| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 符号说明 | 第9-10页 |
| 第一章 文献综述 | 第10-15页 |
| 1 我国肉牛产业状况 | 第10页 |
| 2 我国南方黄牛遗传资源特点 | 第10-11页 |
| 3 制约生长发育相关激素简述 | 第11-12页 |
| 4 转录组及转录组技术简述 | 第12-14页 |
| 4.1 转录组研究的重要意义 | 第12-13页 |
| 4.2 转录组测序平台 | 第13页 |
| 4.3 转录组技术在动物上的应用 | 第13-14页 |
| 5 本研究目的及意义 | 第14-15页 |
| 第二章 南方黄牛生长发育分析 | 第15-25页 |
| 1 南方黄牛体重及体尺性状分析 | 第15-19页 |
| 1.1 试验材料 | 第15页 |
| 1.2 饲养管理 | 第15页 |
| 1.3 南方黄牛体重及体尺测定 | 第15-18页 |
| 1.3.1 测量工具 | 第15-16页 |
| 1.3.2 测定指标及方法 | 第16页 |
| 1.3.3 数据统计 | 第16页 |
| 1.3.4 试验结果 | 第16-18页 |
| 1.4 讨论 | 第18-19页 |
| 2 南方黄牛生长发育类激素水平分析 | 第19-25页 |
| 2.1 试验仪器 | 第19-20页 |
| 2.2 试验方法 | 第20-21页 |
| 2.2.1 样品采集 | 第20页 |
| 2.2.2 激素测定 | 第20页 |
| 2.2.3 数据处理 | 第20-21页 |
| 2.3 试验结果 | 第21-23页 |
| 2.3.1 南方黄牛生长发育类激素水平比较 | 第21-22页 |
| 2.3.2 南方黄牛激素水平变化结果 | 第22-23页 |
| 2.4 讨论 | 第23-25页 |
| 第三章 南方黄牛垂体组织转录组分析 | 第25-64页 |
| 1. 试验材料 | 第25-27页 |
| 1.1 试验动物和样品的采集 | 第25页 |
| 1.2 主要仪器 | 第25-26页 |
| 1.3 主要试剂 | 第26页 |
| 1.4 主要数据库 | 第26页 |
| 1.5 主要软件 | 第26-27页 |
| 2. 试验步骤 | 第27-30页 |
| 2.1 总RNA提取 | 第27页 |
| 2.2 RNA质量检测 | 第27页 |
| 2.3 cDNA文库的制备与测序 | 第27-28页 |
| 2.4 实时荧光定量PCR验证 | 第28-30页 |
| 2.4.1 RNA的提取与质量检测 | 第28页 |
| 2.4.2 RNA的质量检测 | 第28页 |
| 2.4.3 cDNA反转录 | 第28-29页 |
| 2.4.4 荧光定量PCR反应 | 第29-30页 |
| 3. 数据统计分析 | 第30-32页 |
| 3.1 参考序列比对分析 | 第30页 |
| 3.2 基因表达量分析 | 第30页 |
| 3.3 差异表达基因的筛选 | 第30-31页 |
| 3.4 差异表达基因的基因本体论(GO)功能分析 | 第31页 |
| 3.5 差异表达基因KEGG通路分析 | 第31-32页 |
| 4. 结果及分析 | 第32-59页 |
| 4.1 总RNA质量检测 | 第32页 |
| 4.2 测序数据质量评估 | 第32-36页 |
| 4.2.1 测序错误率分布检查 | 第32-35页 |
| 4.2.2 测序数据的过滤 | 第35-36页 |
| 4.3 测序序列比对分析结果 | 第36-37页 |
| 4.4 可变剪切分析 | 第37-38页 |
| 4.5 单核苷酸多态性分析 | 第38页 |
| 4.6 新转录本预测及基因结构优化 | 第38-39页 |
| 4.6.1 新转录本结构注释 | 第38-39页 |
| 4.6.2 已知基因结构优化结果 | 第39页 |
| 4.7 基因表达水平分析 | 第39-40页 |
| 4.8 基因差异表达分析 | 第40-50页 |
| 4.8.1 差异表达分析 | 第41-43页 |
| 4.8.2 差异基因聚类分析 | 第43-44页 |
| 4.8.3 差异表达基因GO分析 | 第44-50页 |
| 4.9 KEGG富集分析 | 第50-53页 |
| 4.10 候选基因的KEGG富集分析 | 第53-54页 |
| 4.11 候选基因共表达相关性分析 | 第54-55页 |
| 4.12 生长发育类激素相关基因分析 | 第55-56页 |
| 4.13 差异表达基因的实时荧光定量PCR验证 | 第56-59页 |
| 4.13.1 引物设计 | 第56-57页 |
| 4.13.2 目的基因与内参基因的溶解曲线 | 第57页 |
| 4.13.3 转录组测序结果与实时定量结果的倍数差异比较 | 第57-59页 |
| 5. 讨论 | 第59-64页 |
| 5.1 差异表达基因的筛选 | 第59-60页 |
| 5.2 差异表达基因GO富集分析 | 第60-61页 |
| 5.3 差异表达基因KEGG功能富集分析 | 第61-62页 |
| 5.4 生长发育类激素及其差异表达基因分析 | 第62-64页 |
| 结论 | 第64-65页 |
| 参考文献 | 第65-70页 |
| 致谢 | 第70-71页 |
| 攻读学位期间发表和参与发表的学术论文目录 | 第71-72页 |