| 摘要 | 第1-13页 |
| ABSTRACT | 第13-18页 |
| 主要缩略词表 | 第18-19页 |
| 第一部分 文献综述 | 第19-39页 |
| 第一章 棉花遗传连锁图的研究进展 | 第19-27页 |
| 1 棉属的分类及进化 | 第19-21页 |
| ·异源四倍体棉At染色体供体 | 第19-20页 |
| ·异源四倍体棉Dt染色体供体 | 第20-21页 |
| 2 分子标记技术的研究状况 | 第21-23页 |
| ·简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)扩增多态性 | 第22页 |
| ·单核苷酸多态性(Single Nucletide Polymorphisms,SNPs) | 第22-23页 |
| ·反转录转座子微卫星扩增多态性(retrotransposon-microsatellite amplified polymorphism,REMAP) | 第23页 |
| 3 棉花遗传连锁图的研究进展 | 第23-27页 |
| 第二章 棉花质量性状基因定位的研究 | 第27-31页 |
| 1 多标记基因系的培育 | 第27-28页 |
| 2 棉花主要的质量性状 | 第28-29页 |
| ·形态性状 | 第28页 |
| ·花器性状 | 第28-29页 |
| ·种子性状 | 第29页 |
| 3 分子标记技术在质量性状基因定位中的应用 | 第29-31页 |
| 第三章 WRKY转录因子家族的研究进展 | 第31-37页 |
| 1 WRKY转录因子家族的研究 | 第31-35页 |
| ·WRKY转录因子家族的结构特征及分类 | 第32-33页 |
| ·WRKY转录因子家族的进化 | 第33-34页 |
| ·WRKY转录因子的功能 | 第34-35页 |
| ·WRKY转录因子在生物胁迫中的作用 | 第34页 |
| ·WRKY转录因子在非生物胁迫中的作用 | 第34-35页 |
| ·WRKY转录因子参与生物的发育和代谢过程 | 第35页 |
| 2 棉花WRKY转录因子家族的研究 | 第35-37页 |
| 本研究的目的及意义 | 第37-39页 |
| 第二部分 研究报告 | 第39-115页 |
| 第四章 棉花海陆种间高密度遗传图谱的加密及基因组结构分析 | 第39-61页 |
| 1 材料与方法 | 第40-43页 |
| ·材料 | 第40页 |
| ·引物来源 | 第40页 |
| ·DNA提取 | 第40-42页 |
| ·SSR标记的扩增与电泳 | 第42-43页 |
| ·SSR反应体系 | 第42页 |
| ·SSR扩增程序 | 第42页 |
| ·SSR聚丙烯酰胺凝胶电泳 | 第42-43页 |
| ·遗传连锁图的构建 | 第43页 |
| 2 结果与分析 | 第43-52页 |
| ·海陆种间遗传图谱总体概括 | 第43-44页 |
| ·新旧图谱比较 | 第44-46页 |
| ·图谱中重复位点分布特征 | 第46-49页 |
| ·连锁群上标记位点的分布特征 | 第49页 |
| ·偏分离标记富集区 | 第49-52页 |
| 3 讨论 | 第52-61页 |
| ·棉花高密度遗传图谱的构建 | 第52-53页 |
| ·标记位点在连锁群上的分布 | 第53页 |
| ·棉花偏分离富集区的分布 | 第53-61页 |
| 第五章 棉花红株R_1和茸毛T_1乃基因的精细定位及候选基因分析 | 第61-85页 |
| 1 材料与方法 | 第62-69页 |
| ·材料 | 第62页 |
| ·红株R_1基因精细定位群体构建 | 第62页 |
| ·茸毛T_1基因精细定位群体构建 | 第62页 |
| ·DNA提取 | 第62页 |
| ·分子标记扩增与电泳 | 第62-63页 |
| ·分子标记扩增体系 | 第63页 |
| ·PCR扩增程序 | 第63页 |
| ·聚丙烯酰胺凝胶电泳 | 第63页 |
| ·生物信息学分析 | 第63页 |
| ·候选基因克隆 | 第63-66页 |
| ·候选基因的PCR扩增 | 第63-64页 |
| ·候选基因PCR产物回收 | 第64页 |
| ·候选基因PCR产物连接 | 第64页 |
| ·候选基因连接产物转化 | 第64-66页 |
| ·大肠杆菌感受态制备 | 第64-65页 |
| ·PCR连接产物转化 | 第65页 |
| ·候选基因PCR产物测序 | 第65-66页 |
| ·候选基因定量PCR分析 | 第66-69页 |
| ·棉花叶片材料 | 第66页 |
| ·棉花RNA提取 | 第66-67页 |
| ·RNA反转录 | 第67页 |
| ·荧光定量PCR | 第67-69页 |
| ·荧光定量PCR分析 | 第67-69页 |
| ·荧光定量PCR所用引物 | 第69页 |
| 2 结果与分析 | 第69-81页 |
| ·棉花红株R_1基因的精细定位及候选基因的初步克隆 | 第69-75页 |
| ·红株性状的遗传分析 | 第69-70页 |
| ·红株R_1基因的精细定位 | 第70-72页 |
| ·红株候选基因的选择 | 第72页 |
| ·红株候选基因的Q-PCR验证 | 第72-75页 |
| ·棉花茸毛T_1基因的精细定位及候选基因的初步克隆 | 第75-81页 |
| ·茸毛性状的遗传分析 | 第75页 |
| ·茸毛T_1基因的定位 | 第75-77页 |
| ·茸毛候选基因的选择 | 第77页 |
| ·棉花茸毛的电镜观察 | 第77-78页 |
| ·茸毛候选基因的Q-PCR验证 | 第78-81页 |
| 3 讨论 | 第81-85页 |
| ·棉花质量性状基因的精细定位 | 第81页 |
| ·棉花质量性状-红叶及茸毛候选基因的选择与验证 | 第81-82页 |
| ·红叶及茸毛基因在未来中的应用 | 第82-85页 |
| 第六章 棉花WRKY转录因子家族全基因组鉴定 | 第85-115页 |
| 1 材料与方法 | 第86-89页 |
| ·材料 | 第86页 |
| ·植物材料的胁迫处理 | 第86-87页 |
| ·RNA提取 | 第87页 |
| ·WRKY基因的克隆与Q-PCR | 第87-88页 |
| ·Q-PCR分析方法 | 第87-88页 |
| ·Q-PCR所用引物 | 第88页 |
| ·数据库及数据查询 | 第88页 |
| ·基因注释 | 第88-89页 |
| ·序列比对及进化树构建 | 第89页 |
| ·WRKY转录因子序列比对 | 第89页 |
| ·WRKY转录因子进化树构建 | 第89页 |
| 2 结果与分析 | 第89-110页 |
| ·棉花EST数据库中WRKY转录因子查找 | 第89-90页 |
| ·WRKY转录因子结构和分类 | 第90页 |
| ·雷蒙德氏棉全基因组WRKY转录因子注释 | 第90-94页 |
| ·雷蒙德氏棉WRKY转录因子分类 | 第94-96页 |
| ·雷蒙德氏棉WRKY转录因子结构变化 | 第96-98页 |
| ·雷蒙德氏棉和拟南芥WRKY转录因子亚组成员数量比较 | 第98-100页 |
| ·雷蒙德氏棉WRKY转录因子保守结构域系统进化分析 | 第100-101页 |
| ·整合来自不同途径预测的WRKY转录因子 | 第101页 |
| ·陆地棉WRKY转录因子家族成员的克隆 | 第101-110页 |
| ·陆地棉WRKY转录因子基因结构分析 | 第102-103页 |
| ·陆地棉WRKY转录因子表达分析 | 第103-106页 |
| ·陆地棉WRKY转录因子在非生物胁迫下表达分析 | 第106-110页 |
| 3 讨论 | 第110-115页 |
| ·不同棉种WRKY转录因子家族及亚家族的组成及分组 | 第110页 |
| ·WRKY转录因子成员在染色体上的分布 | 第110-111页 |
| ·WRKY转录因子保守结构域的进化 | 第111页 |
| ·棉花WRKY转录因子表达特征分析 | 第111-115页 |
| 全文结论 | 第115-117页 |
| 参考文献 | 第117-129页 |
| 附录 | 第129-155页 |
| 攻读博士学位期间已发表的论文 | 第155-157页 |
| 致谢 | 第157页 |
