| 摘要 | 第1-6页 |
| ABSTRACT | 第6-14页 |
| 1 导论 | 第14-36页 |
| ·关联分析 | 第14-19页 |
| ·复杂性状研究所涉及的模型 | 第14-15页 |
| ·参数模型 | 第14页 |
| ·非参数模型 | 第14-15页 |
| ·半参数模型 | 第15页 |
| ·候选基因关联分析 | 第15-16页 |
| ·全基因组关联分析 | 第16-19页 |
| ·GWA 研究统计分析原理 | 第17-18页 |
| ·GWA 研究多重假设检验调整 | 第18-19页 |
| ·单倍体型 | 第19-33页 |
| ·单倍体型的概念 | 第19-20页 |
| ·单倍体型的推断 | 第20-29页 |
| ·实验法 | 第21页 |
| ·系谱推断法 | 第21页 |
| ·统计算法 | 第21-29页 |
| ·单体域的构建 | 第29页 |
| ·标签SNP 的选择 | 第29-30页 |
| ·单倍体型的生物功能 | 第30-33页 |
| ·单倍体型的功能 | 第30页 |
| ·连锁不平衡分析 | 第30页 |
| ·关联分析 | 第30-32页 |
| ·单倍体型降维 | 第32-33页 |
| ·研究目的 | 第33-36页 |
| 2 基于半参数回归模型的单区域多位点与复杂性状关联分析 | 第36-42页 |
| ·引言 | 第36-37页 |
| ·方法 | 第37-38页 |
| ·缺失基因型数据的处理 | 第37页 |
| ·半参数回归模型 | 第37-38页 |
| ·多重比较的逐步向下P 值法 | 第38页 |
| ·软件与程序 | 第38页 |
| ·应用 | 第38-41页 |
| ·实验材料 | 第38-39页 |
| ·人前列腺癌通路基因表达差异比较 | 第39页 |
| ·人前列腺癌通路中顺式与反式调控网络 | 第39页 |
| ·人前列腺癌相关基因的通路分析 | 第39-41页 |
| ·讨论 | 第41页 |
| ·应用数据的下载 | 第41-42页 |
| 3 基于参数回归模型的多区域单倍体型与复杂性状关联分析 | 第42-56页 |
| ·引言 | 第42页 |
| ·方法 | 第42-46页 |
| ·多区域单倍体型结构的贡献率 | 第42-43页 |
| ·通过MRHC 建立回归模型 | 第43-44页 |
| ·对合并MRHC 贡献的打分统计 | 第44-45页 |
| ·多个假设检验 | 第45-46页 |
| ·软件下载 | 第46页 |
| ·模拟研究 | 第46-54页 |
| ·模拟方案 | 第46-47页 |
| ·产生连续性状 | 第46-47页 |
| ·产生二类数据 | 第47页 |
| ·结果 | 第47-52页 |
| ·三种模型 HTR、HAPCC和HAPGLM 的比较 | 第47-48页 |
| ·多种影响因素的全局检验 | 第48-50页 |
| ·重组率对全局检验的影响 | 第50-51页 |
| ·对特定 MRHC 的检验 | 第51-52页 |
| ·最好位点组合选择 | 第52页 |
| ·实例应用 | 第52-54页 |
| ·讨论 | 第54-56页 |
| 4 基于半参数回归模型的多区域单倍体型与复杂性状关联分析 | 第56-68页 |
| ·研究背景 | 第56页 |
| ·研究方法 | 第56-58页 |
| ·半参数回归模型 | 第56-57页 |
| ·通过使用核函数空间 | 第57页 |
| ·多重比较的逐步向下P 值法检验 | 第57-58页 |
| ·开发的软件 | 第58页 |
| ·模拟研究 | 第58-62页 |
| ·模拟方案 | 第58-59页 |
| ·模拟结果 | 第59-61页 |
| ·实际单倍体型与PLEM 推断的的单倍体型的全局比较 | 第59页 |
| ·核心位点选择对全局检验的影响 | 第59-60页 |
| ·基因型错误与缺失对全局检验的影响 | 第60-61页 |
| ·运行时间 | 第61-62页 |
| ·实例应用 | 第62-65页 |
| ·对 HapMap 计划约鲁巴群体数据的应用 | 第62-64页 |
| ·在猪肉质量数据上的应用 | 第64-65页 |
| ·讨论 | 第65-66页 |
| ·应用数据的下载 | 第66-68页 |
| 5 基于半参数逻辑斯蒂核模型的多区域单倍体型与二类性状关联分析 | 第68-76页 |
| ·引言 | 第68页 |
| ·方法 | 第68-71页 |
| ·统计分析模型 | 第68-69页 |
| ·逻辑斯蒂核机器模型 | 第68-69页 |
| ·多区域单倍体型效应的检验 | 第69页 |
| ·核函数 | 第69-70页 |
| ·多重比较的逐步向下检验 | 第70页 |
| ·软件开发 | 第70-71页 |
| ·模拟研究 | 第71-73页 |
| ·模拟方案 | 第71页 |
| ·模拟结果 | 第71-73页 |
| ·真实单倍体型与 PLEM 单倍体型分析比较 | 第71页 |
| ·核心位点选择的影响分析 | 第71-72页 |
| ·基因型错误与缺失的影响 | 第72-73页 |
| ·先验信息与非先验信息的比较 | 第73页 |
| ·实例应用 | 第73-74页 |
| ·讨论 | 第74-76页 |
| 6 基于半参数回归模型的多区域单倍体型与纵向性状关联分析 | 第76-80页 |
| ·研究方法 | 第76-77页 |
| ·多区域单倍体型结构的贡献率 | 第76页 |
| ·半参数随机混合模型 | 第76页 |
| ·假设检验 | 第76-77页 |
| ·软件开发 | 第77页 |
| ·模拟研究 | 第77-78页 |
| ·模拟方案 | 第77-78页 |
| ·单倍体型产生 | 第77页 |
| ·性状产生 | 第77-78页 |
| ·模拟结果 | 第78页 |
| ·实例应用 | 第78-79页 |
| ·讨论 | 第79-80页 |
| 7 结语 | 第80-82页 |
| 参考文献 | 第82-99页 |
| 附录 | 第99-118页 |
| 致谢 | 第118-119页 |
| 攻读博士学位期间发表或录用的论文 | 第119-122页 |
