| 摘要 | 第5-8页 |
| Abstract | 第8-10页 |
| 第一章 概述 | 第14-29页 |
| 1.1 禽传染性支气管炎病毒的研究进展 | 第14-24页 |
| 1.1.1 禽传染性支气管炎(IB) | 第14页 |
| 1.1.2 IBV基因组及编码蛋白 | 第14-15页 |
| 1.1.3 IBV结构蛋白 | 第15-16页 |
| 1.1.4 IBV的非结构蛋白 | 第16-18页 |
| 1.1.5 IBV基因的转录与复制 | 第18-19页 |
| 1.1.6 IBV反向遗传学 | 第19页 |
| 1.1.7 IB疫苗研究进展 | 第19-24页 |
| 1.2 2'-O-MTase研究进展 | 第24-26页 |
| 1.2.1 冠状病毒2’-O-MTase抗病毒机制 | 第24-25页 |
| 1.2.2 基于2’-O-MTase的治疗剂进展 | 第25页 |
| 1.2.3 基于2’-O-MTase的疫苗 | 第25-26页 |
| 1.2.4 针对冠状病毒2’-O-MTase活性的药物 | 第26页 |
| 1.3 转录组学在动物病毒研究中的应用 | 第26-29页 |
| 第二章 禽传染性支气管炎病毒突变体IBV-D128A的构建 | 第29-38页 |
| 2.1 材料与方法 | 第29-34页 |
| 2.1.1 病毒与细胞 | 第29页 |
| 2.1.2 主要试剂及其配置 | 第29-30页 |
| 2.1.3 主要试验仪器 | 第30页 |
| 2.1.4 感染性克隆连接片段的制备 | 第30-31页 |
| 2.1.5 含点突变IBV-D128A质粒的获取 | 第31页 |
| 2.1.6 全长cDNA片段的体外连接 | 第31-33页 |
| 2.1.7 蛋白酶K处理连接产物 | 第33页 |
| 2.1.8 连接产物纯化 | 第33页 |
| 2.1.9 体外转录 | 第33-34页 |
| 2.1.10 电转 | 第34页 |
| 2.1.11 观察细胞病变(CPE) | 第34页 |
| 2.2 结果 | 第34-37页 |
| 2.2.1 质粒酶切及目的片段回收 | 第34-35页 |
| 2.2.2 分片段体外连接结果 | 第35-36页 |
| 2.2.3 体外全长连接结果 | 第36页 |
| 2.2.4 病毒拯救结果 | 第36-37页 |
| 2.3 本章小结与讨论 | 第37-38页 |
| 第三章 突变病毒IBV-D128A的生物学特性研究 | 第38-53页 |
| 3.1 材料与方法 | 第38-47页 |
| 3.1.1 病毒与细胞 | 第38页 |
| 3.1.2 主要试剂及其配置 | 第38-40页 |
| 3.1.3 主要试验仪器及系统 | 第40-41页 |
| 3.1.4 病毒滴度测定 | 第41页 |
| 3.1.5 病毒致病力检测 | 第41-42页 |
| 3.1.6 病毒增殖速率测定试验 | 第42页 |
| 3.1.7 病毒核酸表达量测定试验 | 第42-43页 |
| 3.1.8 病毒蛋白表达量比较试验 | 第43-45页 |
| 3.1.9 部分宿主因子检测 | 第45-47页 |
| 3.2 结果与分析 | 第47-52页 |
| 3.2.1 病毒滴度测定结果 | 第47页 |
| 3.2.2 病毒致病力检测结果 | 第47-48页 |
| 3.2.3 病毒增殖速率比较结果 | 第48页 |
| 3.2.4 病毒核酸表达量比较 | 第48-49页 |
| 3.2.5 病毒蛋白表达量比较 | 第49-50页 |
| 3.2.6 部分宿主因子检测 | 第50-52页 |
| 3.3 本章小结与讨论 | 第52-53页 |
| 第四章 突变病毒IBV-D128A感染细胞的转录组学研究 | 第53-78页 |
| 4.1 材料与方法 | 第53-56页 |
| 4.1.1 病毒与细胞 | 第53页 |
| 4.1.2 主要试剂及其配置 | 第53页 |
| 4.1.3 主要试验仪器 | 第53页 |
| 4.1.4 病毒感染细胞试验 | 第53-54页 |
| 4.1.5 RNA的提取 | 第54页 |
| 4.1.6 RNA质量检测 | 第54页 |
| 4.1.7 文库构建，质控和上机测序 | 第54页 |
| 4.1.8 生物信息学分析 | 第54-55页 |
| 4.1.9 转录组数据的验证 | 第55-56页 |
| 4.1.10 差异表达基因编码蛋白的互作分析 | 第56页 |
| 4.2 转录组学结果与分析 | 第56-76页 |
| 4.2.1 总RNA的质量鉴定 | 第56-57页 |
| 4.2.2 RNA-seq各重复之间的相关性 | 第57-58页 |
| 4.2.3 测序数据产出统计 | 第58页 |
| 4.2.4 可变剪切事件预测 | 第58-59页 |
| 4.2.5 荧光定量RT-PCR验证部分差异表达基因 | 第59-60页 |
| 4.2.6 差异表达基因的筛选 | 第60-61页 |
| 4.2.7 差异表达基因数目统计 | 第61-65页 |
| 4.2.8 差异表达基因聚类分析 | 第65-66页 |
| 4.2.9 差异表达基因功能注释和富集分析 | 第66-67页 |
| 4.2.10 差异表达基因GO分类 | 第67-68页 |
| 4.2.11 差异表达基因COG分类 | 第68-69页 |
| 4.2.12 差异表达基因KEGG通路分类 | 第69-72页 |
| 4.2.13 免疫相关基因差异表达 | 第72-73页 |
| 4.2.14 差异表达基因蛋白互作网络 | 第73-76页 |
| 4.3 本章小结与讨论 | 第76-78页 |
| 4.3.1 转录组分析病毒致病力变化机制的适应性 | 第76页 |
| 4.3.2 差异表达的抗病毒分子基因 | 第76页 |
| 4.3.3 差异表达的细胞因子 | 第76-77页 |
| 4.3.4 信号通道的筛选 | 第77-78页 |
| 第五章 全文结论及讨论 | 第78-81页 |
| 致谢 | 第81-82页 |
| 参考文献 | 第82-98页 |
| 附录 | 第98-100页 |
| 攻读学位期间发表的论文 | 第100-101页 |
| 个人简历 | 第101-102页 |
