两种硅酸盐细菌特异性PCR方法的建立及应用
| 摘要 | 第1-10页 |
| Abstract | 第10-15页 |
| 第一章 文献综述 | 第15-31页 |
| 1 概述 | 第15-21页 |
| ·两种硅酸盐细菌的分类地位 | 第15-17页 |
| ·芽孢杆菌属的分类地位 | 第15页 |
| ·类芽孢杆菌属的分类地位 | 第15-16页 |
| ·胶质类芽孢杆菌的分类地位 | 第16-17页 |
| ·土壤类芽孢杆菌的分类地位 | 第17页 |
| ·两种硅酸盐细菌的特性 | 第17-18页 |
| ·菌体和菌落特性 | 第17页 |
| ·荚膜多糖的特性 | 第17页 |
| ·产酸特性 | 第17-18页 |
| ·生理生化特性 | 第18页 |
| ·硅酸盐细菌的功能及其作用机理 | 第18-20页 |
| ·硅酸盐细菌分解矿物作用及其机理 | 第18-19页 |
| ·硅酸盐细菌絮凝作用及其机理 | 第19页 |
| ·硅酸盐细菌促生作用及其机理 | 第19-20页 |
| ·硅酸盐细菌的应用 | 第20-21页 |
| 2 鉴定两种硅酸盐细菌的常用方法 | 第21-30页 |
| ·形态和生理生化特性 | 第21-22页 |
| ·细胞化学特性 | 第22-23页 |
| ·脂肪酸组成(FAME) | 第22页 |
| ·鸟嘌呤和胞嘧啶含量（G+C%） | 第22-23页 |
| ·其它标记 | 第23页 |
| ·基因特性 | 第23-30页 |
| ·DNA-DNA 杂交（DDH） | 第24页 |
| ·限制性片段长度多态性（RFLP） | 第24-25页 |
| ·DNA 随机扩增多态性（RAPD） | 第25页 |
| ·肠杆菌基因间重复序列（ERIC） | 第25-26页 |
| ·DNA 探针杂交 | 第26页 |
| ·165 rRNA 基因 | 第26页 |
| ·蛋白编码基因 | 第26-30页 |
| ·PCR 用于菌种鉴定 | 第30页 |
| 3 本研究的内容及意义 | 第30-31页 |
| 第二章 胶质类芽孢杆菌特异性PCR 方法的建立 | 第31-45页 |
| 1 材料 | 第31-33页 |
| ·gyrB 基因序列 | 第31页 |
| ·菌株及培养条件 | 第31-32页 |
| ·试剂和仪器 | 第32-33页 |
| ·主要试剂 | 第32页 |
| ·主要仪器及分析软件 | 第32-33页 |
| 2 方法 | 第33-37页 |
| ·基因组DNA 提取 | 第33页 |
| ·硅酸盐细菌基因组DNA 提取 | 第33页 |
| ·其它菌基因组DNA 提取 | 第33页 |
| ·引物设计与筛选 | 第33-35页 |
| ·引物设计与合成 | 第33-34页 |
| ·引物筛选 | 第34页 |
| ·扩增产物测序验证 | 第34-35页 |
| ·PCR 反应的优化 | 第35-37页 |
| ·PCR 反应条件和体系 | 第36页 |
| ·PCR 反应条件优化 | 第36页 |
| ·PCR 反应体系优化 | 第36-37页 |
| ·菌体PCR 法建立及检验 | 第37页 |
| ·菌体PCR 建立 | 第37页 |
| ·特异性检验 | 第37页 |
| ·灵敏度检验 | 第37页 |
| 3 结果与分析 | 第37-43页 |
| ·引物设计与筛选 | 第37-39页 |
| ·引物设计 | 第37-38页 |
| ·引物筛选 | 第38-39页 |
| ·引物扩增结果验证 | 第39页 |
| ·PCR 反应的优化 | 第39-42页 |
| ·PCR 反应条件优化 | 第39-40页 |
| ·PCR 反应体系优化 | 第40-42页 |
| ·菌体PCR 的建立及检验 | 第42-43页 |
| ·菌体PCR 的建立 | 第42页 |
| ·特异性检验 | 第42-43页 |
| ·灵敏度检验 | 第43页 |
| 4 讨论 | 第43-45页 |
| 第三章 土壤类芽孢杆菌特异性PCR 方法的建立 | 第45-54页 |
| 1 材料 | 第45页 |
| 2 方法 | 第45-47页 |
| ·引物设计与筛选 | 第45页 |
| ·引物设计与合成 | 第45页 |
| ·引物筛选 | 第45页 |
| ·扩增产物测序验证 | 第45页 |
| ·PCR 反应的优化 | 第45-46页 |
| ·PCR 反应条件和体系 | 第45-46页 |
| ·PCR 反应条件优化 | 第46页 |
| ·PCR 反应体系优化 | 第46页 |
| ·菌体PCR 建立及检验 | 第46-47页 |
| ·菌体PCR 建立 | 第46页 |
| ·特异性检验 | 第46页 |
| ·灵敏度检验 | 第46-47页 |
| 3 结果与分析 | 第47-53页 |
| ·引物设计与筛选 | 第47-48页 |
| ·引物设计 | 第47页 |
| ·引物筛选 | 第47-48页 |
| ·引物扩增结果验证 | 第48页 |
| ·PCR 反应的优化 | 第48-52页 |
| ·PCR 反应条件优化 | 第48-49页 |
| ·PCR 反应体系的优化 | 第49-52页 |
| ·菌体PCR 的建立及检验 | 第52-53页 |
| ·菌体PCR 的建立 | 第52页 |
| ·特异性检验 | 第52页 |
| ·灵敏度检验 | 第52-53页 |
| 4 讨论 | 第53-54页 |
| 第四章 PCR 方法检测土壤中的两种硅酸盐细菌 | 第54-69页 |
| 1 材料 | 第54页 |
| ·菌株及培养条件 | 第54页 |
| ·土样来源 | 第54页 |
| 2 方法 | 第54-58页 |
| ·土样采集 | 第54页 |
| ·土壤菌株分离筛选 | 第54-55页 |
| ·土壤总基因组DNA 的提取 | 第55页 |
| ·土壤总基因组DNA 的PCR 扩增与测序 | 第55-56页 |
| ·土壤总基因组DNA 的PCR 扩增 | 第55-56页 |
| ·土壤克隆子的测序 | 第56页 |
| ·土壤分离物的特异性PCR 检测与分子鉴定 | 第56-57页 |
| ·土壤分离物的特异性PCR 检测 | 第56-57页 |
| ·土壤分离物的分子鉴定 | 第57页 |
| ·序列分析 | 第57-58页 |
| ·序列向GenBank 数据库提交 | 第57页 |
| ·BLASTN 比对鉴定菌株 | 第57页 |
| ·MegAlign 比对序列间的相似性 | 第57页 |
| ·进化树的构建 | 第57-58页 |
| 3 结果与分析 | 第58-65页 |
| ·土壤样品菌株分离筛选 | 第58-59页 |
| ·土壤总基因组DNA 的提取 | 第59页 |
| ·土壤总基因组DNA 的PCR 扩增 | 第59-60页 |
| ·通用引物第一轮扩增 | 第59页 |
| ·特异性引物第二轮扩增 | 第59-60页 |
| ·土壤分离物的特异性PCR 检测 | 第60-62页 |
| ·胶质类芽孢杆菌特异性引物扩增 | 第60-61页 |
| ·土壤类芽孢杆菌特异性引物扩增 | 第61-62页 |
| ·序列分析 | 第62-65页 |
| ·序列登录号 | 第62-63页 |
| ·BLASTN 比对鉴定菌株 | 第63页 |
| ·MegAlign 比对序列间的相似性 | 第63-64页 |
| ·进化树的构建 | 第64-65页 |
| 4 讨论 | 第65-69页 |
| 总结 | 第69-70页 |
| 参考文献 | 第70-75页 |
| 附录一 重要溶液的配制 | 第75-76页 |
| 附录二 培养基的配制 | 第76-77页 |
| 致谢 | 第77-78页 |
| 在读硕士期间发表的论文 | 第78页 |
