| 致谢 | 第1-7页 |
| 摘要 | 第7-9页 |
| ABSTRACT | 第9-11页 |
| 专业词汇中英文对照表 | 第11-17页 |
| 1 引言 | 第17-45页 |
| ·RNA概念及分类 | 第17-22页 |
| ·非编码RNA简介 | 第19页 |
| ·非编码RNA研究目的与意义 | 第19-21页 |
| ·非编码RNA国内外研究现状与趋势 | 第21-22页 |
| ·House-keeping基因(HK基因)与Tissue-specific基因(TS基因) | 第22-23页 |
| ·HK基因与TS基因研究目的与意义 | 第22页 |
| ·HK基因与TS基因研究现状 | 第22-23页 |
| ·精子发生 | 第23-25页 |
| ·精子发生的研究意义 | 第23页 |
| ·精子发生的研究现状 | 第23-25页 |
| ·测序技术 | 第25-33页 |
| ·第一代测序技术 | 第25-27页 |
| ·第二代测序技术 | 第27-30页 |
| ·Roche/454测序技术 | 第27-28页 |
| ·Illumina/Solexa测序技术 | 第28-29页 |
| ·ABI公司SOLiD测序技术 | 第29-30页 |
| ·第三代测序技术 | 第30-31页 |
| ·三代测序技术比较 | 第31-32页 |
| ·RNA-seq测序 | 第32-33页 |
| ·基于RNA-SEQ测序技术的转录组数据分析及常用软件 | 第33-45页 |
| ·Reads序列比对(mapping) | 第35-38页 |
| ·转录本重建/组装 | 第38-40页 |
| ·表达量评估 | 第40-42页 |
| ·转录本常规分析 | 第42页 |
| ·多样本基因差异表达分析 | 第42-43页 |
| ·新转录本功能注释 | 第43-45页 |
| 2 小鼠基因重注释和非编码基因的鉴定与分析 | 第45-72页 |
| ·材料与方法 | 第45-50页 |
| ·数据收集 | 第45-46页 |
| ·小鼠RNA-seq转录组数据收集 | 第45-46页 |
| ·小鼠脑组织RNA-seq测序 | 第46页 |
| ·小鼠基因组与注释信息收集 | 第46页 |
| ·研究方法 | 第46-50页 |
| ·原始RNA-seq数据前处理 | 第46页 |
| ·高质量reads定位(mapping) | 第46-47页 |
| ·转录本重建与原注释基因修订 | 第47-48页 |
| ·表达量计算与阈值确定 | 第48页 |
| ·编码基因与非编码RNA基因区分 | 第48-49页 |
| ·单exon非编码基因筛选与整体非编码基因分类 | 第49页 |
| ·候选非编码基因常规分析 | 第49-50页 |
| ·Intronic lncRNA与宿主基因及上下游10kb相邻蛋白编码基因的功能富集 | 第50页 |
| ·潜在小RNA前体分子预测 | 第50页 |
| ·新鉴定intronic lncRNA功能富集与聚类 | 第50页 |
| ·结果与分析 | 第50-69页 |
| ·原始数据前处理 | 第50-51页 |
| ·小鼠原注释基因修订与非编码RNA基因的鉴定 | 第51-55页 |
| ·编码基因与非编码基因区分、单exon非编码基因的筛选及非编码基因分类 | 第55-57页 |
| ·基因组结构特征分析 | 第57-58页 |
| ·染色质修饰信号富集及保守性分析 | 第58-61页 |
| ·非编码RNA基因的表达谱分析 | 第61-64页 |
| ·Intronic lncRNA是许多已知小ncRNA的前体分子 | 第64-65页 |
| ·Intronic lncRNA与宿主基因和相邻编码基因的表达相关性及其功能富集 | 第65-67页 |
| ·Intronic lncRNA基因的功能预测 | 第67-68页 |
| ·Antisense lncRNA基因的鉴定 | 第68-69页 |
| ·讨论 | 第69-72页 |
| 3 小鼠HOUSE-KEEPING基因与TISSUE-SPECIFIC基因 | 第72-98页 |
| ·材料与方法 | 第72-77页 |
| ·数据材料 | 第72页 |
| ·实验材料 | 第72页 |
| ·研究方法 | 第72-77页 |
| ·原始RNA-seq数据前处理 | 第73页 |
| ·高质量reads映射(mapping) | 第73页 |
| ·表达量计算 | 第73-74页 |
| ·表达阈值确定 | 第74页 |
| ·HK基因分类模型 | 第74-75页 |
| ·常规基因组特征挖掘 | 第75页 |
| ·HK基因与TS基因的功能富集 | 第75页 |
| ·HK基因与睾丸、脑特异表达的TS基因的经典通路富集 | 第75页 |
| ·候选内参基因的QPCR实验验证 | 第75-77页 |
| ·精子发生相关lncRNA的筛选 | 第77页 |
| ·结果与分析 | 第77-96页 |
| ·RNA-seq原始数据前处理与mapping | 第77页 |
| ·HK基因与TS基因的鉴定 | 第77-79页 |
| ·小鼠HK基因与人注释基因的同源性比较 | 第79-80页 |
| ·HK基因的分类 | 第80-81页 |
| ·基因组序列与结构分析 | 第81-84页 |
| ·HK基因与TS基因的表达谱分析 | 第84-86页 |
| ·HK基因与TS基因功能富集与比较 | 第86-87页 |
| ·Pathway富集分析 | 第87-89页 |
| ·传统内参基因与新发现内参基因的表达量验证 | 第89-91页 |
| ·Real-time RT-PCR鉴定新型内参基因 | 第91-95页 |
| ·精子发生相关lncRNA的筛选 | 第95-96页 |
| ·讨论 | 第96-98页 |
| 4 总结与展望 | 第98-99页 |
| 参考文献 | 第99-108页 |
| 附录 | 第108-115页 |
| 附图1 15个组织RNA-SEQ数据的散布情况 | 第108页 |
| 附图2 所有蛋白编码基因在各组织的FPKM分布情况 | 第108-109页 |
| 附图3 所有非编码基因在各组织的FPKM分布情况 | 第109页 |
| 附图4 15个组织相关关系远近分布 | 第109-110页 |
| 附图5 新型蛋白编码基因INTERPROSCAN功能注释 | 第110-111页 |
| 附表1 HK基因DAVID功能富集(显著性TOP30) | 第111-113页 |
| 附表2 TS基因DAVID功能富集(显著性TOP30) | 第113-115页 |
| 作者简介及在学期间发表的学术论文与研究成果 | 第115页 |
| 作者简历 | 第115页 |
| 已发表或正式接受的学术论文 | 第115页 |
| 参加的研究项目及获奖情况 | 第115页 |
