| 中文摘要 | 第1-10页 |
| 英文摘要 | 第10-12页 |
| 第一章 文献综述 | 第12-50页 |
| 一 基因组文库的构建和应用研究进展 | 第12-17页 |
| 1 基因组文库的产生和发展 | 第12-15页 |
| 2 细菌人工染色体文库的构建、保存和鉴定 | 第15-16页 |
| 3 细菌人工染色体文库的应用 | 第16-17页 |
| 二 文昌鱼分子生物学研究进展 | 第17-27页 |
| 1 文昌鱼在系统发生中的地位 | 第17-19页 |
| 2 利用发育调控基因识别文昌鱼和脊椎动物之间身体结构同源性 | 第19-21页 |
| 3 文昌鱼特异的基因倍增 | 第21-25页 |
| 4 文昌鱼比较基因组学研究 | 第25-26页 |
| 5 现有的文昌鱼基因组资源 | 第26-27页 |
| 三 Pax 基因家族研究进展 | 第27-34页 |
| 1 Pax 蛋白的结构 | 第27-29页 |
| 2 Pax 基因的表达 | 第29-30页 |
| 3 Pax 基因与与肿瘤发生的关系 | 第30-31页 |
| 4 Pax 基因突变与疾病的关系 | 第31-32页 |
| 5 与Pax 基因相关的非编码区保守序列 | 第32-34页 |
| 四 论文的选题和目的 | 第34-35页 |
| 参考文献 | 第35-50页 |
| 第二章 白氏文昌鱼细菌人工染色体文库的构建 | 第50-76页 |
| 一 材料和方法 | 第51-56页 |
| 1. 材料 | 第51-52页 |
| ·文昌鱼 | 第51页 |
| ·菌株与质粒 | 第51页 |
| ·主要试剂 | 第51页 |
| ·主要仪器 | 第51-52页 |
| 2. 方法 | 第52-56页 |
| ·高分子量（HMW）基因组DNA 的抽提 | 第52-53页 |
| ·部分酶切和大片断DNA 的回收 | 第53-54页 |
| ·电击感受态制备 | 第54页 |
| ·连接与转化 | 第54页 |
| ·重组克隆插入片断大小的鉴定 | 第54-55页 |
| ·单克隆分离和培养 | 第55页 |
| ·BAC 文库的筛选 | 第55-56页 |
| 二 结果 | 第56-69页 |
| 1 洗涤缓冲液的选择 | 第56-57页 |
| 2 预电泳效果 | 第57-59页 |
| 3 部分酶切条件的选择 | 第59-60页 |
| 4 片断选择 | 第60-62页 |
| 5 连接与转化 | 第62页 |
| 6 外源DNA 的选择 | 第62-64页 |
| 7 文库的建立 | 第64-65页 |
| 8 文库的鉴定 | 第65-66页 |
| 9 PCR 法从BAC 文库中筛选含Pax 基因的阳性克隆 | 第66-69页 |
| 三 讨论 | 第69-72页 |
| 1 大片断DNA 的提取方法的改进 | 第69-70页 |
| 2 连接的比例和浓度 | 第70-71页 |
| 3 文库的质量 | 第71页 |
| 4 文库的筛选 | 第71-72页 |
| 参考文献 | 第72-76页 |
| 第三章 Pax 基因家族系统进化分析 | 第76-126页 |
| 一 材料与方法 | 第77-80页 |
| 1 BAC 克隆的测序 | 第77-78页 |
| 2 文昌鱼BAC 克隆含有基因的预测 | 第78页 |
| 3 Pax 基因的比较分析 | 第78-80页 |
| 二 结果 | 第80-108页 |
| 1 包含Pax 基因的BAC 克隆的测序结果 | 第80-81页 |
| 2 Pax1/9 亚基因家族的序列与结构比较 | 第81-87页 |
| 3 Pax2/5/8 亚家族基因的序列与结构比较 | 第87-92页 |
| 4 Pax3/7 亚基因家族的序列与结构比较 | 第92-97页 |
| 5 Pax4/6 亚基因家族的序列与结构比较 | 第97-99页 |
| 6 海胆和文昌鱼中非典型Pax 基因的发现 | 第99-103页 |
| 7 Pax 亚家族的四簇聚类定位分析 | 第103-105页 |
| 8 Pax 基因家族的系统发生关系 | 第105-108页 |
| 三 讨论 | 第108-115页 |
| 1 Pax4/6 亚家族倍增时间 | 第108页 |
| 2 Pax 亚家族基因结构的进化 | 第108-110页 |
| 3 文昌鱼比海鞘更接近于脊椎动物的直接共同祖先 | 第110-112页 |
| 4 Pax 基因家族的演化 | 第112-115页 |
| 参考文献 | 第115-126页 |
| 第四章 Pax1/9 相关的旁系同源域和非编码区保守域的鉴定 | 第126-151页 |
| 一 材料与方法 | 第127-128页 |
| 1 识别与Pax 连锁的旁系同源基因 | 第127页 |
| 2 脊椎动物和非脊椎动物同源基因组序列间比较 | 第127-128页 |
| 二 结果 | 第128-141页 |
| 1. 脊椎动物中Pax1/9 相关的旁系同源域 | 第128-130页 |
| 2. 非脊椎动物中同源基因的连锁 | 第130-132页 |
| 3 连锁同源基因的系统进化分析 | 第132-138页 |
| 4. 非编码保守域的发现 | 第138-141页 |
| 三 讨论 | 第141-146页 |
| 1 含Pax1/9 基因的同线型区域的进化 | 第141-144页 |
| 2 Pax1/9 基因座的非编码保守序列 | 第144-146页 |
| 参考文献 | 第146-151页 |
| 结 论 | 第151-153页 |
| 博士期间发表论文 | 第153-154页 |
| 致谢 | 第154页 |
