禽致病性大肠杆菌全基因组测序与比较基因组学分析
| 摘要 | 第1-8页 |
| Abstract | 第8-10页 |
| 缩略词 | 第10-11页 |
| 1 文献综述 | 第11-22页 |
| ·微生物基因组学研究 | 第11-17页 |
| ·微生物基因组学的研究背景 | 第11-12页 |
| ·基因组测序技术的发展 | 第12-14页 |
| ·基因组学的研究方法 | 第14-15页 |
| ·微生物基因组学的应用 | 第15-17页 |
| ·禽致病性大肠杆菌研究进展 | 第17-22页 |
| ·禽致病性大肠杆菌病原学 | 第17页 |
| ·禽致病性大肠杆菌流行病学 | 第17-18页 |
| ·禽致病性大肠杆菌毒力因子研究进展 | 第18-20页 |
| ·禽致病性大肠杆菌基因组学研究进展 | 第20-22页 |
| 2 研究目的和意义 | 第22-23页 |
| 3 材料和方法 | 第23-31页 |
| ·材料 | 第23-24页 |
| ·菌株 | 第23页 |
| ·主要工具酶及试剂 | 第23页 |
| ·主要培养基及溶液的配制 | 第23-24页 |
| ·主要仪器与设备 | 第24页 |
| ·方法 | 第24-31页 |
| ·测序菌株的保存与复苏 | 第24页 |
| ·细菌全基因组的提取 | 第24-25页 |
| ·禽致病性大肠杆菌基因组序列的测定 | 第25-26页 |
| ·禽致病性大肠杆菌基因组注释与分析 | 第26-28页 |
| ·禽致病性大肠杆菌比较基因组学分析 | 第28页 |
| ·禽致病性大肠杆菌基因组进化分析 | 第28-31页 |
| 4 结果与分析 | 第31-51页 |
| ·所测禽致病性大肠杆菌的基本特征 | 第31页 |
| ·所测禽致病性大肠杆菌基因组的基本特征 | 第31-39页 |
| ·所测菌株基因组测序拼接结果的统计 | 第31页 |
| ·所测菌株基因组基本结构和特征 | 第31-34页 |
| ·基因组中的插入序列(IS)的分析 | 第34-37页 |
| ·基因组中的噬菌体相关编码基因 | 第37-39页 |
| ·禽致病性大肠杆菌比较基因组学分析 | 第39-44页 |
| ·4株禽致病性大肠杆菌同源基因聚类分析 | 第39-42页 |
| ·基因组共线性分析 | 第42-44页 |
| ·插入和缺失分析 | 第44页 |
| ·相关质粒的分析 | 第44-47页 |
| ·相关毒力因子的分析 | 第47-49页 |
| ·基因组进化分析 | 第49-51页 |
| 5 讨论 | 第51-54页 |
| ·基因组测序策略 | 第51页 |
| ·比较基因组学分析 | 第51-52页 |
| ·相关质粒的分析 | 第52页 |
| ·相关毒力因子的分析 | 第52-53页 |
| ·后续工作展望 | 第53-54页 |
| 6 结论 | 第54-55页 |
| 参考文献 | 第55-64页 |
| 致谢 | 第64-65页 |
| 附录 | 第65-69页 |
