| 致谢 | 第1-7页 |
| 摘要 | 第7-9页 |
| ABSTRACT | 第9-12页 |
| 专业词汇中英文对照表 | 第12-19页 |
| 1 引言 | 第19-42页 |
| ·DNA测序技术 | 第19-24页 |
| ·新一代测序技术及原理 | 第19-23页 |
| ·SOLiD测序平台 | 第20-23页 |
| ·三代测序技术比较 | 第23-24页 |
| ·基于新一代测序平台的转录组测序 | 第24-28页 |
| ·RNA-Seq技术 | 第25-26页 |
| ·RNA-Seq数据分析流程 | 第26-28页 |
| ·基因共表达网络 | 第28-30页 |
| ·分子生物学相关网络 | 第28页 |
| ·基因共表达网络 | 第28-29页 |
| ·基因共表达网络的构建和应用 | 第29-30页 |
| ·种子萌发及其研究意义 | 第30-33页 |
| ·植物的种子 | 第30页 |
| ·种子萌发的定义和生物学过程 | 第30-32页 |
| ·种子萌发的定义 | 第30-31页 |
| ·种子萌发的生物学过程 | 第31-32页 |
| ·种子萌发过程中的转录和翻译 | 第32页 |
| ·种子萌发的研究意义 | 第32-33页 |
| ·种子萌发的调控 | 第33-40页 |
| ·种子发育相关蛋白 | 第33页 |
| ·植物激素对种子萌发的调控 | 第33-37页 |
| ·脱落酸(ABA) | 第34页 |
| ·赤霉素(GA) | 第34-35页 |
| ·油菜素类固醇(BR) | 第35页 |
| ·乙烯(ET) | 第35-36页 |
| ·生长素(Auxin) | 第36页 |
| ·细胞分裂素(CK) | 第36页 |
| ·茉莉酸(JA) | 第36-37页 |
| ·水杨酸(SA) | 第37页 |
| ·转录因子对种子萌发的调控 | 第37-39页 |
| ·植物中的转录因子家族 | 第37-38页 |
| ·植物激素相关的转录因子 | 第38页 |
| ·转录因子数据库 | 第38-39页 |
| ·顺式作用元件 | 第39-40页 |
| ·顺式作用元件的种类 | 第39页 |
| ·顺式元件相关网站和软件 | 第39-40页 |
| ·水稻种子萌发的研究进展 | 第40-41页 |
| ·水稻的研究价值 | 第40页 |
| ·水稻种子萌发的研究进展 | 第40-41页 |
| ·本课题的研究意义 | 第41-42页 |
| 2 材料与方法 | 第42-47页 |
| ·取材和测序 | 第42页 |
| ·水稻种子的萌发 | 第42页 |
| ·总RNA和mRNA的提取 | 第42页 |
| ·文库构建和测序 | 第42页 |
| ·数据处理和分析 | 第42-47页 |
| ·序列比对和基因表达量计算 | 第43页 |
| ·差异表达及层次聚类分析 | 第43-44页 |
| ·功能注释 | 第44页 |
| ·种子发育相关基因的表达分析 | 第44页 |
| ·植物激素相关基因的表达和网络分析 | 第44-45页 |
| ·植物激素途径的基因收集及表达谱分析 | 第44页 |
| ·植物激素相关基因的表达网络分析 | 第44-45页 |
| ·转录因子的表达统计及网络分析 | 第45页 |
| ·转录因子的基因收集 | 第45页 |
| ·转录因子家族的统计分析 | 第45页 |
| ·构建转录因子家族的功能网络 | 第45页 |
| ·水稻种子萌发特异转录因子基因的鉴定及验证 | 第45-46页 |
| ·水稻种子萌发特异转录因子基因的鉴定 | 第45-46页 |
| ·qRT-PCR验证 | 第46页 |
| ·顺式作用元件的富集分析 | 第46-47页 |
| 3 结果 | 第47-80页 |
| ·水稻种子的萌发情况 | 第47页 |
| ·萌发过程中的基因表达分析 | 第47-51页 |
| ·序列比对 | 第47-48页 |
| ·基因的表达量统计 | 第48-49页 |
| ·差异表达基因和表达变化分析 | 第49页 |
| ·基因的层次聚类和表达分类 | 第49-50页 |
| ·小结 | 第50-51页 |
| ·表达基因的功能分析 | 第51-58页 |
| ·表达基因的GO注释 | 第51-54页 |
| ·KEGG代谢通路的相关表达 | 第54页 |
| ·MapMan和PageMan分析 | 第54-58页 |
| ·MapMan分析 | 第54-56页 |
| ·PageMan分析 | 第56-58页 |
| ·小结 | 第58页 |
| ·水稻种子发育相关蛋白的基因表达 | 第58-59页 |
| ·SeedGeneDB中水稻种子基因的表达 | 第58-59页 |
| ·小结 | 第59页 |
| ·植物激素相关基因的表达及网络分析 | 第59-64页 |
| ·植物激素相关基因及通路整理 | 第59-60页 |
| ·植物激素相关酶的基因表达 | 第60-61页 |
| ·植物激素相关基因的共表达网络 | 第61-63页 |
| ·小结 | 第63-64页 |
| ·转录因子(TF)的基因表达及功能网络 | 第64-72页 |
| ·转录因子的层次聚类及表达分类 | 第64-66页 |
| ·转录因子家族的表达分组 | 第66-69页 |
| ·转录因子的功能网络 | 第69-71页 |
| ·小结 | 第71-72页 |
| ·水稻种子萌发特异TF基因的筛选及qRT-PCR验证 | 第72-76页 |
| ·筛选种子萌发特异TF基因 | 第72-75页 |
| ·qRT-PCR验证 | 第75页 |
| ·小结 | 第75-76页 |
| ·顺式作用元件的富集分析 | 第76-80页 |
| ·小结 | 第79-80页 |
| 4 总结 | 第80-82页 |
| 参考文献 | 第82-92页 |
| 附录 | 第92-103页 |
| 作者简介及在学期间发表的学术论文与研究成果 | 第103页 |