| 摘要 | 第3-4页 |
| Abstract | 第4-5页 |
| 缩略词表（Abbreviation） | 第9-11页 |
| 第1章 前言 | 第11-17页 |
| 1.1 P. phragmitetus的生物学特性 | 第11-13页 |
| 1.1.1 P. phragmitetus的分类 | 第11页 |
| 1.1.2 P. phragmitetus的生物学特征 | 第11-13页 |
| 1.2 P. phragmitetus的致病性和耐药性报道 | 第13-14页 |
| 1.3 基因组测序技术应用于研究细菌致病性和耐药机制的可行性 | 第14-16页 |
| 1.4 本论文的整体研究思路 | 第16-17页 |
| 第2章 P. phragmitetus 31801 的全基因组测序 | 第17-36页 |
| 2.1 实验材料 | 第17-21页 |
| 2.1.1 菌株背景资料 | 第17-19页 |
| 2.1.2 实验耗材及主要设备 | 第19-21页 |
| 2.2 全基因组测序前样品DNA制备及质控 | 第21-24页 |
| 2.2.1 菌种扩大培养 | 第21页 |
| 2.2.2 基因组DNA提取 | 第21-22页 |
| 2.2.3 16S rRNA测序鉴定菌种 | 第22-23页 |
| 2.2.4 基因组DNA纯化 | 第23-24页 |
| 2.2.5 测序前DNA质量控制 | 第24页 |
| 2.3 基因组DNA的PacBio单分子测序流程 | 第24-29页 |
| 2.3.1 DNA片段化 | 第24-25页 |
| 2.3.2 DNA损伤修复和DNA末端修复 | 第25-26页 |
| 2.3.3 DNA链接接头片段 | 第26-28页 |
| 2.3.4 引物的退火和延伸阶段的相关参数设置 | 第28页 |
| 2.3.5 样品上机测序 | 第28-29页 |
| 2.4 P. phagmitetus 3180 de novo测序下机数据处理和基因组组装 | 第29-35页 |
| 2.4.1 测序下机数据处理 | 第29-32页 |
| 2.4.2 基因组测序数据组装 | 第32-33页 |
| 2.4.3 基因组组装结果评价 | 第33-35页 |
| 2.4.4 基因组组装结果优化 | 第35页 |
| 2.5 本章小结 | 第35-36页 |
| 第3章 P. phragmitetus 31801 基因组生物信息学分析 | 第36-75页 |
| 3.1 基因组组分分析 | 第36-51页 |
| 3.1.1 基因组和质粒的圈图绘制 | 第36-38页 |
| 3.1.2 全基因组数据数据提交 | 第38页 |
| 3.1.3 编码基因（CDS）预测 | 第38-40页 |
| 3.1.4 非编码RNA | 第40页 |
| 3.1.5 CRISPR预测 | 第40-41页 |
| 3.1.6 前噬菌体预测 | 第41-46页 |
| 3.1.7 重复序列 | 第46-47页 |
| 3.1.8 基因岛 | 第47-50页 |
| 3.1.9 碱基修饰—甲基化评估 | 第50-51页 |
| 3.2 P. phragmitetus 31801 的全基因组的基因功能分析 | 第51-63页 |
| 3.2.1 GO数据库注释 | 第51-52页 |
| 3.2.2 KEGG数据库注释 | 第52-53页 |
| 3.2.3 COG数据库注释 | 第53-55页 |
| 3.2.4 Swiss-Prot数据库注释和TrEMBL数据库注释 | 第55页 |
| 3.2.5 VFDB数据库注释 | 第55-59页 |
| 3.2.6 ARDB数据库注释 | 第59-60页 |
| 3.2.7 基因组数据CARD数据库注释 | 第60-63页 |
| 3.3 P. phragmitetus 31801 基因组的个性化分析 | 第63-74页 |
| 3.3.1 RAST数据库注释 | 第63-67页 |
| 3.3.2 进化树分析 | 第67-68页 |
| 3.3.3 ANI分析 | 第68-70页 |
| 3.3.4 泛基因组分析 | 第70-71页 |
| 3.3.5 比较基因组分析 | 第71-73页 |
| 3.3.6 次级代谢分析 | 第73-74页 |
| 3.4 本章小结 | 第74-75页 |
| 第4章 P. phragmitetus 31801 基因组数据分析结果讨论 | 第75-84页 |
| 4.1 通过基因组分析P. phragmitetus 31801 分类关系 | 第75-76页 |
| 4.2 比较基因组分析前噬菌体、基因岛 | 第76-78页 |
| 4.3 抗生素敏感性与抗生素耐药基因的关系 | 第78-81页 |
| 4.4 毒力因子分析结果和讨论 | 第81-82页 |
| 4.5 P. phragmitetus 31801 降解重金属基因 | 第82-83页 |
| 4.6 本章小结 | 第83-84页 |
| 总结 | 第84-86页 |
| 参考文献 | 第86-98页 |
| 致谢 | 第98-100页 |
| 个人简历、在校期间发表的研究成果及发表的学术论文 | 第100页 |
