| 摘要 | 第1-5页 |
| ABSTRACT | 第5-10页 |
| 引言 | 第10-11页 |
| 第一章 文献综述 | 第11-22页 |
| ·植物抗寒性研究进展 | 第11-15页 |
| ·冷胁迫信号传导 | 第11-12页 |
| ·植物抗寒转录调节 | 第12-15页 |
| ·ICE1-CBF 转录级联反应 | 第12-13页 |
| ·CBF 调控因子的负调控 | 第13-14页 |
| ·非 CBF 依赖型调控因子 | 第14-15页 |
| ·植物抗寒性转录后调节 | 第15页 |
| ·mRNA 的修饰 | 第15页 |
| ·小 RNAs 在植物胁迫反应中的潜在功能 | 第15页 |
| ·高通量测序技术及其在药用植物转录组学中的应用 | 第15-17页 |
| ·高通量测序技术的特点 | 第15-17页 |
| ·RNA‐Seq 技术在药用植物研究中的应用 | 第17页 |
| ·反转录转座子 | 第17-20页 |
| ·反转录转座子的概念及类型 | 第17-18页 |
| ·反转录转座子的特性 | 第18-19页 |
| ·反转录转座子在基因组中广泛分布 | 第18页 |
| ·反转录转座子的高拷贝性 | 第18页 |
| ·反转录转座子的高度异质性 | 第18-19页 |
| ·反转录转座子的纵向传递和横向传递 | 第19页 |
| ·反转录转座子在基因组中的作用 | 第19页 |
| ·反转录转座子的转录活性 | 第19-20页 |
| ·铁皮石斛抗寒性研究现状 | 第20-21页 |
| ·论文研究内容及意义 | 第21-22页 |
| 第二章 冷诱导后铁皮石斛转录组特征分析 | 第22-35页 |
| ·材料和方法 | 第22-24页 |
| ·试验材料 | 第22页 |
| ·材料处理及 RNA 提取 | 第22页 |
| ·cDNA 的合成与转录组测序 | 第22-23页 |
| ·序列过滤及组装 | 第23页 |
| ·Unigene 功能注释和 GO 分类 | 第23-24页 |
| ·转录组序列 SSR 分析 | 第24页 |
| ·转录组序列 SNP 分析 | 第24页 |
| ·对冷胁迫条件下转录组转座子（TEs）丰度的评估 | 第24页 |
| ·结果与分析 | 第24-33页 |
| ·RNA 提取与质量检测 | 第24-25页 |
| ·转录组测序(mRNA‐seq)产量及序列组装 | 第25-28页 |
| ·转录组 unigege 的功能注释 | 第28-32页 |
| ·转录组的功能注释 | 第29-30页 |
| ·转录组的功能分类 | 第30-31页 |
| ·转录组代谢途径分析 | 第31-32页 |
| ·转录组数据中 SSR 的分布特征 | 第32-33页 |
| ·转录组数据 SNP 分析 | 第33页 |
| ·转录组中转座子评估 | 第33页 |
| ·讨论 | 第33-35页 |
| 第三章 铁皮石斛冷胁迫下差异表达基因的分析 | 第35-52页 |
| ·材料和方法 | 第35-37页 |
| ·试验材料 | 第35页 |
| ·材料处理及 RNA 提取 | 第35页 |
| ·cDNA 合成、文库制备及测序 | 第35页 |
| ·原始数据处理 | 第35-36页 |
| ·读段定位 | 第36页 |
| ·差异表达基因 | 第36-37页 |
| ·基因表达模式聚类分析及 GO 分类 | 第37页 |
| ·差异表达基因的代谢途径分析 | 第37页 |
| ·结果与分析 | 第37-50页 |
| ·RNA 提取与质量检测 | 第37页 |
| ·数字表达谱测序质量评估 | 第37-41页 |
| ·测序读段与转录组基因的比对分析 | 第41-42页 |
| ·不同样品间差异表达基因的数目统计 | 第42-46页 |
| ·铁皮石斛表达谱 GO 分类 | 第46-48页 |
| ·表达谱 Pathway 注释 | 第48页 |
| ·不同样品中转座子的表达情况 | 第48-50页 |
| ·讨论 | 第50-52页 |
| 第四章 铁皮石斛 Ty1-copia 类反转录转座子反转录酶（RT）序列的克隆与分析 | 第52-60页 |
| ·材料与方法 | 第52-53页 |
| ·试验材料及试剂 | 第52-53页 |
| ·方法 | 第53页 |
| ·铁皮石斛 DNA 的提取 | 第53页 |
| ·反转录酶序列的 PCR 扩增 | 第53页 |
| ·PCR 产物回收、克隆及测序 | 第53页 |
| ·反转录酶序列分析 | 第53页 |
| ·结果与分析 | 第53-59页 |
| ·反转录酶（RT）序列 PCR 扩增及测序 | 第53-54页 |
| ·Ty1‐copia 类反转录酶的异质性及序列分析 | 第54-58页 |
| ·Ty1-copia 类反转录酶的核苷酸序列比较 | 第54-56页 |
| ·Ty1-copia 类反转录转座子的 RT 氨基酸序列比较 | 第56-58页 |
| ·铁皮石斛 Ty1 组反转录转座子 RT 序列的系统发育进化树分析 | 第58-59页 |
| ·结论与讨论 | 第59-60页 |
| 第五章 脱落酸对铁皮石斛 Ty1-copia 类反转录转座子转录活性的影响 | 第60-69页 |
| ·材料与方法 | 第60-62页 |
| ·试验材料及试剂 | 第60-61页 |
| ·方法 | 第61-62页 |
| ·材料处理 | 第61页 |
| ·铁皮石斛 RNA 的提取 | 第61页 |
| ·反转录及 RT-PCR 反应 | 第61页 |
| ·PCR 产物回收、克隆及测序 | 第61-62页 |
| ·反转录酶序列分析 | 第62页 |
| ·结果与分析 | 第62-67页 |
| ·ABA 处理 LTR 反转录转座子的 RT‐PCR 扩增结果 | 第62页 |
| ·ABA 诱导后具有转录活性的铁皮石斛 Ty1‐copia 类反转录转座子序列分析 | 第62-65页 |
| ·铁皮石斛中具有转录活性的 Ty1-copia 类 RT 核苷酸序列比较 | 第62-63页 |
| ·铁皮石斛中具有转录活性的 Ty1-copia 类 RT 氨基酸序列比较 | 第63-65页 |
| ·铁皮石斛 Ty1 组反转录转座子 RT 序列的系统发育进化树分析 | 第65-67页 |
| ·铁皮石斛中发生转录的 Ty1 组反转录转座子 RT 序列的系统发育进化树分析 | 第65-66页 |
| ·铁皮石斛中 cDNA Ty1-copia RT 序列和基因组 DNA Ty1-copia RT 序列的系统进化树分析 | 第66-67页 |
| ·结论与讨论 | 第67-69页 |
| 第六章 胁迫条件下铁皮石斛 Ty1-copia 类反转录转座子转录活性分析 | 第69-77页 |
| ·材料和方法 | 第69-70页 |
| ·试验材料 | 第69页 |
| ·材料处理及 RNA 提取 | 第69页 |
| ·半定量 RT‐ PCR 反应 | 第69-70页 |
| ·PCR 产物回收、克隆及测序 | 第70页 |
| ·反转录酶序列分析 | 第70页 |
| ·结果与分析 | 第70-73页 |
| ·胁迫处理下具有转录活性的 Ty1‐copia 类反转录转座子的分离 | 第70-71页 |
| ·胁迫条件下铁皮石斛 RT 序列特点 | 第71-72页 |
| ·铁皮石斛中具有转录活性的 Ty1‐copia 类 RT 氨基酸序列比较 | 第72-73页 |
| ·铁皮石斛中胁迫条件下 cDNA Ty1‐copia RT 序列和基因组 DNA Ty1‐copia RT 序列的系统进化树分析 | 第73页 |
| ·讨论 | 第73-77页 |
| 第七章 结论 | 第77-78页 |
| 参考文献 | 第78-89页 |
| 附录 | 第89-91页 |
| 一、主要试剂及配法 | 第89页 |
| 二、主要仪器 | 第89页 |
| 三、常用名词缩写表 | 第89-91页 |
| 个人简介 | 第91页 |
| 论文发表情况 | 第91页 |
| 学术交流 | 第91-92页 |
| 致谢 | 第92页 |
