第17-18页 |
| 1.5 非编码RNA | 第18-22页 |
| 1.5.1 miRNA | 第19-20页 |
| 1.5.1.1 植物miRNAs的生物合成 | 第19页 |
| 1.5.1.2 植物miRNAs的功能 | 第19-20页 |
| 1.5.1.3 植物miRNAs的作用机制 | 第20页 |
| 1.5.2 siRNA | 第20-21页 |
| 1.5.2.1 植物siRNAs的作用机制 | 第20-21页 |
| 1.5.3 piRNA | 第21-22页 |
| 1.5.3.1 piRNA的生物学功能 | 第21-22页 |
| 1.5.4 三种sRNA的比较 | 第22页 |
| 1.6 二穗短柄草作为温带禾本科新型模式植物的依据 | 第22-23页 |
| 1.7 本研究的目的及意义 | 第23-25页 |
| 2 材料与方法 | 第25-37页 |
| 2.1 实验材料 | 第25-27页 |
| 2.1.1 植物材料生长条件及取材部位 | 第25页 |
| 2.1.2 菌株和质粒 | 第25页 |
| 2.1.3 酶和试剂 | 第25-26页 |
| 2.1.4 引物 | 第26-27页 |
| 2.2 实验方法 | 第27-31页 |
| 2.2.1 植物组织总RNA的提取(TRIZOL法) | 第27页 |
| 2.2.2 反转录cDNA第一链的合成 | 第27页 |
| 2.2.3 PCR扩增目的基因 | 第27-28页 |
| 2.2.4 连接反应 | 第28页 |
| 2.2.5 大肠杆菌感受态细胞的制备 | 第28-29页 |
| 2.2.6 大肠杆菌的转化 | 第29页 |
| 2.2.7 农杆菌感受态的制备 | 第29页 |
| 2.2.8 冻融法农杆菌转化 | 第29-30页 |
| 2.2.9 质粒DNA的提取 | 第30页 |
| 2.2.10 植物基因组DNA的提取(CTAB法) | 第30-31页 |
| 2.3 农杆菌介导的二穗短柄草遗传转化 | 第31-34页 |
| 2.3.1 二穗短柄草组织培养流程 | 第31页 |
| 2.3.2 二穗短柄草组织培养所用的培养基 | 第31-32页 |
| 2.3.3 二穗短柄草转基因苗的鉴定 | 第32-33页 |
| 2.3.4 转基因苗外源基因表达量分析 | 第33-34页 |
| 2.4 高通量测序的生物信息学分析 | 第34-37页 |
| 2.4.1 原始数据的处理 | 第34页 |
| 2.4.2 标签的基因注释、标准化和确定基因表达量 | 第34页 |
| 2.4.3 差异表达基因的筛选 | 第34-35页 |
| 2.4.4 Gene Ontology功能分析 | 第35-37页 |
| 3 结果与分析 | 第37-65页 |
| 3.1 小麦TaVRN2基因的分离与生物信息分析 | 第37-38页 |
| 3.2 小麦TaVRN2基因的表达模式分析 | 第38-39页 |
| 3.3 短柄草中过表达TaVRN2分析 | 第39-43页 |
| 3.3.1 表达载体的构建 | 第39-40页 |
| 3.3.2 转基因表型分析 | 第40-41页 |
| 3.3.3 转基因植株TaVRN2基因表达量的分析 | 第41-42页 |
| 3.3.4 TaVRN2基因过表达对其它开花基因的影响 | 第42-43页 |
| 3.4 生物信息学分析部分 | 第43-65页 |
| 3.4.1 RNA质量检测 | 第43-44页 |
| 3.4.2 表达谱数据分析 | 第44-48页 |
| 3.4.2.1 Tag整体质量评估 | 第44-45页 |
| 3.4.2.2 Clean Tag拷贝数分布统计 | 第45-46页 |
| 3.4.2.3 测序饱和度分析 | 第46-47页 |
| 3.4.2.4 差异表达基因的筛选分析 | 第47页 |
| 3.4.2.5 差异表达基因GO功能注释 | 第47-48页 |
| 3.4.3 芯片数据分析 | 第48-53页 |
| 3.4.3.1 整体质量评估 | 第48-49页 |
| 3.4.3.2 差异表达基因的筛选分析 | 第49-50页 |
| 3.4.3.3 差异表达基因GO功能注释 | 第50页 |
| 3.4.3.4 表达谱和芯片中差异表达基因的重叠部分 | 第50-51页 |
| 3.4.3.5 重叠基因在表达谱和芯片中各自的差异倍数 | 第51页 |
| 3.4.3.6 重叠基因的功能注释 | 第51-52页 |
| 3.4.3.7 重叠基因的qRT-PCR验证 | 第52-53页 |
| 3.4.3.8 重叠基因的GO分析 | 第53页 |
| 3.4.4 sRNA数据分析 | 第53-65页 |
| 3.4.4.1 Small RNA的HiSeq测序分析与测序数据处理 | 第53-54页 |
| 3.4.4.2 Small RNA片段长度分布统计 | 第54页 |
| 3.4.4.3 Small RNA的分类注释 | 第54-55页 |
| 3.4.4.4 已知miRNA碱基特性分析 | 第55-57页 |
| 3.4.4.5 已知miRNA家族数量分析 | 第57-58页 |
| 3.4.4.6 已知miRNA家族表达量分析 | 第58-59页 |
| 3.4.4.7 测到的已知的miRNA家族及其保守性分析 | 第59-60页 |
| 3.4.4.8 差异明显的miRNA分析 | 第60页 |
| 3.4.4.9 靶基因的预测及其功能分析 | 第60-62页 |
| 3.4.4.10 差异表达miRNA的RT-PCR验证 | 第62页 |
| 3.4.4.11 miRNA靶基因的GO功能分析 | 第62-63页 |
| 3.4.4.12 miRNA过表达的短柄草功能验证平台 | 第63-65页 |
| 4 讨论 | 第65-67页 |
| 5 结论 | 第67-68页 |
| 参考文献 | 第68-72页 |
| 致谢 | 第72页 |
