| 致谢 | 第1-6页 |
| 摘要 | 第6-8页 |
| Abstract | 第8-10页 |
| 专业词汇中英文对照表 | 第10-15页 |
| 1 引言 | 第15-41页 |
| ·lincRNA概述 | 第15-18页 |
| ·RNA研究历史 | 第15-16页 |
| ·lincRNA早期发现 | 第16-17页 |
| ·lincRNA大规模鉴定 | 第17页 |
| ·lincRNA功能研究 | 第17-18页 |
| ·lincRNA研究方法 | 第18-27页 |
| ·lincRNA研究方法概述 | 第18-19页 |
| ·新一代测序技术 | 第19-27页 |
| ·Roche/454测序平台 | 第20-21页 |
| ·Illumina/Solexa测序平台 | 第21-24页 |
| ·ABI/SOLiD测序平台 | 第24-27页 |
| ·非编码RNA数据库 | 第27-28页 |
| ·lincRNA的功能 | 第28-34页 |
| ·表观调控 | 第29-31页 |
| ·转录水平 | 第31-32页 |
| ·转录后水平 | 第32-33页 |
| ·其它功能 | 第33-34页 |
| ·lincRNA与癌症 | 第34-37页 |
| ·lincRNA的研究现状及趋势 | 第37-41页 |
| 2 材料与方法 | 第41-59页 |
| ·SOLiD实验材料及试剂 | 第41-42页 |
| ·SOLiD实验材料 | 第41页 |
| ·SOLiD实验试剂 | 第41页 |
| ·试剂盒 | 第41-42页 |
| ·SOLiD转录组文库构建 | 第42-43页 |
| ·总RNA提取 | 第42页 |
| ·rRNA去除 | 第42页 |
| ·文库构建 | 第42-43页 |
| ·ChIP-seq实验方法 | 第43-44页 |
| ·公共数据库数据集 | 第44页 |
| ·SOLiD数据分析方法 | 第44-47页 |
| ·rmRNA-seq数据饱和度评估 | 第44页 |
| ·基于rmRNA-seq数据鉴定外显子和构建基因间区转录本 | 第44-45页 |
| ·利用ChIP-seq数据鉴定甲基化修饰区间 | 第45页 |
| ·转录本的外显子和启动子保守性分析 | 第45-46页 |
| ·鉴定lincRNA | 第46页 |
| ·Sense和antisense基因表达相关性分析 | 第46-47页 |
| ·Solexa实验材料及试剂 | 第47-48页 |
| ·实验材料 | 第47页 |
| ·实验试剂 | 第47-48页 |
| ·试剂盒 | 第48页 |
| ·实验方法 | 第48-55页 |
| ·大脑总RNA提取 | 第48页 |
| ·rRNA去除 | 第48页 |
| ·Solexa strand-specific RNA-Seq文库构建 | 第48-53页 |
| ·DNasel消化及片段化处理 | 第48-49页 |
| ·添加接头 | 第49-51页 |
| ·反转录 | 第51页 |
| ·切胶回收 | 第51-52页 |
| ·PCR扩增 | 第52页 |
| ·用AMPure Beads纯化文库 | 第52-53页 |
| ·上机测序 | 第53页 |
| ·RT-PCR | 第53-55页 |
| ·下载公共数据库中小鼠RNA-Seq和ChIP-seq数据集 | 第55页 |
| ·Solexa数据分析方法 | 第55-59页 |
| ·序列比对和转录本构建 | 第55页 |
| ·lincRNA鉴定流程 | 第55-56页 |
| ·lincRNA基因和蛋白编码基因内含子区repeat分析 | 第56页 |
| ·lincRNA的转录活性和保守性分析 | 第56-57页 |
| ·lincRNA邻近蛋白编码基因功能研究 | 第57页 |
| ·lincRNA的表达谱分析 | 第57页 |
| ·lincRNA功能预测 | 第57-58页 |
| ·1incRNA的直系同源序列及共线性直系同源转录本查找 | 第58-59页 |
| 3 结果与讨论 | 第59-95页 |
| ·SOLiD数据构建转录本 | 第59-65页 |
| ·鉴定外显子 | 第59-62页 |
| ·注释新的外显子 | 第62-63页 |
| ·构建基因间区的新转录本 | 第63-65页 |
| ·基因间区新转录本的转录活性特征 | 第65页 |
| ·新转录本的分类和功能分析 | 第65-73页 |
| ·新的蛋白编码基因 | 第65-69页 |
| ·新的ncRNA | 第69-71页 |
| ·内含子区的新转录本 | 第71-73页 |
| ·SOLiD结果讨论 | 第73页 |
| ·Solexa数据鉴定lincRNA的流程 | 第73-74页 |
| ·lincRNA的基因组特征 | 第74-75页 |
| ·lincRNA基因的转录活性和保守性 | 第75-81页 |
| ·lincRNA转录起始位点特征 | 第80页 |
| ·lincRNA的甲基化修饰 | 第80页 |
| ·lincRNA的保守性 | 第80-81页 |
| ·lincRNA的表达谱 | 第81-82页 |
| ·lincRNA的功能 | 第82-87页 |
| ·实验验证 | 第87-89页 |
| ·Solexa结果讨论 | 第89-95页 |
| 4 总结与展望 | 第95-97页 |
| 参考文献 | 第97-111页 |
| 附录 | 第111-117页 |
| 作者简介及在学期间发表的学术论文与研究成果 | 第117页 |
