| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 1 前言 | 第11-15页 |
| 1.1 国内外全基因组选择研究现状 | 第11-14页 |
| 1.1.1 全基因组选择研究概况 | 第11-12页 |
| 1.1.2 国内外全基因组选择在牛遗传育种中的应用 | 第12-14页 |
| 1.2 研究意义 | 第14-15页 |
| 2 中国西门塔尔肉牛背最长肌和里脊性状的全基因组估计 | 第15-26页 |
| 2.1 肉牛腰背部肉重性状的研究需求 | 第15-16页 |
| 2.2 材料和方法 | 第16-19页 |
| 2.2.1 实验动物,表型数据和SNP数据 | 第16-17页 |
| 2.2.2 统计模型 | 第17页 |
| 2.2.3 BayesA | 第17-18页 |
| 2.2.4 BayesB | 第18页 |
| 2.2.5 BayesCπ | 第18页 |
| 2.2.6 GBLUP | 第18页 |
| 2.2.7 GEBV计算 | 第18-19页 |
| 2.2.8 交叉验证过程 | 第19页 |
| 2.2.9 估计准确性标准 | 第19页 |
| 2.3 结果 | 第19-21页 |
| 2.3.1 遗传参数估计 | 第19-20页 |
| 2.3.2 估计准确性 | 第20-21页 |
| 2.3.3 残差方差后验取样 | 第21页 |
| 2.4 讨论 | 第21-25页 |
| 2.5 小结 | 第25-26页 |
| 3 固定Burn-in并行全基因组估计中国西门塔尔肉牛屠宰性状 | 第26-38页 |
| 3.1 并行全基因组估计现状 | 第26页 |
| 3.2 材料和方法 | 第26-27页 |
| 3.2.1 模拟数据 | 第26-27页 |
| 3.2.2 真实数据 | 第27页 |
| 3.3 固定Burn-in多链并行贝叶斯全基因组估计 | 第27-29页 |
| 3.3.1 多链收敛性诊断 | 第28-29页 |
| 3.4 计算机系统 | 第29页 |
| 3.5 结果 | 第29-32页 |
| 3.5.1 模拟数据集运行结果 | 第29-30页 |
| 3.5.2 真实数据估计准确性 | 第30-32页 |
| 3.5.3 真实数据残差方差后验取样 | 第32页 |
| 3.5.4 多链收敛性诊断 | 第32页 |
| 3.6 讨论 | 第32-37页 |
| 3.6.1 模型比较 | 第35页 |
| 3.6.2 全基因组估计方法 | 第35-36页 |
| 3.6.3 全基因组估计准确性 | 第36页 |
| 3.6.4 多链收敛性诊断 | 第36-37页 |
| 3.7 小结 | 第37-38页 |
| 4 自适应Burn-in多链并行全基因组估计 | 第38-61页 |
| 4.1 自适应多链并行全基因组估计研究需求 | 第38页 |
| 4.2 材料和方法 | 第38-39页 |
| 4.2.1 模拟数据 | 第38-39页 |
| 4.2.2 真实数据 | 第39页 |
| 4.3 自适应Burn-in多链并行贝叶斯方法 | 第39-43页 |
| 4.3.1 多链MCMC收敛诊断 | 第39-40页 |
| 4.3.2 自适应多链burn-in多链并行贝叶斯方法 | 第40页 |
| 4.3.3 加速比比较 | 第40-42页 |
| 4.3.4 参数设置 | 第42-43页 |
| 4.4 结果 | 第43-56页 |
| 4.4.1 不同burn-in值对全基因组估计结果的影响 | 第43页 |
| 4.4.2 估计的SNP效应比较 | 第43页 |
| 4.4.3 模拟数据集中多链并行自适应策略收敛诊断 | 第43-44页 |
| 4.4.4 多链并行BayesA和BayesCπ估计准确性 | 第44-46页 |
| 4.4.5 运行时间与加速比 | 第46-49页 |
| 4.4.6 真实数据集估计准确性 | 第49-51页 |
| 4.4.7 真实数据残差方差后延取样 | 第51页 |
| 4.4.8 多链适应性贝叶斯方法在真实数据集上的收敛性诊断 | 第51-56页 |
| 4.5 讨论 | 第56-60页 |
| 4.6 小结 | 第60-61页 |
| 5 全文结论 | 第61-62页 |
| 参考文献 | 第62-66页 |
| 致谢 | 第66-67页 |
| 博士后期间发表文章与参与的科研项目 | 第67-69页 |
| 个人简历 | 第69页 |
