| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 第一章 绪论 | 第12-28页 |
| 1.1 酸性矿山废水(AMD)概论 | 第12-15页 |
| 1.1.1 尾矿与AMD | 第12页 |
| 1.1.2 酸性矿山废水的危害 | 第12-13页 |
| 1.1.3 酸性矿山废水的处理 | 第13-14页 |
| 1.1.4 酸性矿山废水的形成原理 | 第14-15页 |
| 1.2 铁氧化嗜酸硫杆菌 | 第15-23页 |
| 1.2.1 氧化亚铁硫杆菌A.ferrooxidans | 第15-19页 |
| 1.2.2 铁氧化嗜酸硫杆菌A.ferridurans | 第19页 |
| 1.2.3 耐寒型氧化亚铁硫杆菌A.ferrivorans | 第19-23页 |
| 1.2.4 铁氧化嗜酸硫杆菌A.ferriphilus | 第23页 |
| 1.3 DNA-Seq | 第23页 |
| 1.3.1 高通量测序技术 | 第23页 |
| 1.4 RNA-Seq | 第23-26页 |
| 1.4.1 RNA-Seq的介绍 | 第24页 |
| 1.4.2 RNA样品的制备 | 第24-25页 |
| 1.4.3 RNA-Seq实验流程 | 第25页 |
| 1.4.4 RNA-Seq数据分析 | 第25-26页 |
| 1.5 本论文的意义及主要研究内容 | 第26-28页 |
| 第二章 嗜酸型铁氧化硫杆菌A. ferriphilus SCUT-1的鉴定及培养 | 第28-42页 |
| 2.1 引言 | 第28页 |
| 2.2 实验菌株及培养 | 第28-29页 |
| 2.2.1 菌株 | 第28页 |
| 2.2.2 培养基 | 第28-29页 |
| 2.3 主要仪器与试剂 | 第29-30页 |
| 2.4 实验方法 | 第30-37页 |
| 2.4.1 A.ferriphilus SCUT-1的16S rRNA鉴定 | 第30-33页 |
| 2.4.2 A.ferriphilus SCUT-1的生长及基质利用情况监测 | 第33-37页 |
| 2.5 结果与分析 | 第37-41页 |
| 2.5.1 A.ferriphilus SCUT-1的鉴定 | 第37-38页 |
| 2.5.2 A.ferriphilus SCUT-1生长及基质利用情况测定 | 第38-41页 |
| 2.6 本章小结 | 第41-42页 |
| 第三章 比较转录组学分析A. ferriphilus SCUT-1硫氧化机制 | 第42-73页 |
| 3.1 引言 | 第42页 |
| 3.2 实验材料 | 第42-44页 |
| 3.3 基因组测序 | 第44页 |
| 3.4 RNA测序 | 第44-50页 |
| 3.4.1 RNA样品制备 | 第44-45页 |
| 3.4.2 RNA提取注意事项 | 第45页 |
| 3.4.3 沉淀的洗涤及菌体收集 | 第45-46页 |
| 3.4.4 RNA提取 | 第46-47页 |
| 3.4.5 RNA样品质量的检测 | 第47-48页 |
| 3.4.6 RNA-Seq高通量测序实验及结果质控 | 第48-49页 |
| 3.4.7 数据处理及分析 | 第49-50页 |
| 3.5 两种嗜酸性硫杆菌氧化S~0或FeS_2显著富集pathway比较 | 第50-51页 |
| 3.6 测序结果分析 | 第51-57页 |
| 3.6.1 基因组测序结果 | 第51-55页 |
| 3.6.2 RNA样品的质检结果 | 第55-56页 |
| 3.6.2.1 RNA-Seq结果概况及质量控制 | 第56页 |
| 3.6.3 差异表达基因概况及分析 | 第56-57页 |
| 3.7 GO分析结果 | 第57-61页 |
| 3.8 KEGG pathway分析结果 | 第61-62页 |
| 3.9 两种嗜酸性硫杆菌氧化S~0或FeS_2显著富集pathway比较结果 | 第62-64页 |
| 3.10 A.ferriphilus SCUT-1硫氧化机制分析 | 第64-72页 |
| 3.11 本章小结 | 第72-73页 |
| 结论与展望 | 第73-75页 |
| 参考文献 | 第75-81页 |
| 附录 | 第81-83页 |
| 攻读硕士学位期间取得的研究成果 | 第83-84页 |
| 致谢 | 第84-85页 |
| 附件 | 第85页 |
