| 摘要 | 第6-7页 |
| Abstract | 第7页 |
| 第一章 研究综述 | 第14-26页 |
| 1.1 家养动物驯化研究进展 | 第14-17页 |
| 1.1.1 引言 | 第14页 |
| 1.1.2 与驯化相关的科学问题 | 第14-16页 |
| 1.1.3 基因组时代下的家养动物驯化研究 | 第16-17页 |
| 1.2 适应性基因渗透(Adaptive introgression)在家养动物中的研究进展 | 第17-25页 |
| 1.2.1 什么是适应性基因渗透? | 第17页 |
| 1.2.2 检测基因渗透区域的方法 | 第17-21页 |
| 1.2.3 检测基因渗透的方向 | 第21页 |
| 1.2.4 推断基因渗透区域是否受到选择 | 第21-23页 |
| 1.2.5 家养动物中的适应性基因渗透 | 第23-25页 |
| 1.3 本课题的研究内容 | 第25-26页 |
| 第二章 牛属内物种系统发生关系研究 | 第26-44页 |
| 2.1 研究背景 | 第26-27页 |
| 2.2 研究材料和方法 | 第27-30页 |
| 2.2.1 样品采集与测序 | 第27-28页 |
| 2.2.2 序列质控与比对 | 第28-29页 |
| 2.2.3 检测染色体位点与基因组注释 | 第29页 |
| 2.2.4 物种系统分化分析 | 第29-30页 |
| 2.2.5 分歧时间推断 | 第30页 |
| 2.2.6 种群历史分析 | 第30页 |
| 2.3 研究结果与讨论 | 第30-44页 |
| 2.3.1 系统发生关系 | 第30-38页 |
| 2.3.2 物种分歧时间 | 第38-41页 |
| 2.3.3 物种群体历史 | 第41-44页 |
| 第三章 基因渗透促进牛属内物种的驯化和环境适应 | 第44-61页 |
| 3.1 研究背景 | 第44页 |
| 3.2 研究材料和方法 | 第44-46页 |
| 3.2.1 样品采集与测序 | 第44-45页 |
| 3.2.2 序列质控、比对与变异位点检测 | 第45页 |
| 3.2.3 个体系统发生关系与群体结构分析 | 第45-46页 |
| 3.2.4 物种间基因渗透分析 | 第46页 |
| 3.2.5 基因渗透区域的检测 | 第46页 |
| 3.2.6 基因渗透区域的注释与富集分析 | 第46页 |
| 3.3 研究结果与讨论 | 第46-61页 |
| 3.3.1 个体系统发生关系与群体结构分析 | 第46-49页 |
| 3.3.2 物种间基因渗透分析 | 第49-50页 |
| 3.3.3 西藏牛与牦牛的基因渗透 | 第50-57页 |
| 3.3.4 瘤牛与大额牛、瘤牛与巴厘牛的基因渗透 | 第57-61页 |
| 第四章 中国西藏牛的复杂遗传历史与离原适应 | 第61-72页 |
| 4.1 研究背景 | 第61-62页 |
| 4.2 研究材料和方法 | 第62-63页 |
| 4.2.1 样品采集与测序 | 第62页 |
| 4.2.2 序列质控、比对与变异位点检测 | 第62页 |
| 4.2.3 群体遗传学分析 | 第62页 |
| 4.2.4 选择信号分析 | 第62页 |
| 4.2.5 基因渗透分析 | 第62页 |
| 4.2.6 群体历史分析 | 第62-63页 |
| 4.3 研究结果与讨论 | 第63-72页 |
| 4.3.1 群体遗传学分析 | 第63-67页 |
| 4.3.2 选择信号分析 | 第67页 |
| 4.3.3 基因渗透分析 | 第67-71页 |
| 4.3.4 群体历史分析 | 第71-72页 |
| 第五章 总结 | 第72-73页 |
| 参考文献 | 第73-84页 |
| 附录A 样品信息表 | 第84-88页 |
| 致谢 | 第88-89页 |
| 作者简历 | 第89页 |