| 摘要 | 第4-7页 |
| ABSTRACT | 第7-9页 |
| 第一章 绪论 | 第14-22页 |
| 1.1 水稻育种概述 | 第14-18页 |
| 1.1.1 传统育种 | 第14页 |
| 1.1.2 远缘杂交育种 | 第14-15页 |
| 1.1.3 分子育种 | 第15-18页 |
| 1.2 高通量测序技术和生物信息学的发展及其应用 | 第18-20页 |
| 1.2.1 基因组重测序在遗传变异分析中的应用 | 第19页 |
| 1.2.2 转录组测序在遗传变异分析中的应用 | 第19-20页 |
| 1.3 研究背景、内容和意义 | 第20页 |
| 1.4 创新点 | 第20-22页 |
| 第二章 材料和方法 | 第22-30页 |
| 2.1 实验材料 | 第22-23页 |
| 2.2 实验仪器及实验试剂 | 第23-24页 |
| 2.2.1 实验仪器 | 第23-24页 |
| 2.2.2 主要实验试剂 | 第24页 |
| 2.3 实验方法 | 第24-30页 |
| 2.3.1 玉米基因组DNA提取及检测 | 第24-25页 |
| 2.3.2 变异材料来源 | 第25页 |
| 2.3.3 水稻基因组DNA的提取及检测 | 第25-26页 |
| 2.3.4 重测序建库 | 第26页 |
| 2.3.5 水稻转录组RNA提取和质量检测 | 第26页 |
| 2.3.6 转录组建库 | 第26页 |
| 2.3.7 水稻基因组重测序分析 | 第26-28页 |
| 2.3.8 水稻转录组测序分析 | 第28-30页 |
| 第三章 结果与分析 | 第30-72页 |
| 3.1 水稻基因组DNA的提取 | 第30页 |
| 3.2 水稻剑叶和茎节总RNA的提取 | 第30-31页 |
| 3.3 水稻重测序数据的质量及可信度 | 第31-32页 |
| 3.4 水稻转录组测序数据的质量及可信度 | 第32页 |
| 3.5 变异株R92基因组中插入的玉米序列及替换的水稻序列位点 | 第32-39页 |
| 3.5.1 一段玉米序列插入到单个水稻基因中 | 第32-35页 |
| 3.5.2 一段玉米序列插入到两个水稻基因中 | 第35-36页 |
| 3.5.3 上游近旁插入玉米序列的水稻基因 | 第36-37页 |
| 3.5.4 下游近旁插入玉米序列的水稻基因 | 第37-39页 |
| 3.6 变异株R92基因组中被玉米序列插入的基因突变分析 | 第39-54页 |
| 3.6.1 水稻突变基因在染色体的分布 | 第39-40页 |
| 3.6.2 碱基突变类型 | 第40-41页 |
| 3.6.3 突变基因的碱基置换类型 | 第41-42页 |
| 3.6.4 仅发生错义突变的变异基因碱基分析 | 第42-45页 |
| 3.6.5 仅发生剪切位点突变的变异基因碱基分析 | 第45-46页 |
| 3.6.6 同时发生错义突变和剪切位点突变的变异基因碱基分析 | 第46-50页 |
| 3.6.7 同时发生错义突变和移码突变的变异基因碱基分析 | 第50-52页 |
| 3.6.8 同时发生剪切位点突变和移码突变的变异基因碱基分析 | 第52页 |
| 3.6.9 同时发生错义突变和剪切位点突变及移码突变的变异基因碱基分析 | 第52-54页 |
| 3.7 玉米序列插入的水稻基因突变位点临侧碱基分析 | 第54-56页 |
| 3.7.1 插入（替换）位点临侧的水稻碱基 | 第54页 |
| 3.7.2 突变碱基的临侧碱基 | 第54-56页 |
| 3.8 插入玉米序列的水稻基因的mRNA表达结果 | 第56-64页 |
| 3.8.1 单个/两个水稻基因mRNA表达结果 | 第56-60页 |
| 3.8.2 上游近旁插入玉米序列的水稻基因的mRNA表达结果 | 第60-62页 |
| 3.8.3 下游近旁插入玉米序列的水稻基因的mRNA表达结果 | 第62-64页 |
| 3.9 插入玉米序列的水稻基因在剑叶和茎节中的mRNA表达结果 | 第64-68页 |
| 3.9.1 剑叶和茎节中表达均上调的基因 | 第64-65页 |
| 3.9.2 剑叶和茎节中表达均下调的基因 | 第65-66页 |
| 3.9.3 剑叶中表达茎节中未表达的基因 | 第66页 |
| 3.9.4 茎节中表达剑叶中未表达的基因 | 第66页 |
| 3.9.5 剑叶和茎节中均未表达的基因 | 第66-67页 |
| 3.9.6 剑叶中表达上调茎节中表达下调的基因 | 第67页 |
| 3.9.7 茎节中表达上调剑叶中表达下调的基因 | 第67-68页 |
| 3.10 变异株R92突变基因中已知功能基因的信息 | 第68-72页 |
| 3.10.1 碱基突变信息 | 第68-69页 |
| 3.10.2 mRNA表达信息 | 第69-72页 |
| 第四章 讨论 | 第72-76页 |
| 4.1 外源DNA导入引起生物诱变 | 第72-73页 |
| 4.2 外源DNA导入影响受体水稻基因的表达 | 第73页 |
| 4.3 外源DNA导入容易引起的突变碱基 | 第73-75页 |
| 4.4 外源DNA导入容易引起的突变位点 | 第75-76页 |
| 第五章 结论 | 第76-78页 |
| 参考文献 | 第78-86页 |
| 附录 | 第86-94页 |
| 附录A 玉米DNA序列的插入对受体水稻基因造成影响的几种情况 | 第86-87页 |
| 附录B 插入到R92基因中的玉米序列 | 第87-94页 |
| 致谢 | 第94-96页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 | 第96-97页 |
