| 摘要 | 第4-7页 |
| Abstract | 第7-10页 |
| 第一章 文献综述 | 第15-37页 |
| 1 玉米愈伤组织 | 第15-23页 |
| 1.1 玉米愈伤组织的形成 | 第15页 |
| 1.2 玉米愈伤组织的分类 | 第15-16页 |
| 1.3 影响胚性愈伤组织形成的因素 | 第16-20页 |
| 1.3.1 基因型的影响 | 第16-17页 |
| 1.3.2 植物激素的调节 | 第17-19页 |
| 1.3.3 其他因素的影响 | 第19-20页 |
| 1.4 胚性愈伤组织的分子机理研究进展 | 第20-23页 |
| 1.4.1 SERK基因 | 第20-21页 |
| 1.4.2 MtSK1基因 | 第21页 |
| 1.4.3 Leafy Cotyledon(LEC)基因 | 第21-22页 |
| 1.4.4 壳多糖酶(Chitinases) | 第22页 |
| 1.4.5 谷胱甘肽转移酶(GST)基因 | 第22-23页 |
| 1.4.6 WUSCHEL(WUS)基因 | 第23页 |
| 2 关联分析 | 第23-30页 |
| 2.1 关联分析理论 | 第24-25页 |
| 2.2 影响连锁不平衡的因素及LD衰减 | 第25页 |
| 2.3 关联分析中假阳性的控制发现 | 第25-26页 |
| 2.4 关联分析的优点 | 第26-27页 |
| 2.5 关联分析策略与步骤 | 第27-28页 |
| 2.6 关联分析的应用与发展 | 第28-30页 |
| 3 差异基因表达研究 | 第30-35页 |
| 3.1 SAGE技术的原理与发展 | 第31-34页 |
| 3.2 DGE技术在植物中的研究进展 | 第34-35页 |
| 4 本研究的目的与意义 | 第35-36页 |
| 5 技术路线 | 第36-37页 |
| 第二章 实验材料与方法 | 第37-53页 |
| 1 全基因组关联分析 | 第37-39页 |
| 1.1 实验材料 | 第37页 |
| 1.2 培养基 | 第37页 |
| 1.3 试验方法 | 第37-39页 |
| 1.3.1 挑取幼胚及培养愈伤组织 | 第37页 |
| 1.3.2 数据统计 | 第37-38页 |
| 1.3.3 关联分析 | 第38-39页 |
| 2 DGE转录组测序 | 第39-49页 |
| 2.1 实验材料 | 第39页 |
| 2.2 培养基及主要试剂 | 第39-40页 |
| 2.2.1 培养基 | 第39-40页 |
| 2.2.2 主要试剂 | 第40页 |
| 2.3 试验方法 | 第40-49页 |
| 2.3.1 挑取幼胚及培养愈伤组织 | 第40页 |
| 2.3.2 总RNA提取 | 第40-41页 |
| 2.3.3 总RNA样品的混合 | 第41-42页 |
| 2.3.4 高通量测序 | 第42页 |
| 2.3.5 数字基因表达谱筛选玉米幼胚到胚性愈伤组织形成过程中的差异表达基因 | 第42-47页 |
| 2.3.6 候选基因实时荧光定量检测 | 第47-49页 |
| 3 转录因子ZmMYB138介导的GA信号传导通路验证 | 第49-53页 |
| 3.1 实验材料 | 第49页 |
| 3.2 培养基及主要试剂 | 第49-50页 |
| 3.2.1 培养基 | 第49-50页 |
| 3.2.2 主要试剂 | 第50页 |
| 3.3 试验方法 | 第50-53页 |
| 3.3.1 挑取幼胚及培养愈伤组织 | 第50页 |
| 3.3.2 数据统计 | 第50-51页 |
| 3.3.3 候选基因实时荧光定量检测 | 第51-53页 |
| 第三章 结果与分析 | 第53-79页 |
| 1 全基因组关联分析 | 第53-65页 |
| 1.1 表型数据分析 | 第53-56页 |
| 1.2 基因型与群体结构分析 | 第56-57页 |
| 1.3 胚性愈伤组织诱导率全基因组关联分析 | 第57-59页 |
| 1.4 出芽率全基因组关联分析 | 第59-61页 |
| 1.5 芽长全基因组关联分析 | 第61-63页 |
| 1.6 候选基因分析 | 第63-65页 |
| 1.7 优异单倍型分析 | 第65页 |
| 2 数字基因表达谱分析 | 第65-74页 |
| 2.1 测序质量评估 | 第65-67页 |
| 2.2 测序饱和度分析 | 第67-68页 |
| 2.3 Clean tag拷贝数分布分析 | 第68-69页 |
| 2.4 单标签的注释 | 第69页 |
| 2.5 玉米幼胚脱分化时期差异基因统计 | 第69-70页 |
| 2.6 分析与比较差异表达基因 | 第70-73页 |
| 2.7 Pathway显著性富集分析 | 第73-74页 |
| 3 关联基因与差异表达基因的结合分析 | 第74-75页 |
| 4 转录因子ZmMYB138介导的GA信号传导通路验证 | 第75-79页 |
| 4.1 玉米幼胚各个时期形态变化 | 第75-76页 |
| 4.2 ZmMYB138在胚性愈伤组织形成过程中的表达水平 | 第76-77页 |
| 4.3 胚性愈伤组织诱导过程中ZmMYB138功能初步验证 | 第77-79页 |
| 第四章 讨论 | 第79-90页 |
| 1 取样时间点的选择 | 第79页 |
| 2 全基因组关联分析 | 第79-82页 |
| 2.1 全基因组关联分析策略 | 第79-80页 |
| 2.2 骨干自交系胚性愈伤组织的诱导能力低可能与人工选择密切相关 | 第80-81页 |
| 2.3 玉米胚性愈伤组织诱导率显著关联的SNP位点 | 第81-82页 |
| 3 数字基因表达谱(DGE)技术在本研究中的应用 | 第82-85页 |
| 3.1 表达基因比对到参考玉米基因组上的数据分析 | 第82-83页 |
| 3.2 DEGs分析 | 第83-85页 |
| 4 胚性愈伤组织诱导与激素信号传导 | 第85-87页 |
| 5 内含子变化对基因功能的影响 | 第87-88页 |
| 6 玉米转基因育种 | 第88-90页 |
| 第五章 结论 | 第90-93页 |
| 参考文献 | 第93-103页 |
| 致谢 | 第103-104页 |
| 攻读博士学位期间发表的论文 | 第104-105页 |
| 附表 | 第105-176页 |
