| 摘要 | 第5-6页 |
| ABSTRACT | 第6-7页 |
| 第一章 绪论 | 第11-15页 |
| 1.1 基因组信息学 | 第11页 |
| 1.2 生物信息数据库 | 第11-12页 |
| 1.3 编程语言 | 第12-13页 |
| 1.4 不对称复制与链偏差 | 第13页 |
| 1.5 本课题研究的主要内容 | 第13-15页 |
| 第二章 细菌多种链偏差性质的分析 | 第15-33页 |
| 2.1 本章概述 | 第15页 |
| 2.2 数据库与方法 | 第15-21页 |
| 2.2.1 数据来源 | 第15页 |
| 2.2.2 前导链和滞后链基因的区分 | 第15-16页 |
| 2.2.2.1 复制起始终止位点的选择 | 第15-16页 |
| 2.2.2.2 判断基因位置 | 第16页 |
| 2.2.3 基因位置偏差 | 第16-17页 |
| 2.2.3.1 高表达基因 | 第16页 |
| 2.2.3.2 必需基因的预测 | 第16-17页 |
| 2.2.3.3COG功能类 | 第17页 |
| 2.2.4 ORF数目的确定 | 第17页 |
| 2.2.5 碱基组成 | 第17-20页 |
| 2.2.5.1 主成分分析PCA | 第17-19页 |
| 2.2.5.2 群内对应分析WCA | 第19-20页 |
| 2.2.5.3 链偏差程度 | 第20页 |
| 2.2.6 碱基替代率 | 第20-21页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第21-31页 |
| 2.3.1 基因位置偏差 | 第21-25页 |
| 2.3.1.1 全基因组 | 第21页 |
| 2.3.1.2 高表达基因 | 第21-22页 |
| 2.3.1.3 必需基因 | 第22-23页 |
| 2.3.1.4 COG功能类 | 第23页 |
| 2.3.1.5 基因链偏差的潜在机制 | 第23-25页 |
| 2.3.2 ORF数目偏差 | 第25-26页 |
| 2.3.2.1 ORF背景 | 第25-26页 |
| 2.3.2.2 偏差情况 | 第26页 |
| 2.3.3 碱基组成偏差 | 第26-30页 |
| 2.3.3.1 背景 | 第26页 |
| 2.3.3.2 单核苷酸组成偏差 | 第26-27页 |
| 2.3.3.3 分离的密码子使用 | 第27-29页 |
| 2.3.3.4 碱基组成偏差的内在机制 | 第29-30页 |
| 2.3.4 替代率偏差 | 第30-31页 |
| 2.3.4.1 背景 | 第30页 |
| 2.3.4.2 偏差情况 | 第30页 |
| 2.3.4.3 替代率偏差的内在机制 | 第30-31页 |
| 2.3.5 基因长度偏差 | 第31页 |
| 2.4 结论 | 第31-33页 |
| 第三章 组成偏差的相关性分析 | 第33-46页 |
| 3.1 背景 | 第33页 |
| 3.2 材料与方法 | 第33-35页 |
| 3.2.1 数据来源 | 第33页 |
| 3.2.2 前导链与滞后链基因的判断 | 第33页 |
| 3.2.3 链组成偏差 | 第33页 |
| 3.2.4 重组率 | 第33-34页 |
| 3.2.5 COG功能类 | 第34-35页 |
| 3.2.5.1 每个COG功能类的基因数目比例 | 第34页 |
| 3.2.5.2 在组成偏差强与弱的物种中存在显著差异的功能类基因 | 第34页 |
| 3.2.5.3 强COG与弱COG的比例 | 第34-35页 |
| 3.2.5.4 复制修复基因的比例 | 第35页 |
| 3.2.6 统计分析 | 第35页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第35-45页 |
| 3.3.1 专性胞内菌复制链偏差 | 第35-36页 |
| 3.3.2 各个细菌门的偏差 | 第36-40页 |
| 3.3.3 S值 | 第40页 |
| 3.3.4 增代时间 | 第40页 |
| 3.3.5 基因组大小 | 第40页 |
| 3.3.6 前导链基因的密度 | 第40-41页 |
| 3.3.7 GC含量 | 第41页 |
| 3.3.8 重组率 | 第41页 |
| 3.3.9 功能类基因 | 第41-44页 |
| 3.3.9.1 每一个COG功能类的基因数目比例 | 第41-43页 |
| 3.3.9.2 组成偏差强与弱的物种中存在显著差异的功能类基因 | 第43页 |
| 3.3.9.3 强COG基因与弱COG基因在物种基因数目的比例 | 第43-44页 |
| 3.3.10复制修复基因的比例与组成偏差 | 第44页 |
| 3.3.11主成分回归 | 第44-45页 |
| 3.4 结论 | 第45-46页 |
| 第四章 CCD密码子使用对应分析数据库的构建 | 第46-50页 |
| 4.1 密码子背景 | 第46页 |
| 4.2 数据库概况 | 第46-47页 |
| 4.3 数据库的建成 | 第47页 |
| 4.3.1 数据来源 | 第47页 |
| 4.3.2 数据处理 | 第47页 |
| 4.4 数据库使用方法 | 第47-48页 |
| 4.5 结论 | 第48-50页 |
| 第五章 结论与展望 | 第50-51页 |
| 致谢 | 第51-52页 |
| 参考文献 | 第52-57页 |
| 附录 | 第57-60页 |
| 攻读硕士学位期间取得的研究成果 | 第60-61页 |
