| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 缩略词表 | 第9-12页 |
| 第一章 前言 | 第12-39页 |
| 1.1 表观遗传和组蛋白的化学修饰 | 第12-15页 |
| 1.1.1 表观遗传 | 第12页 |
| 1.1.2 组蛋白的化学修饰 | 第12-15页 |
| 1.2 BRD蛋白的综述 | 第15-20页 |
| 1.2.1 Bromodomain的分类 | 第16-17页 |
| 1.2.2 Bromodomain的结构 | 第17-18页 |
| 1.2.3 Bromodomain的功能 | 第18-19页 |
| 1.2.4 研究BET Bromodomain的意义 | 第19-20页 |
| 1.3 计算模拟方法的概述 | 第20-26页 |
| 1.3.1 分子模拟方法 | 第20-22页 |
| 1.3.2 量子化学计算方法 | 第22-24页 |
| 1.3.3 虚拟筛选 | 第24-26页 |
| 参考文献 | 第26-39页 |
| 第二章 BET Bromodomain蛋白与小分子抑制剂JQ1相互作用的分子动力学研究 | 第39-65页 |
| 2.1 引言 | 第39-40页 |
| 2.2 材料和方法 | 第40-43页 |
| 2.2.1 分子动力学模拟 | 第40-41页 |
| 2.2.2 拉伸分子动力学（SMD） | 第41-42页 |
| 2.2.3 聚类分析 | 第42-43页 |
| 2.2.4 QM/MM模拟 | 第43页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第43-58页 |
| 2.3.1 JQ1的静态结合模式 | 第43-50页 |
| 2.3.2 JQ1的结合/释放动力学过程 | 第50-58页 |
| 2.4 本章小结 | 第58-59页 |
| 参考文献 | 第59-65页 |
| 第三章 基于BET Bromodomain蛋白的虚拟筛选 | 第65-92页 |
| 3.1 引言 | 第65-70页 |
| 3.1.1 计算机辅助药物设计与虚拟筛选 | 第65-66页 |
| 3.1.2 BRD4蛋白抗肿瘤作用研究 | 第66-67页 |
| 3.1.3 小分子化合物库 | 第67-70页 |
| 3.2 材料与方法 | 第70-74页 |
| 3.2.1 获取及准备小分子化合物 | 第70-71页 |
| 3.2.2 靶标的选择及处理 | 第71-73页 |
| 3.2.3 富集率测试 | 第73-74页 |
| 3.2.4 分子对接 | 第74页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第74-84页 |
| 3.3.1 小分子库的筛选结果 | 第74-78页 |
| 3.3.2 结合模式分析 | 第78-84页 |
| 3.4 本章小结 | 第84-85页 |
| 参考文献 | 第85-92页 |
| 第四章 全文总结及展望 | 第92-94页 |
| 攻读硕士期间的科研成果 | 第94-95页 |
| 致谢 | 第95页 |
