| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 1 前言 | 第10-21页 |
| 1.1 水稻细菌性基腐病研究概况 | 第10-13页 |
| 1.1.1 水稻细菌性基腐病的发生及危害 | 第10页 |
| 1.1.2 病原细菌的分类地位 | 第10-11页 |
| 1.1.3 Dickeya spp.致病性研究 | 第11-13页 |
| 1.2 细菌sRNA及其伴侣分子Hfq的研究进展 | 第13-16页 |
| 1.2.1 病原细菌sRNA的研究概况 | 第13页 |
| 1.2.2 Hfq蛋白的结构和作用功能 | 第13-15页 |
| 1.2.3 Hfq对病原细菌致病性调控作用 | 第15-16页 |
| 1.3 环腺苷单磷酸受体蛋白（CRP）研究概况 | 第16-18页 |
| 1.4 转录组（RNA-Seq）测序 | 第18-19页 |
| 1.4.1 转录组学的概述 | 第18-19页 |
| 1.4.2 RNA-Seq的研究方法 | 第19页 |
| 1.5 本论文研究的内容和目的意义 | 第19-21页 |
| 2 材料与方法 | 第21-44页 |
| 2.1 实验材料 | 第21-24页 |
| 2.1.1 菌株、质粒和培养条件 | 第21-22页 |
| 2.1.2 生化试剂、引物和其它材料 | 第22-23页 |
| 2.1.3 常用培养基、溶液和缓冲液 | 第23-24页 |
| 2.2 实验方法 | 第24-44页 |
| 2.2.1 总DNA提取 | 第24-25页 |
| 2.2.2 pKNG101、pBBR1MCS4质粒提取 | 第25页 |
| 2.2.3 E.coli K12 CC118感受态细胞制备 | 第25-26页 |
| 2.2.4 目标基因缺失突变载体的构建 | 第26-31页 |
| 2.2.5 突变体互补试验 | 第31页 |
| 2.2.6 突变体菌株表型测定和分析 | 第31-33页 |
| 2.2.7 水稻基腐菌DZJS-4 和△hfq转录组学分析 | 第33-35页 |
| 2.2.8 转录组数据处理与分析 | 第35-37页 |
| 2.2.9 DZJS-4 和△hfq差异基因的富集分析 | 第37-38页 |
| 2.2.10 sRNA差异分析 | 第38-39页 |
| 2.2.11 实时荧光定量PCR验证致病相关基因的RNA-Seq结果 | 第39-44页 |
| 3 结果与分析 | 第44-74页 |
| 3.1 同源性分析 | 第44-50页 |
| 3.1.1 D.zeae中Hfq和CRP同源性比对 | 第44-45页 |
| 3.1.2 Hfq、CRP的氨基酸序列分析 | 第45-47页 |
| 3.1.3 D.chrysanthemi Ech1591、D.zeae Ech586调控Hfq和CRP互作网络图 | 第47-50页 |
| 3.2 △hfq和△crp突变体获得 | 第50-52页 |
| 3.2.1 基因缺失突变载体的构建 | 第50-51页 |
| 3.2.2 基因缺失突变体的PCR检测 | 第51-52页 |
| 3.3 △hfq和△crp功能互补 | 第52-53页 |
| 3.3.1 PCR扩增hfq和crp基因最大阅读框ORF片段 | 第52页 |
| 3.3.2 PBBR1-hfq和PBBR1-crp阳性克隆的获得 | 第52页 |
| 3.3.3 互补体的筛选及鉴定 | 第52-53页 |
| 3.4 表型测定分析 | 第53-60页 |
| 3.4.1 生长曲线测定 | 第53-54页 |
| 3.4.2 毒素活性测定 | 第54-55页 |
| 3.4.3 水稻种子萌发实验 | 第55-56页 |
| 3.4.4 运动性测定 | 第56页 |
| 3.4.5 胞外酶活性测定 | 第56-57页 |
| 3.4.6 生物膜的形成 | 第57-58页 |
| 3.4.7 大白菜软腐试验 | 第58页 |
| 3.4.8 烟草的HR反应 | 第58-59页 |
| 3.4.9 水稻上的致病性测定 | 第59-60页 |
| 3.5 Hfq在不同环境压力下生长的影响 | 第60-61页 |
| 3.6 总RNA的浓度测定及质量检测 | 第61-62页 |
| 3.7 与参考基因组比对 | 第62页 |
| 3.8 测序随机性评估 | 第62-63页 |
| 3.9 DZJS-4 和△hfq差异基因表达分析 | 第63-65页 |
| 3.9.1 差异基因的GO富集分析 | 第64页 |
| 3.9.2 差异基因KEGG富集分析 | 第64-65页 |
| 3.10 候选sRNA分析 | 第65-68页 |
| 3.11 sRNA靶基因分析 | 第68-69页 |
| 3.12 DZJS-4 和△hfq与致病调控相关基因的表达差异比较 | 第69-71页 |
| 3.12.1 T6SS基因表达差异比较 | 第69-70页 |
| 3.12.2 鞭毛组装系统、趋化性、运动性调控基因表达差异分析 | 第70-71页 |
| 3.13 QRT-PCR验证 | 第71-73页 |
| 3.14 水稻基腐菌hfq基因调控的可能模式 | 第73-74页 |
| 4 讨论与结论 | 第74-80页 |
| 4.1 水稻基腐病菌突变体的构建 | 第74页 |
| 4.2 hfq在病原细菌致病性中的作用 | 第74-76页 |
| 4.3 DZJS-4 和△hfq转录组致病相关的差异基因分析 | 第76-78页 |
| 4.4 CRP在病原细菌致病性中的作用 | 第78-80页 |
| 5 总结论、创新点与进一步研究设想 | 第80-81页 |
| 5.1 总结论 | 第80页 |
| 5.2 创新点 | 第80页 |
| 5.3 进一步研究设想 | 第80-81页 |
| 致谢 | 第81-82页 |
| 参考文献 | 第82-92页 |
| 附录 | 第92-96页 |
