| 摘要 | 第1-8页 |
| ABSTRACT | 第8-15页 |
| 第一章 利用高通量测序方法进行水稻重组自交系的基因型分析 | 第15-62页 |
| 一、引言 | 第15-21页 |
| 二、材料 | 第21-25页 |
| 1. 测序材料 | 第21页 |
| 2. 仪器设备 | 第21页 |
| ·测序仪 | 第21页 |
| ·其它仪器设备 | 第21页 |
| 3. 引物试剂 | 第21-25页 |
| ·常规试剂 | 第21-22页 |
| ·测序专用试剂盒 | 第22页 |
| ·引物和接头 | 第22-25页 |
| ·引物 | 第22-23页 |
| ·接头 | 第23-25页 |
| 三、方法 | 第25-42页 |
| 1. 重组自交系群体的构建 | 第25页 |
| 2. 基因组DNA 的抽提 | 第25-27页 |
| ·材料的收集与储藏 | 第25页 |
| ·抽提基因组DNA 前的准备 | 第25-26页 |
| ·材料制备 | 第26页 |
| ·水稻基因组DNA 的抽提 | 第26-27页 |
| 3. 高通量测序方法 | 第27-42页 |
| ·Solexa 测序文库的制备 | 第27-36页 |
| ·基因组DNA 的破碎 | 第28-30页 |
| ·末端补平 | 第30-31页 |
| ·3 '末端加“-A” | 第31-32页 |
| ·与接头进行连接 | 第32页 |
| ·连接产物的纯化 | 第32-34页 |
| ·PCR 富集割胶纯化产物 | 第34-35页 |
| ·文库的验证 | 第35-36页 |
| ·测序分子簇的产生 | 第36-38页 |
| ·边合成边测序 | 第38页 |
| ·数据分析 | 第38-42页 |
| 四、实验结果 | 第42-53页 |
| 1. 实验设计 | 第42-44页 |
| 2. 重组自交系的序列测定和SNP 鉴定 | 第44页 |
| 3. 重组自交系个体的基因型鉴定 | 第44-47页 |
| 4. 染色体重组断点的确定 | 第47-48页 |
| 5. 基因型鉴定时的错误率分析 | 第48-50页 |
| 6. 遗传重组图的构建及QTL 分析 | 第50-53页 |
| 五、讨论 | 第53-62页 |
| 1. 实验部分 | 第53-55页 |
| ·基因组DNA 的破碎 | 第53-54页 |
| ·样品的等量混合 | 第54页 |
| ·测序前样品浓度的确定 | 第54-55页 |
| 2. 结果分析部分 | 第55-60页 |
| ·高通量基因型鉴定方法与传统PCR 鉴定方法的差异 | 第55-57页 |
| ·高通量基因型鉴定方法的通用性 | 第57-60页 |
| 3. 高通量测序的展望 | 第60-62页 |
| 第二章 水稻AA 和CC 基因组两个共线性区段的序列比较分析 | 第62-102页 |
| 一、引言 | 第62-65页 |
| 二、材料 | 第65-67页 |
| 1. 实验材料 | 第65-66页 |
| ·水稻种子，BAC 文库，质粒载体和宿主细胞 | 第65页 |
| ·主要试剂，酶类和试剂盒 | 第65-66页 |
| ·引物 | 第66页 |
| 2. 仪器设备 | 第66-67页 |
| 三、方法 | 第67-81页 |
| 1. BAC 末端序列的测定 | 第67-68页 |
| 2. 克隆重叠群的鉴定 | 第68-74页 |
| ·药用野生稻全基因组克隆重叠群的构建及物理图的绘制 | 第68-70页 |
| ·药用野生稻与粳稻日本晴共线性区段克隆重叠群的鉴定 | 第70-71页 |
| ·共线性区段测序克隆的选定 | 第71-74页 |
| 3. BAC 克隆序列的测定与组装 | 第74-79页 |
| ·亚克隆文库的构建 | 第74-77页 |
| ·BAC DNA 的抽提 | 第74-75页 |
| ·DNA 的破碎和补平 | 第75页 |
| ·割胶回收 | 第75-76页 |
| ·连接 | 第76页 |
| ·连接产物的回收和转化 | 第76-77页 |
| ·亚克隆的挑选 | 第77页 |
| ·序列测定 | 第77-78页 |
| ·序列组装 | 第78-79页 |
| 4. 序列注释与分析 | 第79-81页 |
| 四、实验结果 | 第81-99页 |
| 1. 末端序列分析 | 第81-84页 |
| ·物理图构建 | 第81-82页 |
| ·序列结构特征分析 | 第82-84页 |
| 2. 药用野生稻和栽培稻共线性区段的重复序列比较分析 | 第84-86页 |
| 3. 基因的组成及其共线性比较分析 | 第86-90页 |
| 4. 基因保守性分析 | 第90-97页 |
| 5. 分化年限推测 | 第97-99页 |
| 五、讨论 | 第99-102页 |
| 结语 | 第102-106页 |
| 参考文献 | 第106-117页 |
| 致谢 | 第117-119页 |
| 附录一 攻读学位期间及曾经发表的论文 | 第119-121页 |
| 附录二 攻读学位期间获奖情况 | 第121-122页 |
| 附录三 攻读学位期间参加会议情况 | 第122-123页 |
| 附录四 攻读学位期间参加研究课题情况 | 第123-126页 |
| 上海交通大学学位论文答辩决议书 | 第126页 |
