棉花隐性光子基因的定位及转录组表达差异分析
| 摘要 | 第1-8页 |
| ABSTRACT | 第8-10页 |
| 主要缩略词表 | 第10-11页 |
| 第一部分 文献综述 | 第11-23页 |
| 第一章 棉纤维发育突变体的研究进展 | 第11-17页 |
| 1 棉纤维发育相关基因 | 第11-12页 |
| 2 棉花纤维发育相关突变体的遗传研究 | 第12-15页 |
| ·棉纤维突变体遗传研究方法 | 第12-13页 |
| ·光子突变体的遗传研究 | 第13-15页 |
| 3 光子棉育种 | 第15-16页 |
| 4 光子棉的杂种优势利用 | 第16-17页 |
| 第二章 转录组测序技术及其应用 | 第17-22页 |
| 1 测序技术的发展 | 第17-18页 |
| ·第一代测序技术 | 第17页 |
| ·第二代测序技术 | 第17-18页 |
| 2 转录组学与转录组测序 | 第18-22页 |
| ·转录组学研究进展 | 第18-19页 |
| ·转录组测序技术及其应用 | 第19-21页 |
| ·RNA-Seq的应用领域 | 第21页 |
| ·RNA-Seq面临的挑战 | 第21页 |
| ·RNA-seq常见问题 | 第21-22页 |
| 本文研究目的意义 | 第22-23页 |
| 第二部分 研究报告 | 第23-63页 |
| 第三章 棉花隐性光子基因n_2的分子定位 | 第23-33页 |
| 1 材料与方法 | 第24-28页 |
| ·实验材料及群体构建 | 第24页 |
| ·性状调查 | 第24-25页 |
| ·棉花DNA的提取 | 第25-27页 |
| ·SSR引物的来源与标记分析 | 第27-28页 |
| ·分离比检测 | 第28页 |
| ·标记基因型数据收集和图谱的构建 | 第28页 |
| 2 结果与分析 | 第28-31页 |
| ·棉花光子性状的遗传分析 | 第28-29页 |
| ·隐性光子基因n_2的分子定位 | 第29-31页 |
| 3 讨论 | 第31-33页 |
| ·棉花光子性状的遗传 | 第31页 |
| ·隐性光子基因n_2的染色体安排及遗传模式 | 第31页 |
| ·n_2基因的精细定位和候选基因的预测 | 第31-32页 |
| ·下一步研究思路 | 第32-33页 |
| 第四章 亚洲棉种重组自交系转录组表达差异分析 | 第33-63页 |
| 1 材料与方法 | 第33-47页 |
| ·供试材料 | 第33-34页 |
| ·方法 | 第34-36页 |
| ·总RNA样品质量检测 | 第36-38页 |
| ·测序cDNA文库的构建 | 第38-42页 |
| ·Illumina HiSeq 2000上机测序 | 第42-43页 |
| ·实时定量荧光PCR | 第43-45页 |
| ·生物信息学分析 | 第45-47页 |
| 2 结果与分析 | 第47-60页 |
| ·测序RNA样品的提取与检测 | 第47-48页 |
| ·测序cDNA文库构建 | 第48-49页 |
| ·测序原始数据质量评估及预处理 | 第49-54页 |
| ·转录组de novo拼接 | 第54-55页 |
| ·转录组数据差异比较分析 | 第55-57页 |
| ·表达模式聚类分析 | 第57-58页 |
| ·差异表达基因的功能富集分析 | 第58-60页 |
| ·定位区段附近差异表达的基因 | 第60页 |
| 3 讨论 | 第60-63页 |
| ·实验材料的选择 | 第60-61页 |
| ·转录组测序实验的实验设计 | 第61页 |
| ·转录组测序分析流程 | 第61-62页 |
| ·棉花短绒纤维初始发育的表达调控机制 | 第62页 |
| ·下一步研究思路 | 第62-63页 |
| 全文结论 | 第63-65页 |
| 参考文献 | 第65-71页 |
| 致谢 | 第71页 |
