| 摘要 | 第6-8页 |
| ABSTRACT | 第8-9页 |
| 第一章 引言 | 第14-39页 |
| 1.1 表观遗传学的研究概况 | 第14-15页 |
| 1.1.1 表观遗传学简介 | 第14-15页 |
| 1.1.2 表观遗传学的研究内容 | 第15页 |
| 1.2 组蛋白修饰 | 第15-27页 |
| 1.2.1 核小体结构 | 第15-16页 |
| 1.2.2 组蛋白修饰类型 | 第16-17页 |
| 1.2.3 组蛋白乙酰化修饰 | 第17-25页 |
| 1.2.4 组蛋白巴豆酰化修饰 | 第25-27页 |
| 1.3 蛋白质翻译后修饰 | 第27-39页 |
| 1.3.1 非组蛋白乙酰化修饰 | 第28-30页 |
| 1.3.2 赖氨酸乙酰化修饰与蛋白质稳定性 | 第30-32页 |
| 1.3.3 赖氨酸乙酰化修饰与转录 | 第32-33页 |
| 1.3.4 赖氨酸乙酰化修饰与核酸及蛋白的相互作用 | 第33-34页 |
| 1.3.5 赖氨酸乙酰化修饰与其它翻译后修饰的cross-talk | 第34-35页 |
| 1.3.6 赖氨酸乙酰化修饰与其酶活性的调控 | 第35页 |
| 1.3.7 赖氨酸乙酰化修饰与代谢 | 第35-39页 |
| 第二章 实验材料与方法 | 第39-67页 |
| 2.1 实验材料 | 第39-45页 |
| 2.1.1 菌株 | 第39页 |
| 2.1.2 质粒 | 第39页 |
| 2.1.3 抗体 | 第39-41页 |
| 2.1.4 化学药物及抑制剂 | 第41页 |
| 2.1.5 细胞株 | 第41页 |
| 2.1.6 细胞培养及转染试剂 | 第41-42页 |
| 2.1.7 引物序列信息 | 第42-45页 |
| 2.2 实验方法 | 第45-67页 |
| 2.2.1 克隆构建的过程 | 第45-48页 |
| 2.2.2 突变体的构建 | 第48-49页 |
| 2.2.3 细胞培养及转染 | 第49-50页 |
| 2.2.4 免疫染色(IF) | 第50页 |
| 2.2.5 组蛋白的抽提 | 第50-51页 |
| 2.2.6 SDS聚丙烯酰胺凝胶电泳 | 第51-54页 |
| 2.2.7 制备细胞裂解液 | 第54-55页 |
| 2.2.8 免疫共沉淀(IP,Co-IP) | 第55-56页 |
| 2.2.9 RNA的提取、反转及实时荧光定量PCR | 第56-57页 |
| 2.2.10 染色质免疫共沉淀(ChIP) | 第57-60页 |
| 2.2.11 可诱导稳定表达细胞系的构建 | 第60页 |
| 2.2.12 GST标签的蛋白的纯化 | 第60-62页 |
| 2.2.13 体外酶活实验 | 第62-63页 |
| 2.2.14 流式细胞仪分析细胞周期 | 第63页 |
| 2.2.15 核质分离 | 第63-64页 |
| 2.2.16 质谱前蛋白样品处理 | 第64-65页 |
| 2.2.17 质谱数据处理 | 第65-66页 |
| 2.2.18 生物信息学分析 | 第66-67页 |
| 第三章 组蛋白去巴豆酰化酶的鉴定及组蛋白巴豆酰化修饰功能的研究 | 第67-95页 |
| 3.1 本课题的研究目的及意义 | 第67-68页 |
| 3.2 实验结果 | 第68-91页 |
| 3.2.1 组蛋白巴豆酰化修饰及组蛋白乙酰化修饰抗体的特异性 | 第68-69页 |
| 3.2.2 组蛋白巴豆酰化修饰的调控是一个动态平衡的过程 | 第69-71页 |
| 3.2.3 ClassⅠ家族的HDACs是主要的组蛋白去巴豆酰化酶 | 第71-75页 |
| 3.2.4 SIRT1与Class Ⅰ HDACs对去除组蛋白特异位点的巴豆酰化修饰具有差异性 | 第75-77页 |
| 3.2.5 SIRT1与Class Ⅰ HDACs催化组蛋白去巴豆酰化修饰及组蛋白去乙酰化修饰具有相同的催化活性中心 | 第77-81页 |
| 3.2.6 SIRT1与HDAC2在体外具有组蛋白去巴豆酰化修饰的酶活性 | 第81-82页 |
| 3.2.7 HDAC1(AGG-VRPP)与HDAC3(AGG-VRPP)突变体具有组蛋白去巴豆酰化修饰的酶活性但丧失了组蛋白去乙酰化修饰酶活性 | 第82-84页 |
| 3.2.8 组蛋白去巴豆酰化修饰明显抑制转录 | 第84-86页 |
| 3.2.9 去除组蛋白巴豆酰化修饰明显抑制细胞整体转录水平 | 第86-89页 |
| 3.2.10 启动子区域的组蛋白去巴豆酰化与转录抑制的相关性 | 第89-91页 |
| 3.3 总结与讨论 | 第91-95页 |
| 3.3.1 Class Ⅰ家族HDACs是主要的组蛋白去巴豆酰化酶 | 第91-92页 |
| 3.3.2 组蛋白巴豆酰化修饰是酶催化调控的动态平衡过程 | 第92页 |
| 3.3.3 组蛋白巴豆酰化修饰对转录的调控是至关重要的 | 第92-95页 |
| 第四章 巴豆酰化修饰蛋白组学的研究 | 第95-116页 |
| 4.1 本课题的研究目的及意义 | 第95页 |
| 4.2 实验方案设计 | 第95-97页 |
| 4.3 实验结果 | 第97-112页 |
| 4.3.1 泛巴豆酰化修饰及泛乙酰化修饰抗体的特异性 | 第97页 |
| 4.3.2 细胞水平很多蛋白可以发生巴豆酰化修饰 | 第97-98页 |
| 4.3.3 质谱鉴定的巴豆酰化修饰蛋白及肽段分析 | 第98-99页 |
| 4.3.4 蛋白质巴豆酰化修饰组学及蛋白质乙酰化修饰组学的对比分析 | 第99-101页 |
| 4.3.5 巴豆酰化修饰调控的生物学过程蛋白网络图分析 | 第101-103页 |
| 4.3.6 巴豆酰化修饰蛋白氨基酸保守基序(motif)分析 | 第103-104页 |
| 4.3.7 质谱鉴定巴豆酰化修饰蛋白的生物化学验证 | 第104-105页 |
| 4.3.8 巴豆酰化修饰调控染色质与相关蛋白的结合 | 第105-109页 |
| 4.3.9 巴豆酰化修饰调控细胞周期 | 第109-112页 |
| 4.4 总结与讨论 | 第112-116页 |
| 4.4.1 质谱技术鉴定蛋白质巴豆酰化修饰组学 | 第112-113页 |
| 4.4.2 巴豆酰化修饰调控染色质相关蛋白与染色质的结合 | 第113-114页 |
| 4.4.3 蛋白质巴豆酰化修饰组学与蛋白质乙酰化修饰组学的比较 | 第114-116页 |
| 附录 | 第116-118页 |
| 参考文献 | 第118-134页 |
| 攻读学位期间发表的论文 | 第134-135页 |
| 致谢 | 第135-136页 |
