| 摘要 | 第1-8页 |
| ABSTRACT | 第8-12页 |
| 第一章：文献终述 | 第12-38页 |
| ·细菌中的基因组岛 | 第12-28页 |
| ·链霉菌简介 | 第28-34页 |
| ·DNA 磷硫化修饰的进展 | 第34-36页 |
| ·对于基因组到研究的结论和今后的挑战 | 第36-38页 |
| 第二章 实验材料和方法 | 第38-51页 |
| ·实验材料 | 第38-43页 |
| ·大肠杆菌和链霉菌质粒DNA 快速提取及检测 | 第43-44页 |
| ·链霉菌总DNA 的少量快速提取 | 第44页 |
| ·高压电穿孔法转化大肠杆菌(参考EquiBio公司说明书,见下文) | 第44-45页 |
| ·DNA 测序及序列分析 | 第45-46页 |
| ·PCR 引物和PCR 的条件 | 第46页 |
| ·荧光实时定量 | 第46-47页 |
| ·通过pJTU1514 上携带的基因小岛的环出来确定整合酶活性 | 第47页 |
| ·两亲本杂交介导的质粒DNA 的跨属转移 | 第47页 |
| ·链霉菌之间的孢子杂交 | 第47-48页 |
| ·脉冲电泳(PFGE) 分离大片段DNA | 第48-49页 |
| ·DNA-DNA 放射性杂交 | 第49-51页 |
| 第三章 突变株ZX1 染色体上缺失端点及界点的序列分析 | 第51-56页 |
| ·变铅青链霉菌突变株ZX1 缺失端点和融合界点的克隆 | 第51-53页 |
| ·变铅青链霉菌突变株ZX1 缺失端点和融合界点的序列分析 | 第53-54页 |
| ·天蓝色链霉菌M145 以及对应的变铅青链霉菌ZX1 融合点处的序列分析 | 第54-56页 |
| 第四章 90 kb 含硫修饰基因组岛在染色体上的定位以及野生型变铅青链霉菌1326 染色体物理图谱的完善 | 第56-64页 |
| ·前期工作简介 | 第56页 |
| ·野生型变铅青链霉菌66 和突变株ZX1 的染色体AseI 片段图谱的比较 | 第56-59页 |
| ·Southern 杂交确定ZX1 包含dnd 基因簇的片段在染色体上的位置 | 第59-64页 |
| 第五章 SLG 全序列的测定 | 第64-76页 |
| ·前期工作简介 | 第64-65页 |
| ·测序文库粘粒的选取及序列分析 | 第65-68页 |
| ·基因组岛的序列详细分析 | 第68-76页 |
| 第六章 SLG 的自发切除和环化的检测 | 第76-80页 |
| ·SLG 的自发切除和环化 | 第76-80页 |
| 第七章 SLG 切除环化和整合过程必需的功能基因的定位 | 第80-86页 |
| ·人工构建基因小岛模拟基因组岛环出和整合全过程 | 第80-81页 |
| ·SLG 切除环化和整合必须功能基因的定位 | 第81-86页 |
| 第八章 DNA 磷硫酰修饰基因簇在细菌中广泛性 | 第86-93页 |
| ·dnd 基因簇在不同类型的细菌中广泛存在 | 第86-89页 |
| ·dnd 基因簇在同一种属的细菌中的分布 | 第89-92页 |
| ·细菌基因组的dnd 基因簇都位于可移动的因子上 | 第92-93页 |
| 第九章 考察SLG 在链霉菌中可移动性 | 第93-95页 |
| ·SLG 在链霉菌中的种间和种内的接合转移的尝试 | 第93-95页 |
| 第十章 dnd 基因簇编码功能特异性强限制性系统的发现 | 第95-106页 |
| ·DNA 修饰-限制系统简介 | 第95-97页 |
| ·整合型dnd 基因簇在天蓝色链霉菌M145 中的异常表达 | 第97-98页 |
| ·dnd 不表达的原因研究 | 第98-102页 |
| ·天蓝色链霉菌中 DNA 硫化修饰依赖性的强限制系统的发现 | 第102-105页 |
| 本章小结 | 第105-106页 |
| 第十一章 总结与展望 | 第106-113页 |
| ·本研究工作总结及主要创新点 | 第106-109页 |
| ·讨论与展望 | 第109-111页 |
| ·进一步相关工作的 | 第111-113页 |
| 参考文献 | 第113-129页 |
| 附表 | 第129-135页 |
| 致谢 | 第135-137页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 | 第137-138页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 | 第138页 |
