MINT-基于Linux平台的宏基因组分析软件
| 摘要 | 第1-6页 |
| ABSTRACT | 第6-7页 |
| 目录 | 第7-9页 |
| 第一章 绪论 | 第9-16页 |
| ·宏基因组学的研究现状以及发展趋势 | 第9-11页 |
| ·现有的分析流程简介 | 第11-14页 |
| ·MG-RAST 分析流程 | 第11-12页 |
| ·RAMMCAP 注释流程 | 第12-13页 |
| ·JCVI Flow | 第13-14页 |
| ·SMASH | 第14页 |
| ·本研究的意义 | 第14-16页 |
| 第二章 MINT 的数据分析方法 | 第16-37页 |
| ·MINT 简介 | 第16-17页 |
| ·数据分析方法和参数 | 第17-37页 |
| ·序列质量控制 | 第17页 |
| ·宿主基因组污染 | 第17-20页 |
| ·物种的注释 | 第20-22页 |
| ·序列组装 | 第22-25页 |
| ·不编码 RNA 基因的预测和注释 | 第25-27页 |
| ·基因组大片段的聚类 | 第27-32页 |
| ·蛋白表达区的预测 | 第32-37页 |
| 第三章 MINT 的功能蛋白注释 | 第37-45页 |
| ·注释用的数据库 | 第37-38页 |
| ·KEGG | 第37页 |
| ·COG 数据库 | 第37页 |
| ·Pfam 数据库 | 第37-38页 |
| ·功能注释 | 第38-40页 |
| ·基于相似度的功能注释 | 第38-39页 |
| ·基于序列特征的功能注释 | 第39页 |
| ·MINT 的蛋白功能注释 | 第39-40页 |
| ·数据挖掘 | 第40-43页 |
| ·寻找功能基因 | 第41-42页 |
| ·差异因子 | 第42-43页 |
| ·小结 | 第43-45页 |
| 第四章 MINT 的程序结构和测试 | 第45-52页 |
| ·MINT 的程序结构 | 第45-50页 |
| ·使用者控制台 | 第45-46页 |
| ·调用的第三方程序 | 第46-50页 |
| ·测试 | 第50页 |
| ·小结 | 第50-52页 |
| 结论与展望 | 第52-54页 |
| 参考文献 | 第54-58页 |
| 攻读硕士学位期间取得的研究成果 | 第58-59页 |
| 致谢 | 第59-60页 |
| 附件 | 第60页 |
