水稻比较基因组和进化生物学数据库的构建研究
| 致谢 | 第1-6页 |
| 摘要 | 第6-7页 |
| ABSTRACT | 第7-9页 |
| 专业词汇中英文对照表 | 第9-10页 |
| 目录 | 第10-12页 |
| 图目录 | 第12-14页 |
| 表目录 | 第14-15页 |
| 第一章 绪论 | 第15-21页 |
| ·水稻基因组研究进展 | 第15-18页 |
| ·水稻基因组 | 第15-16页 |
| ·水稻的比较基因组 | 第16页 |
| ·水稻功能基因组 | 第16-18页 |
| ·水稻网络注释数据库 | 第18-19页 |
| ·研究目的、内容和意义 | 第19-20页 |
| ·本章小结 | 第20-21页 |
| 第二章 数据库的实现 | 第21-39页 |
| ·系统需求与方案设计 | 第21-25页 |
| ·LAMP开发环境 | 第21页 |
| ·基因组注释 | 第21-23页 |
| ·可视化分析 | 第23-24页 |
| ·数据库网站界面设计 | 第24-25页 |
| ·数据分析与处理 | 第25-29页 |
| ·数据来源及注释 | 第25-28页 |
| ·数据格式化 | 第28-29页 |
| ·数据库可视化实现 | 第29-38页 |
| ·GBrowse | 第29-31页 |
| ·Gbrowse-syn | 第31-33页 |
| ·Circos | 第33-36页 |
| ·Gene Browse | 第36-37页 |
| ·Synteny Block | 第37-38页 |
| ·本章小结 | 第38-39页 |
| 第三章 数据库应用 | 第39-53页 |
| ·数据检索 | 第39-41页 |
| ·BLAST和BLAT | 第39-40页 |
| ·ID识别 | 第40-41页 |
| ·功能分析 | 第41-44页 |
| ·GO注释和KEGG通路分析 | 第41-42页 |
| ·基因家族分析 | 第42-44页 |
| ·基因表达调控 | 第44-47页 |
| ·转录调控因子分析 | 第44-45页 |
| ·基因表达谱分析 | 第45-46页 |
| ·表达调控网络分析 | 第46-47页 |
| ·基因结构与演化 | 第47-52页 |
| ·进化分析 | 第47-48页 |
| ·组分分析 | 第48-50页 |
| ·共线性分析 | 第50-51页 |
| ·QTL分析 | 第51-52页 |
| ·本章小结 | 第52-53页 |
| 第四章 总结与展望 | 第53-55页 |
| 参考文献 | 第55-63页 |
| 附录A | 第63-65页 |
| 作者简介及在学期间发表的学术论文与研究成果 | 第65页 |
