紫石房蛤高通量转录组文库测序和分子标记开发
| 摘要 | 第3-4页 |
| Abstract | 第4页 |
| 第一章 文献综述 | 第7-19页 |
| 1 紫石房蛤及其研究进展 | 第7页 |
| 2 高通量转录组测序相关背景介绍 | 第7-10页 |
| 2.1 转录组介绍 | 第7页 |
| 2.2 高通量测序技术发展和技术原理介绍 | 第7-10页 |
| 2.2.1 454测序技术 | 第8页 |
| 2.2.2 Solexa测序技术 | 第8-9页 |
| 2.2.3 SOLID测序技术 | 第9-10页 |
| 3 分子标记技术介绍 | 第10-16页 |
| 3.1 分子标记的定义 | 第10页 |
| 3.2 分子标记的种类 | 第10-16页 |
| 3.2.1 限制性片段长度多态性 | 第11页 |
| 3.2.2 可变串联重复序列多态性 | 第11页 |
| 3.2.3 随机扩增多态性DNA | 第11-12页 |
| 3.2.4 扩增片段长度多态性 | 第12-13页 |
| 3.2.5 简单序列重复 | 第13页 |
| 3.2.6 表达序列标签标记 | 第13-14页 |
| 3.2.7 单核苷酸多态性技术 | 第14页 |
| 3.2.8 相关序列扩增多态性标记 | 第14-15页 |
| 3.2.9 目标区域扩增多态性标记 | 第15-16页 |
| 4 微卫星标记在贝类遗传分析的应用 | 第16-18页 |
| 4.1 遗传多样性研究 | 第16页 |
| 4.2 种质资源的评价与保护 | 第16-17页 |
| 4.3 亲缘关系鉴定 | 第17页 |
| 4.4 遗传连锁图谱的构建和基因定位 | 第17页 |
| 4.5 分子标记辅助育种 | 第17-18页 |
| 5 研究目的和意义 | 第18-19页 |
| 第二章 紫石房蛤高通量转录组文库测序 | 第19-29页 |
| 1 材料与方法 | 第19-22页 |
| 1.1 实验材料 | 第19页 |
| 1.2 RNA提取，建库和测序 | 第19-20页 |
| 1.3 转录组生物信息分析流程 | 第20-22页 |
| 1.3.1 数据处理 | 第21页 |
| 1.3.2 数据组装 | 第21页 |
| 1.3.3 比对及注释 | 第21-22页 |
| 2 结果 | 第22-28页 |
| 2.1 紫石房蛤转录组测序质量评估和组装数据 | 第22-23页 |
| 2.2 基因功能注释 | 第23-28页 |
| 3 讨论 | 第28-29页 |
| 第三章 紫石房蛤微卫星分子标记的开发 | 第29-37页 |
| 1 材料与方法 | 第29-31页 |
| 1.1 实验材料 | 第29-30页 |
| 1.1.1 实验动物 | 第29页 |
| 1.1.2 实验试剂与仪器 | 第29-30页 |
| 1.2 实验方法 | 第30-31页 |
| 1.2.1 紫石房蛤总DNA的提取 | 第30页 |
| 1.2.2 紫石房蛤微卫星标记的筛选和引物设计 | 第30-31页 |
| 1.2.3 紫石房蛤微卫星引物的初步筛选 | 第31页 |
| 1.2.4 紫石房蛤多态性引物筛选 | 第31页 |
| 2 结果 | 第31-35页 |
| 2.1 紫石房蛤基因组DNA提取结果 | 第31-32页 |
| 2.2 从紫石房蛤转录组文库中筛选微卫星序列 | 第32-33页 |
| 2.3 引物设计情况 | 第33页 |
| 2.4 微卫星引物多态性检测结果 | 第33-34页 |
| 2.5 微卫星引物评估 | 第34-35页 |
| 3 讨论 | 第35-37页 |
| 第四章 结论 | 第37-38页 |
| 参考文献 | 第38-43页 |
| 攻读硕士学位期间发表的学术论文 | 第43-46页 |
| 致谢 | 第46页 |
