| 摘要 | 第3-4页 |
| Abstract | 第4-5页 |
| 缩略词 | 第9-11页 |
| 第一章 文献综述 | 第11-33页 |
| 1.1 核小体结构 | 第11-12页 |
| 1.2 核小体定位 | 第12页 |
| 1.3 核小体定位图谱绘制 | 第12-15页 |
| 1.3.1 核小体定位图谱绘制的简明历史 | 第12-13页 |
| 1.3.2 基于高通量测序的全基因组核小体定位图谱绘制策略 | 第13-15页 |
| 1.4 影响核小体定位的因素 | 第15-19页 |
| 1.4.1 核小体定位受DNA序列影响 | 第15-17页 |
| 1.4.2 核小体定位受反式因子影响 | 第17-19页 |
| 1.5 核小体定位与基因转录调控 | 第19-23页 |
| 1.5.1 转录起始位点核小体定位与转录调控 | 第20-21页 |
| 1.5.2 转录延伸区与终止位点核小体定位与转录调控 | 第21-22页 |
| 1.5.3 核小体定位的动态性与基因转录 | 第22-23页 |
| 1.6 DNA甲基化 | 第23-28页 |
| 1.6.1 DNA甲基化的建立 | 第24-26页 |
| 1.6.2 DNA甲基化的维持 | 第26-27页 |
| 1.6.3 DNA去甲基化 | 第27-28页 |
| 1.7 核小体定位与DNA甲基化 | 第28-30页 |
| 1.7.1 核小体定位对DNA甲基化的影响 | 第28-29页 |
| 1.7.2 DNA甲基化对核小体定位的影响 | 第29-30页 |
| 1.8 玉米籽粒的发育与基因表达研究 | 第30-31页 |
| 1.9 本研究的目的和意义 | 第31-33页 |
| 第二章 材料与方法 | 第33-53页 |
| 2.1 实验材料 | 第33-36页 |
| 2.1.1 植物材料 | 第33页 |
| 2.1.2 植物培养所需材料 | 第33页 |
| 2.1.3 酶及试剂 | 第33-34页 |
| 2.1.4 主要仪器设备 | 第34-35页 |
| 2.1.5 实验所用接头和引物 | 第35-36页 |
| 2.1.6 常用溶液的配制 | 第36页 |
| 2.2 实验所需试剂的配制 | 第36-37页 |
| 2.2.1 植物核小体DNA的提取 | 第36页 |
| 2.2.2 RNA-seq文库的构建 | 第36-37页 |
| 2.2.3 植物中受核糖体保护的mRNA片段的提取 | 第37页 |
| 2.2.4 植物基因组DNA的提取 | 第37页 |
| 2.3 实验方法 | 第37-49页 |
| 2.3.1 植物核小体DNA的提取 | 第37-38页 |
| 2.3.2 MNase-seq文库的构建 | 第38-39页 |
| 2.3.3 植物组织总RNA的提取 | 第39-40页 |
| 2.3.4 RNA-seq文库的构建 | 第40-43页 |
| 2.3.5 植物中受核糖体保护的mRNA片段的提取 | 第43-44页 |
| 2.3.6 受核糖体保护的mRNA测序文库的构建 | 第44-46页 |
| 2.3.7 植物基因组DNA的提取 | 第46页 |
| 2.3.8 MethylC-seq文库的构建 | 第46-48页 |
| 2.3.9 测序文库的浓度定量 | 第48-49页 |
| 2.3.10 测序数据的产生 | 第49页 |
| 2.4 数据分析 | 第49-53页 |
| 2.4.1 MNase-seq数据的比对 | 第49页 |
| 2.4.2 核小体发生水平的确定 | 第49页 |
| 2.4.3 RNA-seq数据的比对与基因表达分析 | 第49-50页 |
| 2.4.4 基因组织表达特异性的确定 | 第50页 |
| 2.4.5 核糖体数据的比对与翻译水平分析 | 第50-51页 |
| 2.4.6 基因翻译效率的计算 | 第51页 |
| 2.4.7 MethylC-seq数据的比对与DNA甲基化水平分析 | 第51页 |
| 2.4.8 核小体上DNA甲基化水平的计算 | 第51页 |
| 2.4.9 DNA甲基化差异区的鉴定 | 第51-53页 |
| 第三章 玉米核小体定位及其转录关系 | 第53-69页 |
| 3.1 RNA-seq和MNase-seq数据的产生 | 第53-54页 |
| 3.2 核小体序列特征分析 | 第54-55页 |
| 3.3 基因激活过程中核小体的定位变化 | 第55-57页 |
| 3.4 内在DNA序列决定的核小体与基因特异性表达相关联 | 第57-62页 |
| 3.5 DNA序列特征在基因的核小体定位中的作用 | 第62-65页 |
| 3.6 讨论 | 第65-68页 |
| 3.6.1 基因5’和3'NDR存在不同的核小体驱逐机制 | 第65页 |
| 3.6.2 内在的DNA序列决定的核小体在转录中的作用 | 第65-66页 |
| 3.6.3 DNA序列影响核小体定位的两个普遍机制 | 第66-68页 |
| 3.7 结论 | 第68-69页 |
| 第四章 核小体定位与DNA甲基化的关系 | 第69-84页 |
| 4.1 TSS和TTS附近核小体水平与DNA甲基化水平相关联 | 第69-71页 |
| 4.2 核小体核心DNA与侧翼DNA甲基化水平正相关 | 第71-73页 |
| 4.3 核小体DNA上甲基化分布模式 | 第73-76页 |
| 4.3.1 全基因组范围内核小体DNA上甲基化分布模式 | 第73-74页 |
| 4.3.2 基因组不同区域核小体DNA上甲基化分布模式 | 第74-76页 |
| 4.4 部分核小体中心位点两侧DNA甲基化水平存在差异 | 第76-77页 |
| 4.5 DNA甲基化差异区两侧的核小体分布 | 第77-81页 |
| 4.6 讨论 | 第81-83页 |
| 4.6.1 核小体核心DNA与侧翼DNA甲基化水平之间具有复杂的关系 | 第81-82页 |
| 4.6.2 基因组功能位点附近的核小体定位 | 第82-83页 |
| 4.7 结论 | 第83-84页 |
| 第五章 玉米籽粒发育过程中转录组动态变化 | 第84-91页 |
| 5.1 玉米籽粒中基因表达概况 | 第84-85页 |
| 5.2 转录组数据反应组织发育进程 | 第85页 |
| 5.3 籽粒特异表达基因的鉴定 | 第85-86页 |
| 5.4 籽粒不同亚区特异表达基因的鉴定 | 第86-89页 |
| 5.5 讨论 | 第89-90页 |
| 5.6 结论 | 第90-91页 |
| 参考文献 | 第91-106页 |
| 附录 | 第106-124页 |
| 致谢 | 第124-125页 |
| 个人简历 | 第125-126页 |
