| 摘要 | 第3-4页 |
| Abstract | 第4-5页 |
| 第1章 绪论 | 第9-16页 |
| 1.1 研究背景 | 第9-12页 |
| 1.1.1 引言 | 第9页 |
| 1.1.2 DNA序列 | 第9页 |
| 1.1.3 基因测序技术 | 第9-10页 |
| 1.1.4 DNA重复序列 | 第10-12页 |
| 1.2 研究内容 | 第12页 |
| 1.3 研究意义 | 第12-15页 |
| 1.3.1 重复序列在序列比对时造成的问题 | 第12-13页 |
| 1.3.2 在序列拼接中造成的问题 | 第13-15页 |
| 1.4 论文结构 | 第15-16页 |
| 第2章 重复序列的计算生物学研究现状 | 第16-24页 |
| 2.1 查找技术 | 第16-21页 |
| 2.1.1 全新查找技术 | 第16-21页 |
| 2.1.2 基于同源性的查找技术 | 第21页 |
| 2.2 分类方法 | 第21-22页 |
| 2.3 对基因组的标记技术 | 第22页 |
| 2.4 小结 | 第22-24页 |
| 第3章 基于长读数据的RepLong重复序列查找技术 | 第24-46页 |
| 3.1 方法概述 | 第24-26页 |
| 3.2 长读错误纠正 | 第26页 |
| 3.3 长读序列相似性查找 | 第26-30页 |
| 3.3.1 序列重叠 | 第27页 |
| 3.3.2 MHAP方法 | 第27-30页 |
| 3.4 重叠网络建立 | 第30-31页 |
| 3.4.1 网络(图)术语定义 | 第30-31页 |
| 3.5 基团查找 | 第31-33页 |
| 3.6 重复序列抽出 | 第33-34页 |
| 3.7 重复序列合并 | 第34-36页 |
| 3.8 实验结果 | 第36-45页 |
| 3.8.1 实验数据及对比方法 | 第36-37页 |
| 3.8.2 在果蝇数据上的实验结果 | 第37-45页 |
| 3.8.3 在人类数据上结果的比较 | 第45页 |
| 3.9 小结 | 第45-46页 |
| 第4章 基于长读数据的RepPeak重复序列查找技术 | 第46-56页 |
| 4.1 方法概述 | 第46页 |
| 4.2 参考基因组拼接 | 第46-47页 |
| 4.3 长读序列比对参考基因组 | 第47页 |
| 4.4 查找深度变化位置 | 第47-50页 |
| 4.5 分析深度变化位置 | 第50-51页 |
| 4.6 抽出序列 | 第51-52页 |
| 4.7 实验结果 | 第52-55页 |
| 4.8 小结 | 第55-56页 |
| 第5章 总结与展望 | 第56-58页 |
| 5.1 工作总结 | 第56页 |
| 5.2 未来展望 | 第56-58页 |
| 参考文献 | 第58-64页 |
| 致谢 | 第64-65页 |
| 攻读硕士学位期间研究成果 | 第65页 |