| 中国农业科学院博士学位论文评阅人、答辩委员会签名表 | 第1-5页 |
| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6-12页 |
| 英文缩略表 | 第12-13页 |
| 第一章 引言 | 第13-23页 |
| ·莱姆病螺旋体的基因分型 | 第13-14页 |
| ·莱姆病螺旋体的生活史 | 第14-18页 |
| ·感染与致病机制 | 第18-19页 |
| ·莱姆病螺旋体基因组 | 第19-20页 |
| ·我国莱姆病螺旋体的分布和流行 | 第20-21页 |
| ·疫苗及展望 | 第21-22页 |
| ·研究的目的和意义 | 第22-23页 |
| 第二章 莱姆病螺旋体 B. garinii SZ 株的致病性及组织嗜性分析 | 第23-39页 |
| ·材料和方法 | 第23-28页 |
| ·B. garinii SZ 单克隆菌株的制备 | 第23页 |
| ·菌株及培养 | 第23-24页 |
| ·多位点序列分析 | 第24页 |
| ·动物实验 | 第24-25页 |
| ·脏器收集及病理切片的制备 | 第25页 |
| ·病原体分离培养 | 第25页 |
| ·基因组的提取 | 第25-26页 |
| ·Real-time PCR 方法的建立 | 第26-28页 |
| ·统计学处理 | 第28页 |
| ·结果与分析 | 第28-37页 |
| ·B. garinii SZ 单克隆菌株的获得 | 第28页 |
| ·多位点序列分析(MLSA) | 第28-30页 |
| ·荧光定量 PCR 方法的建立 | 第30-32页 |
| ·小鼠各组织中莱姆病螺旋体载量的定量研究 | 第32-34页 |
| ·小鼠组织的病理学实验结果 | 第34-37页 |
| ·讨论 | 第37-39页 |
| 第三章 我国三种蜱感染和传播 B. garinii SZ 的研究 | 第39-48页 |
| ·材料和方法 | 第39-41页 |
| ·蜱的收集 | 第39-40页 |
| ·菌株 | 第40页 |
| ·实验动物 | 第40页 |
| ·莱姆病螺旋体易感动物的确定 | 第40页 |
| ·甘肃藏区采集的青海血蜱携带莱姆病螺旋体的研究 | 第40页 |
| ·青海血蜱、长角血蜱和血红扇头蜱螺旋体非感染种群的建立 | 第40页 |
| ·莱姆病人工宿主动物模型的建立 | 第40-41页 |
| ·经期传播实验 | 第41页 |
| ·检测方法 | 第41页 |
| ·结果与分析 | 第41-46页 |
| ·莱姆病螺旋体易感动物的确定 | 第41页 |
| ·甘南地区采集的青海血蜱携带莱姆病螺旋体的研究 | 第41页 |
| ·青海血蜱感染和传播不同基因型莱姆病螺旋体的能力 | 第41-43页 |
| ·长角血蜱感染和传播不同基因型莱姆病螺旋体的能力 | 第43-44页 |
| ·血红扇头蜱感染和传播不同基因型莱姆病螺旋体的能力 | 第44-46页 |
| ·讨论 | 第46-48页 |
| 第四章 莱姆病螺旋体 B. garinii SZ 的全基因组测序和比较分析 | 第48-56页 |
| ·材料和方法 | 第48-49页 |
| ·菌株及培养 | 第48页 |
| ·全基因组 DNA 的提取 | 第48-49页 |
| ·DNA 的定量和质检 | 第49页 |
| ·全基因组测序 | 第49页 |
| ·生物信息分析 | 第49页 |
| ·结果和分析 | 第49-54页 |
| ·测序文库的构建和质检结果 | 第49-50页 |
| ·序列拼接 | 第50页 |
| ·基因预测 | 第50-51页 |
| ·基因注释 | 第51-52页 |
| ·rRNA 和 tRNA 预测 | 第52页 |
| ·CRISPR 预测 | 第52-53页 |
| ·CNV 分析 | 第53页 |
| ·质粒分析 | 第53-54页 |
| ·讨论 | 第54-56页 |
| 第五章 莱姆病螺旋体 B. garinii SZ 株的质粒及其表达分析 | 第56-65页 |
| ·材料与方法 | 第56-58页 |
| ·菌株及培养条件 | 第56页 |
| ·动物实验 | 第56-57页 |
| ·脏器收集 | 第57页 |
| ·感染组织 DNA 和 RNA 的提取 | 第57页 |
| ·引物设计 | 第57页 |
| ·PCR 反应体系 | 第57页 |
| ·荧光定量 RT-PCR | 第57-58页 |
| ·统计学处理 | 第58页 |
| ·结果与分析 | 第58-63页 |
| ·B. burgdorferi B31 和 B. garinii SZ 菌株各质粒标识基因的扩增情况 | 第58-59页 |
| ·B. burgdorferi B31 和 B. garinii SZ 菌株感染小鼠后各组织中的质粒组分分布情况 | 第59-61页 |
| ·B. garinii SZ 组小鼠的脑组织、心脏、肝脏和脾脏中各质粒组分相对 B. burgdorferi B31 组的表达丰度分析 | 第61-63页 |
| ·讨论 | 第63-65页 |
| 第六章 莱姆病螺旋体 B. garinii SZ 的转录组测序和比较分析 | 第65-75页 |
| ·材料与方法 | 第65-67页 |
| ·菌株及培养条件 | 第65页 |
| ·mRNA 的纯化及测序文库构建 | 第65页 |
| ·转录组测序 | 第65-66页 |
| ·生物信息分析 | 第66页 |
| ·部分差异基因的荧光定量 RT-PCR 验证 | 第66-67页 |
| ·统计学处理 | 第67页 |
| ·结果与分析 | 第67-74页 |
| ·测序文库质检结果 | 第67-68页 |
| ·测序结果的质量控制 | 第68-69页 |
| ·数据预处理 | 第69页 |
| ·Unigenes 的组装 | 第69页 |
| ·差异表达分析 | 第69-71页 |
| ·差异基因的 GO 和 KEGG 分析 | 第71-73页 |
| ·荧光定量 RT-PCR | 第73-74页 |
| ·讨论 | 第74-75页 |
| 第七章 全文结论 | 第75-76页 |
| 参考文献 | 第76-87页 |
| 致谢 | 第87-88页 |
| 作者简历 | 第88页 |
