基于大肠杆菌K12-NCM3722对数期与稳定期从分子到生理水平的研究
| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 第1章 文献综述 | 第10-15页 |
| 1.1 大肠杆菌 | 第10页 |
| 1.2 大肠杆菌对数期与稳定期的研究 | 第10-11页 |
| 1.2.1 细菌生长曲线 | 第10页 |
| 1.2.2 对数期与稳定期的研究 | 第10-11页 |
| 1.3 转录组学概况 | 第11-12页 |
| 1.3.1 转录组学 | 第11页 |
| 1.3.2 转录组测序技术及应用 | 第11-12页 |
| 1.4 代谢组学研究概况 | 第12-13页 |
| 1.4.1 代谢组学 | 第12页 |
| 1.4.2 代谢组学常用技术及应用 | 第12-13页 |
| 1.5 研究内容及意义 | 第13-15页 |
| 1.5.1 研究内容 | 第13页 |
| 1.5.2 研究意义 | 第13-15页 |
| 第2章 大肠杆菌对数期与稳定期的转录组研究 | 第15-36页 |
| 2.1 材料与仪器 | 第15-16页 |
| 2.1.1 菌株 | 第15页 |
| 2.1.2 试剂 | 第15页 |
| 2.1.3 培养条件及培养基 | 第15-16页 |
| 2.1.4 实验仪器 | 第16页 |
| 2.2 实验方法 | 第16-18页 |
| 2.2.2 转录组实验方案 | 第16-18页 |
| 2.2.2.1 转录组取样 | 第16-17页 |
| 2.2.2.2 RNA提取及检测 | 第17-18页 |
| 2.2.2.3 构建测序文库 | 第18页 |
| 2.2.2.4 测序及数据分析 | 第18页 |
| 2.3 结果 | 第18-33页 |
| 2.3.1 摇瓶培养菌体结果 | 第18页 |
| 2.3.2 RNA提取结果 | 第18-19页 |
| 2.3.3 转录组数据质控及基因组比对 | 第19-20页 |
| 2.3.4 基因表达定量及组间重复性检验 | 第20-22页 |
| 2.3.5 分组间差异分析 | 第22-24页 |
| 2.3.6 转录组显著差异基因变化趋势分析 | 第24-28页 |
| 2.3.7 基因GO聚类分析 | 第28-29页 |
| 2.3.8 基因KEGG代谢通路分析 | 第29-33页 |
| 2.4 讨论 | 第33-34页 |
| 2.5 小结 | 第34-36页 |
| 第3章 大肠杆菌对数期与稳定期的代谢组学研究 | 第36-49页 |
| 引言 | 第36页 |
| 3.1 材料与仪器 | 第36页 |
| 3.1.1 实验材料 | 第36页 |
| 3.1.2 实验试剂 | 第36页 |
| 3.1.3 实验仪器 | 第36页 |
| 3.2 代谢组实验方法 | 第36-39页 |
| 3.2.1 菌体培养 | 第36-37页 |
| 3.2.2 取样方案 | 第37页 |
| 3.2.3 样品前处理 | 第37-38页 |
| 3.2.4 代谢组数据处理与分析 | 第38-39页 |
| 3.3 结果与分析 | 第39-48页 |
| 3.3.1 质控结果 | 第39页 |
| 3.3.2 代谢物检测结果 | 第39页 |
| 3.3.3 代谢物趋势分析 | 第39-47页 |
| 3.3.4 菌体和上清液代谢组比对 | 第47-48页 |
| 3.4 小结 | 第48-49页 |
| 第4章 大肠杆菌对数期与稳定期的生理水平的研究 | 第49-57页 |
| 4.1 材料与仪器 | 第49页 |
| 4.1.1 实验材料 | 第49页 |
| 4.1.2 实验试剂 | 第49页 |
| 4.1.3 实验仪器 | 第49页 |
| 4.2 实验方法 | 第49-51页 |
| 4.2.1 菌体培养 | 第49页 |
| 4.2.2 活菌计数 | 第49-50页 |
| 4.2.3 压力试验 | 第50页 |
| 4.2.4 总蛋白定量 | 第50页 |
| 4.2.5 总DNA定量 | 第50-51页 |
| 4.2.6 总RNA定量 | 第51页 |
| 4.3 结果 | 第51-55页 |
| 4.3.1 活菌计数 | 第51-52页 |
| 4.3.2 压力实验 | 第52-53页 |
| 4.3.3 总蛋白定量 | 第53-54页 |
| 4.3.4 总DNA定量 | 第54-55页 |
| 4.3.5 总RNA定量 | 第55页 |
| 4.4 小结 | 第55页 |
| 4.5 讨论 | 第55-57页 |
| 总结 | 第57-59页 |
| 致谢 | 第59-60页 |
| 参考文献 | 第60-63页 |
