| 摘要 | 第1-4页 |
| Abstract | 第4-9页 |
| 第一部分 前言 | 第9-15页 |
| 1 鸟类线粒体基因组研究概述 | 第9-10页 |
| 2 雀形目鸟类系统发育研究的进展 | 第10-11页 |
| ·雀形目鸟类简介 | 第10页 |
| ·雀形目鸟类线粒体分子进化研究现状 | 第10-11页 |
| 3 研究物种简介 | 第11-12页 |
| ·大山雀 | 第11-12页 |
| ·绿背山雀 | 第12页 |
| 4 研究的目的和意义 | 第12-15页 |
| 第二部分 材料和方法 | 第15-27页 |
| 1 实验材料 | 第15-17页 |
| ·标本的采集与保存 | 第15页 |
| ·实验仪器和试剂 | 第15-17页 |
| 2 实验方法 | 第17-22页 |
| ·总DNA提取 | 第17页 |
| ·总DNA检测 | 第17-18页 |
| ·PCR引物设计及PCR扩增 | 第18-22页 |
| 3 数据分析方法 | 第22-23页 |
| ·测序片段的拼接和注释 | 第23页 |
| ·全线粒体基因结构组成特征分析 | 第23页 |
| ·RNA基因二级结构的预测 | 第23页 |
| 4 雀形目鸟类系统发育分析方法 | 第23-27页 |
| ·数据来源 | 第23-25页 |
| ·序列比对 | 第25页 |
| ·碱基特征分析 | 第25页 |
| ·系统发育信号检测 | 第25-26页 |
| ·所采用系统树构建方法 | 第26-27页 |
| 第三部分 实验结果 | 第27-29页 |
| 1 总DNA提取结果 | 第27页 |
| 2 PCR扩增及纯化结果 | 第27-28页 |
| ·L-PCR扩增 | 第27-28页 |
| ·Sub-PCR扩增 | 第28页 |
| 3 序列的拼接及注释 | 第28-29页 |
| 第四部分 大山雀线粒体全基因组 | 第29-37页 |
| 1 基因组注释与基因顺序 | 第29-31页 |
| 2 碱基组成特征 | 第31页 |
| 3 基因间隔序列和基因重叠区 | 第31页 |
| 4 蛋白质编码基因和氨基酸组成 | 第31-32页 |
| 5 RNA基因及其二级结构的预测 | 第32-36页 |
| ·tRNA二级结构 | 第32-35页 |
| ·rRNA二级结构 | 第35-36页 |
| 6 控制区情况统计 | 第36-37页 |
| 第五部分 绿背山雀线粒体基因组 | 第37-45页 |
| 1 基因组注释与基因顺序 | 第37-39页 |
| 2 碱基组成特征 | 第39页 |
| 3 基因间隔序列和基因重叠区 | 第39页 |
| 4 蛋白编码基因及密码子使用 | 第39-40页 |
| 5 RNA基因及其二级结构的预测 | 第40-44页 |
| ·tRNA二级结构 | 第40-42页 |
| ·rRNA二级结构 | 第42-44页 |
| 6 控制区情况统计 | 第44-45页 |
| 第六部分 雀形目线粒体基因组分析 | 第45-49页 |
| 1 48种雀形目鸟类线粒体数据集密码子使用情况比较 | 第45页 |
| 2 遗传距离 | 第45-46页 |
| 3 ND3基因的胞嘧啶插入现象 | 第46页 |
| 4 控制区分析 | 第46-49页 |
| 第七部分 雀形目系统发育关系分析与讨论 | 第49-61页 |
| 1 48种雀形目鸟类线粒体数据集的组成特点 | 第49-50页 |
| 2 碱基替换的饱和性分析 | 第50页 |
| 3 PTP检验及g1检验 | 第50-51页 |
| 4 构建雀形目鸟类系统发育树 | 第51-58页 |
| ·简约法构建雀形目鸟类系统发育树 | 第51-54页 |
| ·贝叶斯推论法构建雀形目鸟类系统发育树 | 第54-56页 |
| ·最大似然法构建雀形目鸟类系统发育树 | 第56-58页 |
| 5 系统发育分析结果讨论 | 第58-61页 |
| 总结 | 第61-63页 |
| 参考文献 | 第63-69页 |
| 致谢 | 第69-71页 |
| 攻读硕士学位期间的研究成果 | 第71页 |
| 攻读学位期间参与的科研项目 | 第71页 |