蛇类线粒体基因组结构演化研究及原矛头蝮属生物地理学分析
| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-7页 |
| 第一章 引言 | 第11-24页 |
| 1.1 蛇类线粒体结构与基因重排方式 | 第11-16页 |
| 1.1.1 线粒体基因组结构特征 | 第11-12页 |
| 1.1.2 线粒体基因重排机制 | 第12-13页 |
| 1.1.3 蛇类线粒体基因重排的研究进展 | 第13-16页 |
| 1.2 双控制区的起源与演化 | 第16-18页 |
| 1.2.1 双控制区的研究进展 | 第16-17页 |
| 1.2.2 双控制区的产生和维持机制 | 第17-18页 |
| 1.3 原矛头蝮属的研究 | 第18-21页 |
| 1.3.1 原矛头蝮属简介 | 第18-20页 |
| 1.3.2 原矛头蝮属研究进展 | 第20-21页 |
| 1.4 生物地理学 | 第21-24页 |
| 1.4.1 生物地理学的定义和学科分类 | 第21页 |
| 1.4.2 生物地理学的发展和展望 | 第21-24页 |
| 第二章 9种蛇类线粒体基因组全序列的测序与分析 | 第24-70页 |
| 2.1 实验材料 | 第24-27页 |
| 2.1.1 实验设备 | 第24-25页 |
| 2.1.2 实验试剂 | 第25-27页 |
| 2.2 实验方法 | 第27-33页 |
| 2.2.1 样品DNA提取 | 第27-28页 |
| 2.2.2 引物设计 | 第28-31页 |
| 2.2.3 序列扩增和测序 | 第31-32页 |
| 2.2.4 数据整理和分析 | 第32-33页 |
| 2.3 结果与分析 | 第33-65页 |
| 2.3.1 菜花原矛头蝮线粒体基因组的结构分析 | 第33-37页 |
| 2.3.2 缅北原矛头蝮线粒体基因组结构分析 | 第37-41页 |
| 2.3.3 角原矛头蝮线粒体基因组的结构分析 | 第41-44页 |
| 2.3.4 喜山原矛头蝮线粒体基因组的结构分析 | 第44-48页 |
| 2.3.5 黄绿原矛头蝮线粒体基因组的结构分析 | 第48-51页 |
| 2.3.6 赤链蛇线粒体基因组的结构分析 | 第51-54页 |
| 2.3.7 黑背链蛇线粒体基因组的结构分析 | 第54-58页 |
| 2.3.8 黄链蛇线粒体基因组的结构分析 | 第58-62页 |
| 2.3.9 刘氏链蛇线粒体基因组的结构分析 | 第62-65页 |
| 2.4 讨论与总结 | 第65-70页 |
| 2.4.1 研究中蛇类线粒体基因组比较 | 第65-66页 |
| 2.4.2 线粒体蛋白编码基因比较 | 第66-68页 |
| 2.4.3 线粒体控制区基因比较 | 第68-70页 |
| 第三章 蛇类线粒体基因组结构演化研究 | 第70-88页 |
| 3.1 数据处理与分析 | 第71-77页 |
| 3.1.1 数据的收集 | 第71-74页 |
| 3.1.2 系统发育关系分析 | 第74-77页 |
| 3.1.3 蛇类基因组结构排列 | 第77页 |
| 3.2 结果与分析 | 第77-82页 |
| 3.2.1 蛇类基因组结构排列的类型和分布 | 第77-78页 |
| 3.2.2 蛇亚目的系统发育关系 | 第78-81页 |
| 3.2.3 蛇类基因组结构排列的演化推测 | 第81-82页 |
| 3.3 讨论与总结 | 第82-88页 |
| 3.3.1 蛇类线粒体基因组结构研究 | 第82-83页 |
| 3.3.2 蛇类基因组重排的热点区域 | 第83-88页 |
| 第四章 蛇类线粒体双控制区的演化研究 | 第88-110页 |
| 4.1 实验材料 | 第89页 |
| 4.2 实验方法 | 第89-96页 |
| 4.2.1 数据收集和样品采集 | 第89-93页 |
| 4.2.2 DNA提取 | 第93页 |
| 4.2.3 PCR扩增和测序结果分析 | 第93-94页 |
| 4.2.4 蛇类线粒体双控制区的系统演化分析 | 第94-95页 |
| 4.2.5 眼镜蛇双控制区的系统演化 | 第95-96页 |
| 4.2.6 重组检测分析 | 第96页 |
| 4.3 结果与分析 | 第96-105页 |
| 4.3.1 蛇类线粒体双控制区的演化 | 第96-100页 |
| 4.3.2 眼镜蛇线粒体双控制区的演化 | 第100-104页 |
| 4.3.3 双控制区重组检测分析 | 第104-105页 |
| 4.4 讨论与总结 | 第105-110页 |
| 4.4.1 蛇类线粒体双控制区的演化方式 | 第105-106页 |
| 4.4.2 眼镜蛇线粒体双控制区的独立演化 | 第106-107页 |
| 4.4.3 双控制区的异源重组 | 第107-108页 |
| 4.4.4 眼镜蛇线粒体双控制区的功能维持 | 第108-110页 |
| 第五章 原矛头蝮属生物地理学研究 | 第110-125页 |
| 5.1 实验材料 | 第110页 |
| 5.2 实验方法 | 第110-116页 |
| 5.2.1 基因组DNA提取 | 第110页 |
| 5.2.2 序列扩增和测序 | 第110-112页 |
| 5.2.3 系统发育关系分析 | 第112-115页 |
| 5.2.4 分歧时间估计 | 第115页 |
| 5.2.5 祖先分布区重建 | 第115-116页 |
| 5.3 结果与分析 | 第116-121页 |
| 5.3.1 系统发育关系和遗传距离分析 | 第116-119页 |
| 5.3.2 分歧时间估算 | 第119-120页 |
| 5.3.3 原矛头蝮属蛇类的生物地理分析 | 第120-121页 |
| 5.4 讨论与总结 | 第121-125页 |
| 5.4.1 系统发育关系 | 第121-122页 |
| 5.4.2 原矛头蝮属蛇类的生物地理历史 | 第122-125页 |
| 参考文献 | 第125-146页 |
| 致谢 | 第146-148页 |
| 攻读博士期间发表的学术论文 | 第148页 |
