| 摘要 | 第9-11页 |
| ABSTRACT | 第11-12页 |
| 第一章 研究背景 | 第13-31页 |
| 1.1 生物冶金 | 第13-20页 |
| 1.1.1 生物冶金技术简介 | 第13-14页 |
| 1.1.2 生物冶金中的微生物 | 第14-16页 |
| 1.1.3 喜温硫杆菌主要代谢途径简介 | 第16-20页 |
| 1.1.3.1 碳代谢途径的简单分析 | 第16-17页 |
| 1.1.3.2 氮代谢途径的简单分析 | 第17-18页 |
| 1.1.3.3 硫代谢途径的简单分析 | 第18-20页 |
| 1.2 细菌启动子研究方法 | 第20-29页 |
| 1.2.1 启动子概述 | 第20-21页 |
| 1.2.2 启动子识别方法简介 | 第21-23页 |
| 1.2.2.1 基于结构特征进行的细菌启动子识别 | 第21-22页 |
| 1.2.2.2 基于启动子在基因组中的分布特征进行启动子识别 | 第22页 |
| 1.2.2.3 基于计算机建模的启动子识别方法 | 第22-23页 |
| 1.2.2.4 基于RNA聚合酶的特殊亚基进行启动子识别 | 第23页 |
| 1.2.3 启动子克隆的方法 | 第23-26页 |
| 1.2.3.1 启动子探测质粒载体筛选启动子 | 第23-24页 |
| 1.2.3.2 利用PCR技术克隆启动子 | 第24-26页 |
| 1.2.4 启动子研究方法 | 第26-28页 |
| 1.2.5 硫杆菌启动子的研究现状 | 第28-29页 |
| 1.3 本论文的研究内容及意义 | 第29-31页 |
| 1.3.1 本论文主要研究内容 | 第29页 |
| 1.3.2 本论文的的理论及应用价值 | 第29-31页 |
| 第二章 A.caldus MTH-04基因启动子预测及序列分析 | 第31-45页 |
| 2.1 引言 | 第31页 |
| 2.2 材料与方法 | 第31-32页 |
| 2.2.1 菌株 | 第31页 |
| 2.2.2 生物信息学软件 | 第31-32页 |
| 2.3 A.caldus MTH-04各代谢途径基因启动子预测及序列分析 | 第32-40页 |
| 2.3.1 碳代谢基因启动子预测 | 第32-35页 |
| 2.3.2 氮代谢基因启动子预测 | 第35-37页 |
| 2.3.3 硫代谢基因启动子预测 | 第37-39页 |
| 2.3.4 其它基因启动子预测及序列分析 | 第39-40页 |
| 2.4 A. caldus MTH-04各代谢途径基因启动子序列的特征分析 | 第40-43页 |
| 2.5 本章小结 | 第43-45页 |
| 第三章 A. caldus MTH-04基因启动子探测质粒构建及启动子活性检测 | 第45-63页 |
| 3.1 引言 | 第45页 |
| 3.2 材料和方法 | 第45-54页 |
| 3.2.1 菌株与质粒 | 第45-46页 |
| 3.2.2 培养基和培养条件 | 第46-47页 |
| 3.2.2.1 LB培养基 | 第46页 |
| 3.2.2.2 抗生素使用浓度 | 第46-47页 |
| 3.2.2.3 培养条件 | 第47页 |
| 3.2.3 试剂和仪器 | 第47-48页 |
| 3.2.3.1 试剂 | 第47页 |
| 3.2.3.2 仪器 | 第47-48页 |
| 3.2.4 分子生物学实验 | 第48-54页 |
| 3.2.4.1 PCR扩增反应 | 第48-50页 |
| 3.2.4.2 DNA片段纯化 | 第50-51页 |
| 3.2.4.3 DNA片段的切胶回收 | 第51页 |
| 3.2.4.4 琼脂糖凝胶电泳 | 第51页 |
| 3.2.4.5 细菌基因组的提取 | 第51页 |
| 3.2.4.6 质粒的提取与纯化 | 第51页 |
| 3.2.4.7 限制性内切酶的酶切反应 | 第51页 |
| 3.2.4.8 连接酶的连接反应 | 第51-52页 |
| 3.2.4.9 E.coli感受态细胞的制备 | 第52页 |
| 3.2.4.10 质粒的转化 | 第52页 |
| 3.2.4.11 超声波破碎细胞 | 第52-53页 |
| 3.2.4.12 蛋白质含量测定 | 第53页 |
| 3.2.4.13 SDS-PAGE蛋白电泳 | 第53页 |
| 3.2.4.14 GusA蛋白的酶活测定 | 第53-54页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第54-60页 |
| 3.3.1 启动子探测质粒的构建 | 第54-56页 |
| 3.3.2 Ptac启动子重组质粒的构建 | 第56-57页 |
| 3.3.3 各启动子在E.coli DH5α中的活性检测 | 第57-60页 |
| 3.4 各基因启动子活性与他们在硫代谢途径中的作用的初步分析 | 第60-62页 |
| 3.5 本章小结 | 第62-63页 |
| 第四章 mRNA表达水平与比活结果的相关性验证 | 第63-75页 |
| 4.1 引言 | 第63页 |
| 4.2 材料与方法 | 第63-67页 |
| 4.2.1 菌株与质粒 | 第63页 |
| 4.2.2 培养基与培养条件 | 第63-64页 |
| 4.2.3 试剂与仪器 | 第64页 |
| 4.2.3.1 试剂 | 第64页 |
| 4.2.3.2 仪器 | 第64页 |
| 4.2.4 E.coli中总RNA的提取 | 第64页 |
| 4.2.5 RNA质量评价 | 第64-65页 |
| 4.2.6 RNA完整性检测 | 第65页 |
| 4.2.7 去除样品中残留的基因组DNA | 第65-66页 |
| 4.2.8 反转录合成cDNA | 第66页 |
| 4.2.9 定量PCR | 第66-67页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第67-74页 |
| 4.3.1 pET-28a-gusA质粒的构建 | 第67-68页 |
| 4.3.2 GusA的诱导表达 | 第68-69页 |
| 4.3.3 RNA样品的检测 | 第69-70页 |
| 4.3.4 RT-PCR | 第70-73页 |
| 4.3.4.1 RT-PCR引物设计 | 第70-71页 |
| 4.3.4.2 RT-PCR结果 | 第71-73页 |
| 4.3.5 比活与mRNA表达水平相关性分析 | 第73-74页 |
| 4.4 本章小结 | 第74-75页 |
| 第五章 启动子在A.caldus MTH-04中的活性检测与分析 | 第75-83页 |
| 5.1 引言 | 第75页 |
| 5.2 材料与方法 | 第75-77页 |
| 5.2.1 菌株和质粒 | 第75-76页 |
| 5.2.2 培养基与培养条件 | 第76页 |
| 5.2.3 试剂与仪器 | 第76页 |
| 5.2.4 A.caldus总RNA的提取及质量检测 | 第76页 |
| 5.2.5 大肠杆菌和喜温硫杆菌的接合转移 | 第76-77页 |
| 5.2.5.1 大肠杆菌和喜温硫杆菌的接合 | 第76页 |
| 5.2.5.2 接合转移子的鉴定 | 第76-77页 |
| 5.3 结果与讨论 | 第77-82页 |
| 5.3.1 pSDU1-Pxxxx+gusA的构建 | 第77-78页 |
| 5.3.2 接合后的筛选验证 | 第78-79页 |
| 5.3.3 RNA样品检测 | 第79页 |
| 5.3.4 RT-PCR | 第79-82页 |
| 5.3.4.1 RT-PCR引物设计 | 第79-80页 |
| 5.3.4.2 RT-PCR结果 | 第80-82页 |
| 5.4 本章小结 | 第82-83页 |
| 第六章 全文总结与展望 | 第83-85页 |
| 参考文献 | 第85-91页 |
| 致谢 | 第91-92页 |
| 附件 | 第92页 |
