| 致谢 | 第1-6页 |
| 摘要 | 第6-7页 |
| ABSTRACT | 第7-8页 |
| 专业词汇中英文对照表 | 第8-9页 |
| 目录 | 第9-11页 |
| 第一章 绪论 | 第11-17页 |
| ·二代测序技术 | 第11-12页 |
| ·植物叶绿体 | 第12-14页 |
| ·叶绿体基因组 | 第12页 |
| ·叶绿体基因组测序 | 第12-14页 |
| ·枸杞简介 | 第14页 |
| ·课题目的及意义 | 第14-17页 |
| 第二章 枸杞叶绿体基因组的测序与组装 | 第17-29页 |
| ·测序数据的获得 | 第17页 |
| ·测序数据的预处理 | 第17-21页 |
| ·叶绿体基因组组装策略 | 第21-22页 |
| ·策略一：筛选叶绿体同源的数据进行拼接 | 第21页 |
| ·策略二：对混合数据拼接后筛选叶绿体同源的结果 | 第21页 |
| ·叶绿体同源数据的筛选 | 第21-22页 |
| ·宁夏枸杞叶绿体基因组组装 | 第22-25页 |
| ·宁夏枸杞叶绿体基因组Contig的组装 | 第22-23页 |
| ·宁夏枸杞叶绿体基因组的Scaffolding过程 | 第23-24页 |
| ·宁夏枸杞叶绿体基因组的PCR验证 | 第24-25页 |
| ·黑果枸杞叶绿体基因组组装 | 第25-29页 |
| ·黑果枸杞叶绿体基因组Contig的组装 | 第25-26页 |
| ·黑果枸杞叶绿体基因组的Scaffolding过程 | 第26-27页 |
| ·黑果枸杞叶绿体基因组的PCR验证 | 第27-29页 |
| 第三章 枸杞叶绿体基因组的基因注释 | 第29-43页 |
| ·使用DOGMA初步注释 | 第29-32页 |
| ·手工精确注释 | 第32-34页 |
| ·落实每个基因区段 | 第32-33页 |
| ·确定每个蛋白基因的起始和终止 | 第33页 |
| ·确定有内含子的基因的剪切位点 | 第33页 |
| ·基因rps12的注释 | 第33-34页 |
| ·添加假基因等注释信息 | 第34页 |
| ·枸杞叶绿体基因组的基因分布及功能分类 | 第34-38页 |
| ·宁夏枸杞与黑果枸杞叶绿体基因组的比较分析 | 第38-43页 |
| 第四章 讨论与总结 | 第43-45页 |
| 参考文献 | 第45-51页 |
| 附录 | 第51-57页 |
| 作者简历及在学期间发表的学术论文与研究成果 | 第57页 |